PDB-5f2w: Crystal structure of human KDM4A in complex with compound 16

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5f2w

タイトル

Crystal structure of human KDM4A in complex with compound 16

要素

Lysine-specific demethylase 4A

キーワード

Oxidoreductase/Inhibitor / Epigenetics / Demethylase / Inhibitor / Oxidoreductase-Inhibitor Complex

機能・相同性

機能・相同性情報

[histone H3]-trimethyl-L-lysine36 demethylase / histone H3K36me2/H3K36me3 demethylase activity / [histone H3]-trimethyl-L-lysine9 demethylase / histone H3K9me2/H3K9me3 demethylase activity / histone H4K20me2 reader activity / histone H3K36 demethylase activity / histone H3K9 demethylase activity / cardiac muscle hypertrophy in response to stress / histone demethylase activity / pericentric heterochromatin ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Le Bihan, Y.-V. / Dempster, S. / Westwood, I.M. / van Montfort, R.L.M.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2016
タイトル: 8-Substituted Pyrido[3,4-d]pyrimidin-4(3H)-one Derivatives As Potent, Cell Permeable, KDM4 (JMJD2) and KDM5 (JARID1) Histone Lysine Demethylase Inhibitors.
著者: Bavetsias, V. / Lanigan, R.M. / Ruda, G.F. / Atrash, B. / McLaughlin, M.G. / Tumber, A. / Mok, N.Y. / Le Bihan, Y.V. / Dempster, S. / Boxall, K.J. / Jeganathan, F. / Hatch, S.B. / Savitsky, P. ...

履歴

登録	2015年12月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年1月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年3月9日	Group: Database references
改定 1.2	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5f2w.cif.gz	571.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5f2w.ent.gz	472.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5f2w.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5f2w_validation.pdf.gz	507.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5f2w_full_validation.pdf.gz	516.7 KB	表示
XML形式データ	5f2w_validation.xml.gz	50.5 KB	表示
CIF形式データ	5f2w_validation.cif.gz	69.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f2/5f2w ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f2/5f2w	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5f2sC 5f32C 5f37C 5f39C 5f3cC 5f3eC 5f3gC 5f3iC 5f5aC 5f5cC 5f5iC 5fplC 2oq7S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5anq-1 2q8d-2 2os2-1 5vmp-1 4v2v-1 5vmp-3 6h4q-1 5fpv-3 5vgi-4 6cg1-4 5fyc-1 3njy-2 6cg2-4 2vd7-2 1u24-2 2gp5-2 6h4w-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#240 - 2019年12月低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors) 類似性 (3) #155 - 2012年11月ビタミンD受容体 (Vitamin D Receptor) 類似性 (1) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1) #98 - 2008年2月低分子干渉RNA (Small Interfering RNA) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Lysine-specific demethylase 4A

B: Lysine-specific demethylase 4A

C: Lysine-specific demethylase 4A

D: Lysine-specific demethylase 4A

ヘテロ分子

171 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Lysine-specific demethylase 4A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
42.5 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Lysine-specific demethylase 4A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
42.8 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Lysine-specific demethylase 4A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
42.7 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Lysine-specific demethylase 4A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
42.7 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	57.390, 102.040, 142.150
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 99.70, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	Lysine-specific demethylase 4A / JmjC domain-containing histone demethylation protein 3A / Jumonji domain-containing protein 2A / ...JmjC domain-containing histone demethylation protein 3A / Jumonji domain-containing protein 2A / Histone Lysine Demethylase 4A (KDM4A) 分子量: 41854.617 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KDM4A, JHDM3A, JMJD2, JMJD2A, KIAA0677 / プラスミド: pNIC28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): ROSETTA 2 参照: UniProt: O75164, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2- ...参照: UniProt: O75164, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2-オキソグルタル酸類を片方の電子供与体とする; 酸素分をそれぞれの電子供与体に取り込む

#1: タンパク質

Lysine-specific demethylase 4A / JmjC domain-containing histone demethylation protein 3A / Jumonji domain-containing protein 2A / ...

分子量: 41854.617 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KDM4A, JHDM3A, JMJD2, JMJD2A, KIAA0677 / プラスミド: pNIC28 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): ROSETTA 2
参照: UniProt: O75164, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2- ...

