PDB-5f37: Crystal structure of human KDM4A in complex with compound 58

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5f37

タイトル

Crystal structure of human KDM4A in complex with compound 58

要素

Lysine-specific demethylase 4A

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Epigenetics / Demethylase / Inhibitor

機能・相同性

機能・相同性情報

[histone H3]-trimethyl-L-lysine36 demethylase / histone H3K36me2/H3K36me3 demethylase activity / [histone H3]-trimethyl-L-lysine9 demethylase / histone H3K9me2/H3K9me3 demethylase activity / histone H4K20me2 reader activity / histone H3K36 demethylase activity / histone H3K9 demethylase activity / cardiac muscle hypertrophy in response to stress / histone demethylase activity / pericentric heterochromatin ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.22 Å

データ登録者

Le Bihan, Y.-V. / Dempster, S. / Westwood, I.M. / van Montfort, R.L.M.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2016
タイトル: 8-Substituted Pyrido[3,4-d]pyrimidin-4(3H)-one Derivatives As Potent, Cell Permeable, KDM4 (JMJD2) and KDM5 (JARID1) Histone Lysine Demethylase Inhibitors.
著者: Bavetsias, V. / Lanigan, R.M. / Ruda, G.F. / Atrash, B. / McLaughlin, M.G. / Tumber, A. / Mok, N.Y. / Le Bihan, Y.V. / Dempster, S. / Boxall, K.J. / Jeganathan, F. / Hatch, S.B. / Savitsky, P. ...

履歴

登録	2015年12月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年1月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年3月9日	Group: Database references
改定 1.2	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5f37.cif.gz	590.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5f37.ent.gz	486.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5f37.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5f37_validation.pdf.gz	506.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5f37_full_validation.pdf.gz	514.1 KB	表示
XML形式データ	5f37_validation.xml.gz	58.3 KB	表示
CIF形式データ	5f37_validation.cif.gz	83.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f3/5f37 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f3/5f37	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5f2sC 5f2wC 5f32C 5f39C 5f3cC 5f3eC 5f3gC 5f3iC 5f5aC 5f5cC 5f5iC 5fplC 2oq7S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2os2-2 6h4q-3 5fyc-2 5f2s-4 5f2w-3 5fy8-2 5f2w-4 6h8p-2 2b4o-1 5f39-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#240 - 2019年12月低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors) 類似性 (3) #155 - 2012年11月ビタミンD受容体 (Vitamin D Receptor) 類似性 (1) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1) #98 - 2008年2月低分子干渉RNA (Small Interfering RNA) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Lysine-specific demethylase 4A

B: Lysine-specific demethylase 4A

C: Lysine-specific demethylase 4A

D: Lysine-specific demethylase 4A

ヘテロ分子

172 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Lysine-specific demethylase 4A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
43 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Lysine-specific demethylase 4A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
43.1 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Lysine-specific demethylase 4A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
42.6 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Lysine-specific demethylase 4A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
42.8 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	57.330, 102.430, 142.460
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 99.83, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	Lysine-specific demethylase 4A / JmjC domain-containing histone demethylation protein 3A / Jumonji domain-containing protein 2A 分子量: 41854.617 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 1-359 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KDM4A, JHDM3A, JMJD2, JMJD2A, KIAA0677 / プラスミド: pNIC28 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta 2 参照: UniProt: O75164, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2- ...参照: UniProt: O75164, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2-オキソグルタル酸類を片方の電子供与体とする; 酸素分をそれぞれの電子供与体に取り込む

#1: タンパク質

Lysine-specific demethylase 4A / JmjC domain-containing histone demethylation protein 3A / Jumonji domain-containing protein 2A

分子量: 41854.617 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 1-359 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KDM4A, JHDM3A, JMJD2, JMJD2A, KIAA0677 / プラスミド: pNIC28 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta 2
参照: UniProt: O75164, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2- ...

