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- PDB-5f1a: The Crystal Structure of Salicylate Bound to Human Cyclooxygenase-2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5f1a
タイトルThe Crystal Structure of Salicylate Bound to Human Cyclooxygenase-2
要素Prostaglandin G/H synthase 2
キーワードOXIDOREDUCTASE/INHIBITOR / Membrane Protein / Monotopic / Cyclooxygenase / Cyclooxygenase-2 / COX / PGHS / Salicylic acid / Salicylate / Inhibitor / Complex / OXIDOREDUCTASE-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Biosynthesis of EPA-derived SPMs / Biosynthesis of DPAn-3 SPMs / Biosynthesis of DHA-derived SPMs / Biosynthesis of electrophilic ω-3 PUFA oxo-derivatives / oxidoreductase activity, acting on single donors with incorporation of molecular oxygen / Synthesis of 15-eicosatetraenoic acid derivatives / cellular response to non-ionic osmotic stress / positive regulation of platelet-derived growth factor production / lipoxygenase pathway / hair cycle ...Biosynthesis of EPA-derived SPMs / Biosynthesis of DPAn-3 SPMs / Biosynthesis of DHA-derived SPMs / Biosynthesis of electrophilic ω-3 PUFA oxo-derivatives / oxidoreductase activity, acting on single donors with incorporation of molecular oxygen / Synthesis of 15-eicosatetraenoic acid derivatives / cellular response to non-ionic osmotic stress / positive regulation of platelet-derived growth factor production / lipoxygenase pathway / hair cycle / cellular response to homocysteine / positive regulation of fibroblast growth factor production / prostaglandin-endoperoxide synthase / prostaglandin-endoperoxide synthase activity / cyclooxygenase pathway / positive regulation of transforming growth factor beta production / cellular response to lead ion / negative regulation of synaptic transmission, dopaminergic / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to osmotic stress / positive regulation of prostaglandin biosynthetic process / regulation of neuroinflammatory response / positive regulation of synaptic plasticity / Synthesis of Prostaglandins (PG) and Thromboxanes (TX) / response to fatty acid / response to fructose / positive regulation of smooth muscle contraction / : / oxidoreductase activity, acting on single donors with incorporation of molecular oxygen, incorporation of two atoms of oxygen / positive regulation of fever generation / prostaglandin secretion / response to vitamin D / cellular response to fluid shear stress / response to selenium ion / response to nematode / nuclear outer membrane / response to angiotensin / nuclear inner membrane / long-chain fatty acid biosynthetic process / response to manganese ion / prostaglandin biosynthetic process / negative regulation of smooth muscle contraction / positive regulation of cell migration involved in sprouting angiogenesis / cellular response to ATP / maintenance of blood-brain barrier / Interleukin-10 signaling / bone mineralization / negative regulation of calcium ion transport / negative regulation of cell cycle / decidualization / response to tumor necrosis factor / positive regulation of vascular endothelial growth factor production / brown fat cell differentiation / response to glucocorticoid / positive regulation of vasoconstriction / positive regulation of brown fat cell differentiation / embryo implantation / positive regulation of synaptic transmission, glutamatergic / learning / positive regulation of smooth muscle cell proliferation / peroxidase activity / caveola / regulation of blood pressure / memory / positive regulation of protein import into nucleus / cellular response to mechanical stimulus / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / response to estradiol / cellular response to heat / cellular response to lipopolysaccharide / regulation of inflammatory response / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / angiogenesis / cellular response to hypoxia / response to oxidative stress / neuron projection / positive regulation of apoptotic process / endoplasmic reticulum lumen / response to xenobiotic stimulus / negative regulation of cell population proliferation / intracellular membrane-bounded organelle / heme binding / endoplasmic reticulum membrane / enzyme binding / endoplasmic reticulum / protein homodimerization activity / protein-containing complex / metal ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Myeloperoxidase, subunit C / Haem peroxidase domain superfamily, animal type / Haem peroxidase, animal-type / Haem peroxidase domain superfamily, animal type / Animal haem peroxidase / Animal heme peroxidase superfamily profile. / Laminin / Laminin / EGF-like domain ...: / Myeloperoxidase, subunit C / Haem peroxidase domain superfamily, animal type / Haem peroxidase, animal-type / Haem peroxidase domain superfamily, animal type / Animal haem peroxidase / Animal heme peroxidase superfamily profile. / Laminin / Laminin / EGF-like domain / Haem peroxidase superfamily / EGF-like domain profile. / EGF-like domain / Ribbon / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ACRYLIC ACID / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING CO / 2-HYDROXYBENZOIC ACID / Prostaglandin G/H synthase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.38 Å
データ登録者Lucido, M.J. / Orlando, B.J. / Malkowski, M.G.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM077176 米国
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2016
タイトル: Crystal Structure of Aspirin-Acetylated Human Cyclooxygenase-2: Insight into the Formation of Products with Reversed Stereochemistry.
著者: Lucido, M.J. / Orlando, B.J. / Vecchio, A.J. / Malkowski, M.G.
履歴
登録2015年11月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年3月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月27日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list / software
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.classification
改定 1.22019年11月20日Group: Derived calculations / カテゴリ: pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
改定 1.32019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_validate_chiral / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Prostaglandin G/H synthase 2
B: Prostaglandin G/H synthase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)131,67220
ポリマ－127,3392
非ポリマー4,33318
水7,044391
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12560 Å2
ΔGint4 kcal/mol
Surface area41680 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)118.410, 132.660, 178.740
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Prostaglandin G/H synthase 2 / Cyclooxygenase-2 / COX-2 / PHS II / Prostaglandin H2 synthase 2 / PGHS-2 / Prostaglandin- ...Cyclooxygenase-2 / COX-2 / PHS II / Prostaglandin H2 synthase 2 / PGHS-2 / Prostaglandin-endoperoxide synthase 2