-
非ポリマー , 5種, 257分子

#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-5UP / 2-(2-azanyl-1,3-thiazol-4-yl)pyridine-4-carboxamide 分子量: 220.251 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₈N₄OS
#4: 化合物	... ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 29 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 215 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.45 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.81 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: Crystallisation solution is 0.1M Bis-Tris-Propane pH7.5, 12-16% PEG-4000. Inhibitor is soaked in crystals by addition directly to the drops of DMSO dissolved compound

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8729 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年4月11日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.8729 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.6→49.48 Å / Num. obs: 47658 / % possible obs: 95.8 % / 冗長度: 3.1 % / B_iso Wilson estimate: 60.4 Å² / R_merge(I) obs: 0.109 / Net I/σ(I): 7.5
反射シェル	解像度: 2.6→2.67 Å / 冗長度: 3 % / R_merge(I) obs: 0.68 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / % possible all: 96.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BUSTER	2.10.2	精密化
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2OQ7

2oq7

解像度: 2.6→49.48 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.937 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.8994 / SU R Cruickshank DPI: 1.099 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.832 / SU R_free Blow DPI: 0.281 / SU R_free Cruickshank DPI: 0.29

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2256	2424	5.09 %	RANDOM
R_work	0.1791	-	-	-
obs	0.1814	47648	95.69 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 54.06 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.8272 Å²	0 Å²	4.2195 Å²
2-	-	-1.5684 Å²	0 Å²
3-	-	-	2.3956 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.311 Å

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.6→49.48 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10984	0	188	215	11387

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.01	11483	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	1.07	15580	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d		3688	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes		236	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes		1741	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it		11483	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd		3	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	2.86
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	18.89
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion		1467	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies		1	HARMONIC	1
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact		13002	SEMIHARMONIC	4

LS精密化シェル

解像度: 2.6→2.67 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2767	168	4.77 %
R_work	0.2188	3356	-
all	0.2216	3524	-
obs	-	-	97.31 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.409	0.9689	-0.2381	4.1841	0.5982	2.1605	-0.0168	-0.1274	0.1723	0.1267	-0.0461	0.3762	0.2845	-0.4682	0.0629	-0.1589	0.0173	-0.0903	-0.045	-0.0742	-0.2647	7.7431	46.5227	-52.8235
2	1.0911	-2.498	1.3554	0.928	-2.4922	1.9966	-0.0275	0.072	0.1361	-0.1224	0.0691	0.0767	-0.054	-0.0464	-0.0417	0.0262	0.0183	-0.1339	0.027	-0.015	-0.0293	8.7623	59.5313	-66.5526
3	2.9976	1.0942	-0.0171	2.3772	-0.2807	2.2501	-0.0521	-0.3253	-0.1578	0.1642	-0.0497	-0.298	0.3245	-0.0558	0.1018	-0.0869	0.0307	-0.0445	-0.1121	-0.0871	-0.1402	16.47	44.2379	-53.0735
4	-0.8393	-2.7342	2.283	1.8549	-1.2712	2.0133	0.0024	-0.2443	-0.3126	0.0326	-0.0188	-0.3553	0.185	0.1911	0.0164	0.2834	0.0872	0.0659	-0.2365	0.0902	-0.0063	22.6524	23.0194	-48.223
5	1.7614	-0.0536	-0.4851	3.2114	-1.5112	3.5391	0.0152	0.0892	-0.0908	-0.52	0.0077	-0.1726	0.5581	0.5534	-0.0229	-0.0581	0.0225	-0.0188	-0.087	-0.042	-0.2049	5.5578	1.6432	-14.9516
6	3.3744	-0.5701	-1.3031	2.5029	0.3528	3.4554	-0.0394	0.2085	0.5204	-0.1256	0.015	0.0564	-0.0928	0.1945	0.0244	0.0315	-0.109	-0.0199	-0.1607	0.0895	-0.0966	-0.4121	20.7815	-13.7229
7	2.3886	-0.0637	-0.5523	1.9011	-0.2446	2.9248	0.0855	0.3946	-0.0486	-0.2837	0.0465	0.2553	0.3558	-0.1276	-0.132	0.0007	0.0111	-0.0276	-0.1148	0.0241	-0.1581	-4.8598	5.7343	-14.5748
8	2.1205	2.4583	-0.4482	1.9366	2.666	2.4976	-0.0195	0.3943	-0.3765	-0.2639	0.0214	0.3526	0.3855	-0.2665	-0.0019	0.1776	-0.1247	-0.1145	-0.1765	-0.0709	-0.0873	-12.3593	-11.5755	-19.1499
9	0.6923	-0.6504	-1.9888	4.2573	-1.2908	-0.4229	0.0282	0.0568	0.1571	0.0288	-0.0969	-0.2313	-0.2464	-0.0794	0.0687	0.1718	-0.075	0.0665	-0.0862	0.0633	-0.0972	-12.1576	-3.174	-60.6624
10	2.1649	0.3403	0.8693	3.0615	-1.128	1.4478	0.1954	-0.116	-0.1194	0.0953	-0.063	-0.1324	-0.0471	0.0158	-0.1323	0.0531	0.0241	0.0239	-0.0938	-0.0225	-0.238	-16.2574	-22.2472	-53.7048
11	2.4117	-2.9244	-1.3346	0.0349	-0.1651	3.8235	-0.0289	0.1821	-0.2084	-0.2748	0.0996	-0.1042	0.0549	0.093	-0.0707	0.2166	0.0519	-0.0657	-0.1024	-0.0275	-0.106	-17.2634	-31.2122	-68.8653
12	0.7641	-1.9485	-2.4224	0.0288	-1.2801	2.869	0.0073	-0.2414	-0.0936	0.149	-0.0287	-0.0225	-0.1115	0.1324	0.0214	0.0249	0.1036	-0.051	-0.0292	0.0821	-0.0933	-16.4235	-27.058	-51.0718
13	2.7378	-0.5367	0.9325	1.8632	-0.7513	2.2076	0.0318	-0.322	0.1668	0.2033	0.1302	0.0869	-0.2473	-0.1903	-0.1621	0.0299	0.0596	0.076	-0.1179	0.0108	-0.1736	-23.5887	-16.5084	-55.1093
14	2.9825	-3.1669	1.9862	0	1.2537	1.6673	-0.047	-0.4865	0.1895	0.2983	0.1378	0.2972	-0.2327	-0.3817	-0.0907	0.2073	0.1643	0.2383	-0.0796	-0.0699	-0.2353	-31.0959	-0.7617	-46.5165
15	0.9593	-1.2272	-2.8108	3.1925	-0.2948	1.3002	0.018	0.0635	0.3158	0.1034	-0.2323	0.2735	-0.3614	-0.2876	0.2143	0.0269	0.0579	0.0326	-0.0921	-0.0637	-0.0379	-32.4697	60.5588	-13.4185
16	-0.3213	-0.8544	0.8491	1.5615	-0.5049	1.062	-0.0377	0.053	-0.1227	0.061	0.0404	0.123	0.2353	-0.0967	-0.0027	0.0091	-0.0373	-0.0358	-0.0375	0.0151	-0.0087	-32.6065	34.0278	-19.4126
17	6.1602	0.7578	0.9569	3.0388	0.7067	1.572	0.1491	-0.2534	-0.5286	0.0063	-0.1589	0.1956	0.1528	-0.1706	0.0097	0.0928	-0.1022	-0.0198	-0.1893	0.0491	-0.0535	-26.9352	31.3876	-8.6762
18	1.9595	0.3058	-0.0281	1.5497	0.2063	2.1118	-0.0075	0.2139	0.0453	-0.1607	-0.0046	0.1077	0.0151	-0.3329	0.0121	-0.0172	-0.0295	0.0055	-0.0699	-0.0035	-0.1213	-25.4733	45.7448	-19.1162
19	3.2275	0.547	0.4751	0.9636	-0.0604	2.0387	0.0975	-0.096	-0.0618	0.198	-0.0872	-0.0701	-0.0259	-0.003	-0.0103	0.0602	-0.0233	-0.0092	-0.1287	-0.0298	-0.098	-19.6335	46.0723	-11.8975
20	1.7503	1.4385	0.2534	0.5265	-1.1748	3.6223	-0.0072	0.5107	0.3151	-0.0406	0.0345	0.0616	-0.298	0.2166	-0.0273	0.0445	-0.0342	-0.0061	-0.0648	0.0713	-0.0979	-14.2406	61.144	-27.2846