-
非ポリマー , 5種, 831分子

#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-N5J / 3H-pyrido[3,4-d]pyrimidin-4-one / ピリド[3,4-d]ピリミジン-4(3H)-オン分子量: 147.134 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₅N₃O
#4: 化合物	... ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 43 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 771 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.46 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.04 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: Crystallisation solution is 0.1M Bis-Tris-Propane pH7.5, 12-16% PEG-4000. Inhibitor is soaked in crystals by addition directly to the drops of DMSO dissolved compound

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.92 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年4月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.22→48.21 Å / Num. obs: 78706 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 3.3 % / B_iso Wilson estimate: 40.33 Å² / R_merge(I) obs: 0.135 / Net I/σ(I): 6.9
反射シェル	解像度: 2.22→2.28 Å / 冗長度: 3.3 % / Mean I/σ(I) obs: 1 / % possible all: 98.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BUSTER	2.10.2	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2OQ7

2oq7

解像度: 2.22→48.21 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.9516 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.9283 / SU R Cruickshank DPI: 0.24 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.244 / SU R_free Blow DPI: 0.182 / SU R_free Cruickshank DPI: 0.183

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2088	3962	5.04 %	RANDOM
R_work	0.1694	-	-	-
obs	0.1714	78676	98.16 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 41.29 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.2159 Å²	0 Å²	2.6427 Å²
2-	-	-0.5878 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.6281 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.26 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.22→48.21 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11148	0	244	771	12163

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.01	11700	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	1.05	15838	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d		3771	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes		229	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes		1766	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it		11700	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd		2	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	3.15
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	17.04
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion		1489	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies		7	HARMONIC	1
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact		13826	SEMIHARMONIC	4

LS精密化シェル

解像度: 2.22→2.28 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2503	301	5.19 %
R_work	0.2197	5498	-
all	0.2213	5799	-
obs	-	-	98.43 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.9578	-0.4774	1.0076	5.2254	0.8191	2.5982	-0.0027	-0.1368	-0.2226	0.0108	0.1499	0.1771	0.5239	-0.494	-0.1471	-0.0413	-0.103	-0.044	-0.0699	-0.0072	-0.066	-7.8763	-122.63	13.4435
2	2.5942	-0.3812	-1.8114	1.3558	-0.2584	3.4824	-0.0987	-0.2758	0.4814	0.018	0.114	-0.0475	-0.2805	-0.0309	-0.0153	-0.173	0.0194	-0.0429	-0.1	-0.1509	0.1263	-0.1009	-94.6646	19.9541
3	0.3697	-1.939	0.6632	1.5165	-2.8276	2.6061	-0.0188	0.2203	0.178	-0.1637	0.0195	0.0898	-0.1065	-0.1525	-0.0006	-0.085	0.0054	-0.1262	-0.1181	0.007	0.1876	-3.5693	-95.4961	3.5505
4	1.6062	0.143	0.0768	0.9817	0.037	1.2529	0.0134	-0.1514	0.1927	0.0502	0.0288	-0.0725	0.0688	-0.0363	-0.0422	-0.1043	0.0022	-0.0254	-0.049	-0.0722	-0.0007	3.5809	-109.33	15.7563
5	3.0563	-1.4113	-0.2741	1.0018	-0.5221	2.8075	-0.0528	-0.6285	-0.5469	0.1757	0.0193	-0.5219	0.5292	0.4396	0.0335	-0.0646	0.142	-0.0665	-0.0767	0.0709	0.0198	12.0833	-126.941	21.9002
6	1.1118	-0.4233	0.0153	3.1342	-1.3857	2.0452	0.1289	0.1482	-0.0859	-0.4201	-0.142	-0.1672	0.3702	0.5199	0.0131	-0.0875	0.0123	-0.0081	-0.043	-0.0564	-0.1119	-6.9847	-153.774	55.8835
7	0.8371	1.42	0.4071	2.0819	0.8911	2.654	-0.0028	0.119	0.2186	0.0279	0.0625	0.1318	-0.5442	0.1166	-0.0596	-0.0717	-0.0058	0.0423	-0.0945	0.1172	0.1039	-16.4366	-131.493	51.6648
8	0.9155	-0.6478	2.6522	2.1191	2.8415	1.6752	0.004	-0.1525	0.1028	0.304	0.0796	-0.0744	-0.2578	0.2675	-0.0836	-0.0467	-0.0611	0.0294	-0.0895	-0.0061	0.054	-9.2861	-132.195	65.6921
9	1.4264	-0.1298	-0.0165	1.6465	-0.4207	1.6714	0.0907	0.2028	-0.0665	-0.2794	0.0527	0.2366	0.2152	0.0041	-0.1435	-0.0561	-0.0123	-0.0528	-0.1257	-0.0267	-0.048	-18.6183	-152.699	53.971
10	3.2869	-0.9128	0.7749	5.1503	-1.1871	3.0836	0.0082	0.2553	0.5193	-0.1101	-0.048	-0.2176	-0.406	0.1857	0.0398	-0.0296	0.0116	0.0406	-0.0909	-0.0174	-0.0313	-24.7286	-159.394	11.8679
11	1.6465	-0.0548	1.9312	1.6042	0.3399	2.2098	0.0647	-0.2243	-0.2151	-0.0145	0.0551	-0.0641	0.1559	-0.2188	-0.1199	-0.0409	0.0024	-0.0271	-0.0551	0.0608	-0.0368	-29.3291	-187.519	18.3635
12	1.7597	2.2662	0.7746	0.1812	-0.3861	3.5537	0.024	0.3385	-0.0646	-0.3887	0.1124	-0.1492	0.0397	0.0817	-0.1364	0.0329	0.0626	-0.0001	-0.0471	-0.0637	0.0285	-28.6904	-186.051	1.282
13	1.9104	-0.4801	0.3392	1.1556	-0.4826	1.2757	-0.0163	-0.3363	0.0847	0.191	0.1014	-0.0106	-0.1371	-0.166	-0.0851	-0.0241	0.0509	0.0054	-0.0177	-0.0217	-0.0926	-32.4331	-173.317	18.5057
14	1.4689	-0.233	0.7032	1.7504	-0.4428	1.1498	-0.0174	-0.2697	-0.0008	0.0918	0.1178	0.2065	-0.0744	-0.2962	-0.1004	-0.0567	0.062	0.0282	-0.0259	0.0201	-0.1082	-39.7587	-170.967	14.2825
15	0.6999	-2.2636	1.1511	3.0387	0.9492	1.8677	-0.0948	-0.3365	0.3893	0.4935	0.2218	0.3399	-0.2874	-0.4784	-0.1269	0.0851	0.1757	0.0747	-0.0249	-0.1238	-0.0508	-42.0222	-151.647	23.7975
16	2.4417	0.4898	0.5134	3.3569	1.1385	1.7301	-0.0262	-0.1291	0.3476	-0.0576	-0.1651	0.3879	-0.2234	-0.365	0.1913	-0.1073	0.0215	0.003	-0.0447	0.0392	-0.0462	-46.4913	-100.818	54.1426
17	3.8357	0.3935	1.9335	2.0213	0.3615	2.4308	0.0634	-0.3049	-0.4261	0.1671	-0.0882	0.1512	0.1743	-0.2303	0.0248	-0.0579	-0.0548	0.0234	-0.1509	0.0554	0.0781	-37.959	-123.508	61.3186
18	1.8488	0.0915	-0.0645	0.6694	0.1129	1.029	0.0202	0.0787	-0.0318	0.0067	-0.02	0.0318	-0.0201	-0.0942	-0.0002	-0.0609	-0.0104	-0.0184	-0.0761	0.0285	-0.0075	-35.5952	-109.082	53.6004
19	0.7567	1.1784	-0.0957	0	-1.0967	2.0848	0.0593	0.346	0.2235	-0.1506	0.028	0.0808	-0.2073	0.104	-0.0873	-0.0042	-0.012	-0.0116	-0.0435	0.0433	0.0188	-26.3442	-93.5866	42.8547