分子量: 63669.602 Da / 分子数: 2 / 変異: N594A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PTGS2, COX2 / プラスミド: pFastBac1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): Sf21
参照: UniProt: P35354, prostaglandin-endoperoxide synthase

-
糖 , 4種, 6分子

#2: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-4)-alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-4)-alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 748.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-4DManpa1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-2/a4-b1_b4-c1_c4-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][a-D-Manp]{[(4+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1a_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][a-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#9: 糖 ChemComp-BOG / octyl beta-D-glucopyranoside / Beta-Octylglucoside / octyl beta-D-glucoside / octyl D-glucoside / octyl glucoside / オクチルβ-D-グルコピラノシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 292.369 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C14H28O6 / コメント: 可溶化剤*YM
識別子タイププログラム
b-octylglucosideIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0

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非ポリマー , 5種, 403分子

#4: 化合物 ChemComp-SAL / 2-HYDROXYBENZOIC ACID / SALICYLIC ACID / サリチル酸


分子量: 138.121 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H6O3
#5: 化合物 ChemComp-COH / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING CO


分子量: 619.575 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32CoN4O4
#7: 化合物 ChemComp-AKR / ACRYLIC ACID / アクリル酸


分子量: 72.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H4O2
#8: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#10: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 391 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.37 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 22-34% PAA-5100, 100mM HEPES (pH 7.5), 20mM MgCl2, 0.6% BOG

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1.033 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年11月23日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.033 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.34→34.75 Å / Num. obs: 59216 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 34.51 Å2 / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.112 / Rpim(I) all: 0.061 / Net I/σ(I): 9.1 / Num. measured all: 241855 / Scaling rejects: 49
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allCC1/2Rpim(I) all% possible all
2.34-2.440.722.11796145410.7010.40399.4
10.2-34.753.90.03422.430967840.9980.01997.4