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{A\|9 - 101}
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{A\|102 - 124}
3	X-RAY DIFFRACTION	3	{A\|125 - 317}
4	X-RAY DIFFRACTION	4	{A\|318 - 354}
5	X-RAY DIFFRACTION	5	{B\|3 - 78}
6	X-RAY DIFFRACTION	6	{B\|79 - 144}
7	X-RAY DIFFRACTION	7	{B\|145 - 293}
8	X-RAY DIFFRACTION	8	{B\|294 - 354}
9	X-RAY DIFFRACTION	9	{C\|6 - 26}
10	X-RAY DIFFRACTION	10	{C\|27 - 101}
11	X-RAY DIFFRACTION	11	{C\|102 - 124}
12	X-RAY DIFFRACTION	12	{C\|125 - 144}
13	X-RAY DIFFRACTION	13	{C\|145 - 293}
14	X-RAY DIFFRACTION	14	{C\|294 - 355}
15	X-RAY DIFFRACTION	15	{D\|6 - 53}
16	X-RAY DIFFRACTION	16	{D\|54 - 78}
17	X-RAY DIFFRACTION	17	{D\|79 - 124}
18	X-RAY DIFFRACTION	18	{D\|125 - 226}
19	X-RAY DIFFRACTION	19	{D\|227 - 293}
20	X-RAY DIFFRACTION	20	{D\|294 - 354}

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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