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- PDB-5f0j: Structure of retromer VPS26-VPS35 subunits bound to SNX3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5f0j
タイトルStructure of retromer VPS26-VPS35 subunits bound to SNX3
要素
  • (Vacuolar protein sorting-associated protein ...) x 2
  • Sorting nexin-3
キーワードTRANSPORT PROTEIN / protein transport / retromer / sorting nexin
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of early endosome to late endosome transport / negative regulation of protein transport / late endosome to Golgi transport / neurotransmitter receptor transport, endosome to plasma membrane / protein to membrane docking / negative regulation of protein localization / membrane invagination / mitochondrion-derived vesicle / negative regulation of protein homooligomerization / tubular endosome ...negative regulation of early endosome to late endosome transport / negative regulation of protein transport / late endosome to Golgi transport / neurotransmitter receptor transport, endosome to plasma membrane / protein to membrane docking / negative regulation of protein localization / membrane invagination / mitochondrion-derived vesicle / negative regulation of protein homooligomerization / tubular endosome / regulation of terminal button organization / regulation of dendritic spine maintenance / positive regulation of Wnt protein secretion / retromer, cargo-selective complex / mitochondrion to lysosome vesicle-mediated transport / intralumenal vesicle formation / WNT ligand biogenesis and trafficking / negative regulation of lysosomal protein catabolic process / positive regulation of locomotion involved in locomotory behavior / negative regulation of late endosome to lysosome transport / retromer complex binding / positive regulation of dopamine receptor signaling pathway / neurotransmitter receptor transport, endosome to postsynaptic membrane / positive regulation of dopamine biosynthetic process / phosphatidylinositol-5-phosphate binding / vesicle-mediated transport in synapse / protein localization to endosome / retromer complex / mitochondrial fragmentation involved in apoptotic process / voluntary musculoskeletal movement / transcytosis / host-mediated suppression of symbiont invasion / regulation of protein metabolic process / dopaminergic synapse / phosphatidylinositol-3-phosphate binding / early phagosome / endocytic recycling / regulation of synapse maturation / regulation of mitochondrion organization / phosphatidylinositol-4-phosphate binding / regulation of Wnt signaling pathway / phosphatidylinositol-3,5-bisphosphate binding / retrograde transport, endosome to Golgi / clathrin-coated vesicle / positive regulation of protein localization to cell periphery / positive regulation of mitochondrial fission / lysosome organization / negative regulation of phagocytosis / regulation of postsynapse assembly / regulation of macroautophagy / regulation of presynapse assembly / D1 dopamine receptor binding / response to bacterium / regulation of protein stability / intracellular protein transport / positive regulation of neuron projection development / negative regulation of protein catabolic process / negative regulation of inflammatory response / protein destabilization / modulation of chemical synaptic transmission / Wnt signaling pathway / positive regulation of protein catabolic process / late endosome / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / protein transport / presynapse / early endosome membrane / protein phosphatase binding / vesicle / early endosome / lysosome / endosome membrane / endosome / neuron projection / Ub-specific processing proteases / postsynaptic density / negative regulation of gene expression / lysosomal membrane / neuronal cell body / positive regulation of gene expression / perinuclear region of cytoplasm / glutamatergic synapse / extracellular exosome / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Vertebrate SNX3, PX domain / : / Vacuolar protein sorting protein 26 related / Vacuolar protein sorting-associated protein 26 / Vacuolar protein sorting-associated protein 35 / Vacuolar protein sorting-associated protein 35, C-terminal / Vacuolar protein sorting-associated protein 35 / Immunoglobulin-like - #640 / Phox-like domain / PX Domain ...Vertebrate SNX3, PX domain / : / Vacuolar protein sorting protein 26 related / Vacuolar protein sorting-associated protein 26 / Vacuolar protein sorting-associated protein 35 / Vacuolar protein sorting-associated protein 35, C-terminal / Vacuolar protein sorting-associated protein 35 / Immunoglobulin-like - #640 / Phox-like domain / PX Domain / PhoX homologous domain, present in p47phox and p40phox. / PX domain profile. / PX domain / Phox homology / PX domain superfamily / Arrestin-like, C-terminal / Armadillo-type fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Sorting nexin-3 / Vacuolar protein sorting-associated protein 26A / Vacuolar protein sorting-associated protein 35
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Lucas, M. / Gershlick, D. / Vidaurrazaga, A. / Rojas, A.L. / Bonifacino, J.S. / Hierro, A.
資金援助 スペイン, 3件
組織認可番号国
Carlos III Health InstitutePI11/00121 スペイン
Basque GovernmentBFU2014-59759-R スペイン
Spanish Ministry of Economy and CompetitivenessBFU2014-59759-R スペイン
引用ジャーナル: Cell / 年: 2016
タイトル: Structural Mechanism for Cargo Recognition by the Retromer Complex.
著者: Lucas, M. / Gershlick, D.C. / Vidaurrazaga, A. / Rojas, A.L. / Bonifacino, J.S. / Hierro, A.
履歴
登録2015年11月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年12月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年12月14日Group: Database references
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Vacuolar protein sorting-associated protein 35
B: Vacuolar protein sorting-associated protein 26A
C: Sorting nexin-3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)115,24838
ポリマ－112,7223
非ポリマー2,52635
水1,71195
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12350 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area45690 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)372.820, 75.580, 57.530
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 97.870, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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Vacuolar protein sorting-associated protein ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Vacuolar protein sorting-associated protein 35 / hVPS35 / Maternal-embryonic 3 / Vesicle protein sorting 35