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{A\|5 - 53}
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{A\|54 - 101}
3	X-RAY DIFFRACTION	3	{A\|102 - 124}
4	X-RAY DIFFRACTION	4	{A\|125 - 293}
5	X-RAY DIFFRACTION	5	{A\|294 - 354}
6	X-RAY DIFFRACTION	6	{B\|1 - 78}
7	X-RAY DIFFRACTION	7	{B\|79 - 101}
8	X-RAY DIFFRACTION	8	{B\|102 - 124}
9	X-RAY DIFFRACTION	9	{B\|125 - 354}
10	X-RAY DIFFRACTION	10	{C\|7 - 53}
11	X-RAY DIFFRACTION	11	{C\|54 - 101}
12	X-RAY DIFFRACTION	12	{C\|102 - 124}
13	X-RAY DIFFRACTION	13	{C\|125 - 226}
14	X-RAY DIFFRACTION	14	{C\|227 - 317}
15	X-RAY DIFFRACTION	15	{C\|318 - 354}
16	X-RAY DIFFRACTION	16	{D\|6 - 70}
17	X-RAY DIFFRACTION	17	{D\|71 - 124}
18	X-RAY DIFFRACTION	18	{D\|125 - 293}
19	X-RAY DIFFRACTION	19	{D\|294 - 354}

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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