PDB-5eza: A de novo designed heptameric coiled coil CC-Hept-I18C-L22H

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5eza

タイトル

A de novo designed heptameric coiled coil CC-Hept-I18C-L22H

要素

CC-Hept-C-H-I

キーワード

DE NOVO PROTEIN / Coiled coil / heptamer

生物種

synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.76 Å

データ登録者

Burton, A.J. / Brady, R.L. / Woolfson, D.N.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Nat.Chem. / 年: 2016
タイトル: Installing hydrolytic activity into a completely de novo protein framework.
著者: Burton, A.J. / Thomson, A.R. / Dawson, W.M. / Brady, R.L. / Woolfson, D.N.

履歴

登録	2015年11月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年7月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年9月7日	Group: Database references
改定 1.2	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5eza.cif.gz	97.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5eza.ent.gz	78.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5eza.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5eza_validation.pdf.gz	447.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5eza_full_validation.pdf.gz	447.9 KB	表示
XML形式データ	5eza_validation.xml.gz	11.9 KB	表示
CIF形式データ	5eza_validation.cif.gz	17.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ez/5eza ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ez/5eza	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5ez8C 5ez9C 5ezcC 5ezeC 5f2yC 4pnaS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6g66-d 6g69-1 5ezc-d 7baw-d 4pna-d 2hy6-d 3r48-d 4kvv-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: CC-Hept-C-H-I

B: CC-Hept-C-H-I

C: CC-Hept-C-H-I

D: CC-Hept-C-H-I

E: CC-Hept-C-H-I

F: CC-Hept-C-H-I

G: CC-Hept-C-H-I

ヘテロ分子

23.7 kDa, 7 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	62.240, 61.370, 69.415
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 109.98, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	I121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	E-136- HOH

#1: タンパク質・ペプチド	CC-Hept-C-H-I 分子量: 3365.995 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 225 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.64 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.48 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.1 M MgSO4, 0.1 M HEPES at pH 7.0 with 15% w/v PEG 4,000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 90 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.976 Å
検出器	タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年4月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.76→53.59 Å / Num. obs: 24225 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 2.7 % / R_merge(I) obs: 0.097 / Net I/σ(I): 7.6
反射シェル	解像度: 1.76→1.79 Å / 冗長度: 2.7 % / R_merge(I) obs: 0.396 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 98.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.8.4_1496	精密化
iMOSFLM		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4pna

4pna

解像度: 1.76→53.59 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 21.59 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2066	1236	5.11 %
R_work	0.1663	-	-
obs	0.1684	24184	98.84 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.76→53.59 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1652	0	6	225	1883

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	1694
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.856	2251
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.631	664
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.04	241
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	278

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.76-1.8305	0.2668	132	0.2195	2531	X-RAY DIFFRACTION	98
1.8305-1.9138	0.2481	124	0.2052	2511	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9138-2.0147	0.2315	139	0.1894	2570	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0147-2.1409	0.2425	143	0.1771	2530	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1409-2.3063	0.1855	134	0.1402	2537	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3063-2.5383	0.1867	129	0.15	2545	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5383-2.9056	0.1811	156	0.1597	2560	X-RAY DIFFRACTION	99
2.9056-3.6607	0.1936	134	0.1509	2584	X-RAY DIFFRACTION	99
3.6607-53.6196	0.2114	145	0.1732	2580	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.2996	-0.8032	-6.2917	1.2116	0.9625	5.4027	-0.2023	0.1733	-0.2591	-0.0079	0.0524	0.0758	0.2493	-0.1565	0.1954	0.1489	-0.0169	-0.0471	0.0833	0.0125	0.1048	-30.4852	35.5715	-58.9056
2	6.3616	2.1808	-6.7226	1.6798	-1.629	6.0917	0.157	-0.536	0.2668	0.2398	-0.0583	0.0028	-0.1162	0.3559	-0.1169	0.1824	0.0102	-0.047	0.1536	-0.0161	0.1098	-22.6279	48.327	-46.0075
3	2.8978	0.4738	-4.0783	0.9418	0.3466	5.295	-0.1062	0.2381	-0.0558	-0.035	-0.0014	0.0658	0.0855	-0.1805	0.0773	0.1056	-0.0123	-0.0392	0.0954	-0.0046	0.077	-32.4416	43.3488	-62.2823
4	6.0118	-1.3797	-7.3258	1.0445	1.3227	7.4808	0.0629	0.3754	0.2644	-0.0394	-0.0147	0.049	-0.0958	-0.3715	-0.0256	0.1279	0.0078	-0.0463	0.1427	-0.014	0.1264	-30.5977	51.269	-59.1987
5	7.8192	-1.3106	-6.2122	1.9676	0.9992	6.4147	0.0706	0.05	0.2416	0.0782	0.0276	0.0629	-0.0458	-0.0923	-0.1443	0.1186	-0.0036	-0.0441	0.0596	-0.0288	0.0907	-26.3585	53.4387	-51.9217
6	6.1443	1.5373	-4.4113	2.0001	-1.0267	3.8918	-0.2407	-0.1532	-0.0528	-0.0349	0.1098	-0.0578	0.1877	0.0626	0.1344	0.1174	0.0051	-0.0261	0.0557	0.0186	0.0721	-26.6761	33.5364	-51.4389
7	8.0709	0.0085	-3.151	1.3141	-0.0303	2.9883	-0.0428	-0.5022	-0.0519	0.1485	-0.0004	0.062	0.114	0.2236	0.0509	0.1618	0.0122	-0.0335	0.0931	0.0126	0.0766	-22.7888	39.4366	-45.6873

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 2 through 31 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'B' and (resid 2 through 31 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'C' and (resid 2 through 31 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'D' and (resid 2 through 31 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'E' and (resid 2 through 31 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'F' and (resid 2 through 31 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'G' and (resid 2 through 31 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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