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
Aimless0.3.11データスケーリング
PHASER2.5.6位相決定
PHENIX1.9-1692精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
Coot0.8.1モデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.38→33.324 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 21.9 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2181 2791 4.96 %
Rwork0.1737 53506 -
obs0.1759 56297 99.46 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 105.09 Å2 / Biso mean: 44.1034 Å2 / Biso min: 19.61 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.38→33.324 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8893 0 292 391 9576
Biso mean--62.45 41.77 -
残基数----1105
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0059502
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.92212915
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0391368
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051662
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.9073481
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.38-2.4210.28581420.24892628277099
2.421-2.46510.25171500.24342640279099
2.4651-2.51250.27121470.22212619276699
2.5125-2.56370.26561340.21842653278799
2.5637-2.61940.28311490.21412629277899
2.6194-2.68040.23761330.198726682801100
2.6804-2.74740.24051160.19892675279199
2.7474-2.82160.19851080.1982682279099
2.8216-2.90460.27921330.20112641277499
2.9046-2.99830.2131420.19452661280399
2.9983-3.10540.24171360.19292641277799
3.1054-3.22960.22291690.18672670283999
3.2296-3.37640.22871740.18352610278499
3.3764-3.55430.22721380.168826752813100
3.5543-3.77670.19171370.151126892826100
3.7767-4.06780.19621070.144827422849100
4.0678-4.47630.2121070.142427242831100
4.4763-5.1220.17041580.13242691284999
5.122-6.44550.20151470.166327282875100
6.4455-33.32750.20711640.171628403004100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.4266-0.36021.19551.8559-0.7193.41020.3103-0.4017-0.55190.3074-0.038-0.14980.8199-0.2932-0.17050.6837-0.0273-0.01340.25140.02710.491325.67911.2086230.6416
20.2485-0.2495-0.15330.85140.3251.3290.1819-0.1026-0.50380.0945-0.15150.11630.40430.3261-0.11470.5660.2019-0.12290.43480.08980.663853.26459.4212241.9511
36.21181.33432.51040.85250.32342.2490.3220.4345-0.84790.139-0.0936-0.29450.56150.3705-0.15790.40690.08710.01150.30790.00810.334840.870516.2565229.1303
41.16360.13240.32240.73040.40891.79730.0383-0.3183-0.04110.2473-0.17620.14270.2378-0.3350.11870.2965-0.01640.05340.26930.01990.228328.353324.9099242.5273
51.46121.19840.07853.3734-0.1831.7597-0.09430.12390.54820.0559-0.09310.2344-0.38020.08140.16090.26520.0082-0.06760.21980.07690.338536.021245.2931228.0506
62.50820.0743-0.61382.86930.31854.1122-0.14010.13510.35490.1455-0.10030.1498-0.54630.15850.20450.2934-0.0711-0.11530.19610.02950.348939.528349.0679233.5236
71.45240.38740.72391.49020.02881.94140.00070.131-0.03280.04120.0005-0.14710.10350.5240.01390.19910.05080.01240.29450.02960.191346.376630.0716230.2671
87.1478-1.0543-2.90364.2205-1.88582.9449-0.1024-0.49350.83820.35950.10050.1372-0.33590.05810.01470.35-0.0425-0.04770.3134-0.09480.295440.447.951250.5421
91.47220.37491.07680.69750.51142.20320.1313-0.4262-0.17430.2805-0.10050.0830.3868-0.2168-0.04690.4247-0.05620.05330.34790.06420.258529.824820.142247.9261
102.28560.09480.40931.7525-0.5693.54250.1305-0.4932-0.43950.4911-0.2822-0.07110.4367-0.23950.15260.4818-0.0564-0.01270.28110.04390.245634.219418.4016247.5369
110.85480.76141.28750.64990.72822.4766-0.01140.09240.12880.1223-0.0258-0.05460.06030.5031-0.00720.25550.03730.01210.34230.05390.297846.642336.493231.6985
121.44770.17790.57280.58290.98552.4644-0.03670.2478-0.3525-0.17430.1602-0.36140.30431.1392-0.13830.44750.24590.06270.99110.0590.445656.139321.3962200.765
130.86571.55220.10266.94250.66361.79270.00820.2063-0.27860.0297-0.1545-0.7250.43150.87090.10350.37230.19220.05590.58410.0810.351644.757319.0575207.0212
140.5853-0.4258-0.82290.7907-0.09582.2182-0.01930.35570.1256-0.118-0.059-0.0925-0.6280.61940.00610.3266-0.1056-0.01070.56830.10940.276842.877238.8375196.5274
151.67641.0103-0.52831.4279-1.28773.1145-0.11120.2937-0.0532-0.24670.0275-0.14160.5540.30580.07820.34110.08980.0740.4148-0.04020.262528.518119.5479186.9561
168.49252.69580.02291.1258-0.18012.0127-0.19590.31080.2254-0.06150.09370.1836-0.0202-0.18370.08970.26180.06980.02640.2473-0.02270.230215.909424.4052206.5749
171.98980.5781-0.29750.7137-0.40462.08410.04020.3118-0.0797-0.1566-0.06530.00320.2847-0.08470.0340.29550.06850.0190.2185-0.05770.229823.538616.4036203.766
184.8863-0.0227-2.3452.5475-3.38715.6790.10220.88610.0403-0.71560.07140.24960.1744-0.8893-0.19250.4608-0.0015-0.01050.6819-0.08250.281414.034419.0287184.3181
190.69090.52910.04970.8847-0.23382.1544-0.08130.3631-0.1619-0.2838-0.0728-0.12770.21720.54250.16890.34440.1220.06320.4977-0.01530.310237.200720.9603193.1102
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 33 through 73 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 74 through 105a)A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 106 through 138 )A0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 139 through 208 )A0
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 209 through 269 )A0
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 270 through 319 )A0
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 320 through 390 )A0
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 391 through 428 )A0
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 429 through 485 )A0
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 486 through 535 )A0
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'A' and (resid 536 through 584 )A0
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 33 through 105a)B0
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 106 through 138 )B0
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 139 through 181 )B0
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 182 through 208 )B0
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 209 through 269 )B0
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'B' and (resid 270 through 390 )B0
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'B' and (resid 391 through 428 )B0
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'B' and (resid 429 through 583 )B0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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