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万見
- PDB-5f1n: MHC complexed to 11mer peptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5f1n
タイトルMHC complexed to 11mer peptide
要素
  • Beta-2-microglobulin
  • MHC class I antigen
  • Peptide from Cytochrome P450 family 1 subfamily B polypeptide 1
キーワードIMMUNE SYSTEM / MHC
機能・相同性
機能・相同性情報


Endogenous sterols / Synthesis of epoxy (EET) and dihydroxyeicosatrienoic acids (DHET) / Synthesis of (16-20)-hydroxyeicosatetraenoic acids (HETE) / trabecular meshwork development / endothelial cell-cell adhesion / benzene-containing compound metabolic process / : / membrane lipid catabolic process / retinal blood vessel morphogenesis / toxin metabolic process ...Endogenous sterols / Synthesis of epoxy (EET) and dihydroxyeicosatrienoic acids (DHET) / Synthesis of (16-20)-hydroxyeicosatetraenoic acids (HETE) / trabecular meshwork development / endothelial cell-cell adhesion / benzene-containing compound metabolic process / : / membrane lipid catabolic process / retinal blood vessel morphogenesis / toxin metabolic process / blood vessel endothelial cell migration / arachidonate metabolic process / estrogen 16-alpha-hydroxylase activity / retinal metabolic process / negative regulation of cell adhesion mediated by integrin / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen, reduced flavin or flavoprotein as one donor, and incorporation of one atom of oxygen / collagen fibril organization / retinol metabolic process / estrogen metabolic process / regulation of reactive oxygen species metabolic process / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to oxidative stress / antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / positive regulation of vascular endothelial growth factor production / nitric oxide biosynthetic process / xenobiotic metabolic process / negative regulation of cell migration / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / positive regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / MHC class I protein complex / response to toxic substance / cellular response to hydrogen peroxide / phagocytic vesicle membrane / positive regulation of angiogenesis / angiogenesis / immune response / positive regulation of apoptotic process / iron ion binding / negative regulation of cell population proliferation / heme binding / endoplasmic reticulum membrane / mitochondrion / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Cytochrome P450, E-class, group I / Cytochrome P450, conserved site / Cytochrome P450 cysteine heme-iron ligand signature. / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 superfamily / Cytochrome P450 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 ...Cytochrome P450, E-class, group I / Cytochrome P450, conserved site / Cytochrome P450 cysteine heme-iron ligand signature. / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 superfamily / Cytochrome P450 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Cytochrome P450 family 1 subfamily B member 1 / Beta-2-microglobulin / MHC class I antigen
類似検索 - 構成要素
生物種Canis lupus familiaris (イヌ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2 Å
データ登録者Liu, J. / Chai, Y. / Qi, J. / Gao, G.F.
引用ジャーナル: J Immunol. / 年: 2016
タイトル: Diversified Anchoring Features the Peptide Presentation of DLA-88*50801: First Structural Insight into Domestic Dog MHC Class I
著者: Xiao, J. / Xiang, W. / Chai, Y. / Haywood, J. / Qi, J. / Ba, L. / Qi, P. / Wang, M. / Liu, J. / Gao, G.F.
履歴
登録2015年11月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年11月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年12月21日Group: Structure summary
改定 1.22017年11月15日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen
Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name
改定 1.32024年10月30日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MHC class I antigen
B: Beta-2-microglobulin
C: Peptide from Cytochrome P450 family 1 subfamily B polypeptide 1
D: MHC class I antigen
E: Beta-2-microglobulin
F: Peptide from Cytochrome P450 family 1 subfamily B polypeptide 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,4016
ポリマ－94,4016
非ポリマー00
水10,503583
1
A: MHC class I antigen
B: Beta-2-microglobulin
C: Peptide from Cytochrome P450 family 1 subfamily B polypeptide 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,2013
ポリマ－47,2013
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4720 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area18370 Å2
手法PISA
2
D: MHC class I antigen
E: Beta-2-microglobulin
F: Peptide from Cytochrome P450 family 1 subfamily B polypeptide 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,2013
ポリマ－47,2013
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4660 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area18690 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.312, 160.492, 64.481
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 104.08, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 MHC class I antigen / DLA-88*50801


分子量: 31562.742 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Canis lupus familiaris (イヌ) / 遺伝子: DLA-88 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: J9UGS3
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin


分子量: 14281.326 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Canis lupus familiaris (イヌ) / 遺伝子: B2M / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E2RN10
#3: タンパク質・ペプチド Peptide from Cytochrome P450 family 1 subfamily B polypeptide 1


分子量: 1356.547 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Canis lupus familiaris (イヌ) / 参照: UniProt: C1KG39
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 583 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.08 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.2 M sodium chloride, 0.1 M Bis-Tris (pH 5.5), 25% PEG 3,350 (w/v)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.97915 Å
検出器タイプ: BIODIFF / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2015年2月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 64847 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 4.2 % / Net I/σ(I): 15.997

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.4_1496精密化
CNSデータ削減
CNSデータスケーリング
PHASES位相決定
精密化解像度: 2→31.454 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 22.67 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2205 3278 5.06 %
Rwork0.1836 --
obs0.1855 64761 98.81 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→31.454 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6282 0 0 583 6865
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0076458
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9968772
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.3012372
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.045904
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051162
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9985-2.02830.27581280.22652302X-RAY DIFFRACTION85
2.0283-2.060.27661550.22832672X-RAY DIFFRACTION99
2.06-2.09380.28451280.22742659X-RAY DIFFRACTION99
2.0938-2.12990.26291500.21742673X-RAY DIFFRACTION99
2.1299-2.16860.25671290.21492703X-RAY DIFFRACTION99
2.1686-2.21030.25791670.21382681X-RAY DIFFRACTION100
2.2103-2.25540.27181360.21952674X-RAY DIFFRACTION99
2.2554-2.30440.2531340.21372707X-RAY DIFFRACTION99
2.3044-2.3580.25421440.20452665X-RAY DIFFRACTION99
2.358-2.4170.27651490.19572652X-RAY DIFFRACTION100
2.417-2.48230.24361510.20112714X-RAY DIFFRACTION100
2.4823-2.55530.25111270.19972685X-RAY DIFFRACTION100
2.5553-2.63770.24191380.20132696X-RAY DIFFRACTION100
2.6377-2.7320.23031390.20242745X-RAY DIFFRACTION100
2.732-2.84130.23291480.20752655X-RAY DIFFRACTION100
2.8413-2.97050.22261490.1932699X-RAY DIFFRACTION100
2.9705-3.1270.23311540.18532686X-RAY DIFFRACTION100
3.127-3.32270.24351560.17972656X-RAY DIFFRACTION99
3.3227-3.57890.20051470.18352713X-RAY DIFFRACTION99
3.5789-3.93850.21411300.16842671X-RAY DIFFRACTION99
3.9385-4.50690.15811450.14872745X-RAY DIFFRACTION100
4.5069-5.67280.17541290.14742694X-RAY DIFFRACTION99
5.6728-31.45780.18611450.15982736X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 32.34 Å / Origin y: -12.7605 Å / Origin z: 140.8398 Å
111213212223313233
T0.1196 Å2-0.0135 Å2-0.0038 Å2-0.1578 Å20.0073 Å2--0.1269 Å2
L0.1608 °2-0.0939 °2-0.0521 °2-0.6147 °20.1618 °2--0.1814 °2
S-0.0143 Å °0.033 Å °-0.0049 Å °-0.0196 Å °-0.0024 Å °-0.0048 Å °-0.0262 Å °-0.0316 Å °-0 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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