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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5eyb | |||||||||||||||
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タイトル | X-ray Structure of Reb1-Ter Complex | |||||||||||||||
要素 |
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キーワード | DNA BINDING PROTEIN/DNA / Protein-DNA complex / transcription termination / replication termination / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex | |||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 : / cis-acting DNA replication termination / rDNA spacer replication fork barrier binding, bending / replication fork arrest at rDNA repeats / rDNA spacer replication fork barrier binding / replication fork arrest involved in DNA replication termination / transcription termination site sequence-specific DNA binding / replication fork arrest / rDNA heterochromatin / termination of RNA polymerase I transcription ...: / cis-acting DNA replication termination / rDNA spacer replication fork barrier binding, bending / replication fork arrest at rDNA repeats / rDNA spacer replication fork barrier binding / replication fork arrest involved in DNA replication termination / transcription termination site sequence-specific DNA binding / replication fork arrest / rDNA heterochromatin / termination of RNA polymerase I transcription / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / sequence-specific DNA binding / transcription cis-regulatory region binding / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / regulation of DNA-templated transcription / nucleus 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) synthetic construct (人工物) | |||||||||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.7 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Jaiswal, R. / Choudhury, M. / Zaman, S. / Singh, S. / Santosh, V. / Bastia, D. / Escalante, C.R. | |||||||||||||||
資金援助 | 米国, 4件
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引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2016 タイトル: Functional architecture of the Reb1-Ter complex of Schizosaccharomyces pombe. 著者: Jaiswal, R. / Choudhury, M. / Zaman, S. / Singh, S. / Santosh, V. / Bastia, D. / Escalante, C.R. #1: ジャーナル: ACTA CRYSTALLOGR.,SECT.F / 年: 2015 タイトル: Crystallization and preliminary X-ray characterization of the eukaryotic replication termination Reb1-Ter DNA complex 著者: Jaiswal, R. / Singh, S.K. / Bastia, D. / Escalante, C.R. | |||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5eyb.cif.gz | 405.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5eyb.ent.gz | 326.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5eyb.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5eyb_validation.pdf.gz | 458.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5eyb_full_validation.pdf.gz | 463.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 5eyb_validation.xml.gz | 28.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5eyb_validation.cif.gz | 39.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ey/5eyb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ey/5eyb | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 43051.082 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUES 146-504 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) 株: 972 / ATCC 24843 / 遺伝子: reb1, SPBC1198.11c, SPBC660.01c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: Q9P6H9 #2: DNA鎖 | 分子量: 8090.251 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) #3: DNA鎖 | 分子量: 7881.115 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.52 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: マイクロバッチ法 詳細: AMMONIUM SULFATE, PEG 5000 MME, MES, MICROBATCH, TEMPERATURE 293K PH範囲: 6.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 110 K | |||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X6A / 波長: 0.9762, 0.979 | |||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2012年3月19日 | |||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 2.7→50 Å / Num. obs: 42323 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 71.37 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 14.5 | |||||||||
反射 シェル | 解像度: 2.7→2.75 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.645 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.7→32.49 Å / SU ML: 0.41 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.97 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 82.97 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.7→32.49 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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