分子量: 53288.270 Da / 分子数: 1 / 断片: Residues 14-470 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: VPS35, MEM3, TCCCTA00141 / プラスミド: pGST-Parallel2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q96QK1
#2: タンパク質 Vacuolar protein sorting-associated protein 26A / Vesicle protein sorting 26A / hVPS26


分子量: 40239.594 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: VPS26A, VPS26 / プラスミド: pmr101A / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: O75436

-
タンパク質 , 1種, 1分子 C

#3: タンパク質 Sorting nexin-3 / Protein SDP3


分子量: 19193.814 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SNX3 / プラスミド: pHis-MBP-Parallel2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: O60493

-
非ポリマー , 4種, 130分子

#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物...
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 95 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.46 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 0.9 M AmSO4, 0.1 M MES pH 6.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.97893 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年9月24日
放射モノクロメーター: Si(111) channel-cut, cryocooled / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97893 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.69→57 Å / Num. obs: 85401 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 67.063 Å2 / Rmerge F obs: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Rrim(I) all: 0.107 / Χ2: 1.064 / Net I/σ(I): 12.09 / Num. measured all: 292428
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge F obsRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsRrim(I) all% possible all
2.69-2.850.7250.81.514372414049130080.95192.6
2.85-3.040.8740.4752.794537713217131840.56499.8
3.04-3.290.9520.2715.094243912243121900.32299.6
3.29-3.60.9830.1469.33809211343112650.17499.3
3.6-4.020.9910.09814.863451410130100710.11699.4
4.02-4.640.9930.07121.730744900589510.08499.4
4.64-5.680.9940.0624.8126352762975770.07299.3
5.68-7.990.9950.05625.520049590558710.06699.4
7.990.9990.02838.8711137331632840.03399

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
REFMAC5.8.0135精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2FAU, 2YPS

2fau

2yps


解像度: 2.7→56.98 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.934 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.911 / WRfactor Rfree: 0.246 / WRfactor Rwork: 0.2072 / FOM work R set: 0.8343 / SU B: 11.486 / SU ML: 0.224 / SU R Cruickshank DPI: 0.5345 / SU Rfree: 0.3016 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / ESU R: 0.534 / ESU R Free: 0.302 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2461 2100 5 %RANDOM
Rwork0.2072 ---
obs0.2091 39941 95.62 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 150.07 Å2 / Biso mean: 57.454 Å2 / Biso min: 16.35 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.32 Å20 Å2-0.28 Å2
2--0.17 Å20 Å2
3----0.4 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.7→56.98 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7481 0 156 95 7732
Biso mean--67.38 36.07 -
残基数----919
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0197741
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.027595
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1981.9910400
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.879317467
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9535915
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.79124.293375
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.866151406
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.7221556
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0670.21171
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0218500
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021724
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.4185.6793672
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.4175.6783671
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.1928.5074583
LS精密化 シェル解像度: 2.698→2.768 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.474 83 -
Rwork0.468 1607 -
all-1690 -
obs--52.93 %

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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