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- PDB-5eyb: X-ray Structure of Reb1-Ter Complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5eyb
タイトルX-ray Structure of Reb1-Ter Complex
要素
  • (DNA (26-MER)) x 2
  • DNA-binding protein reb1
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / Protein-DNA complex / transcription termination / replication termination / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


cis-acting DNA replication termination / rDNA spacer replication fork barrier binding, bending / replication fork arrest at rDNA repeats / rDNA spacer replication fork barrier binding / replication fork arrest involved in DNA replication termination / transcription termination site sequence-specific DNA binding / nucleolar peripheral inclusion body / replication fork arrest / rDNA heterochromatin / termination of RNA polymerase I transcription ...cis-acting DNA replication termination / rDNA spacer replication fork barrier binding, bending / replication fork arrest at rDNA repeats / rDNA spacer replication fork barrier binding / replication fork arrest involved in DNA replication termination / transcription termination site sequence-specific DNA binding / nucleolar peripheral inclusion body / replication fork arrest / rDNA heterochromatin / termination of RNA polymerase I transcription / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / sequence-specific DNA binding / transcription cis-regulatory region binding / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleus
類似検索 - 分子機能
: / DNA-binding protein reb1, Myb-associated domain / : / Myb-type HTH DNA-binding domain profile. / Myb domain / Myb-like DNA-binding domain / SANT SWI3, ADA2, N-CoR and TFIIIB'' DNA-binding domains / SANT/Myb domain / Homeobox-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / DNA-binding protein reb1
類似検索 - 構成要素
生物種Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Jaiswal, R. / Choudhury, M. / Zaman, S. / Singh, S. / Santosh, V. / Bastia, D. / Escalante, C.R.
資金援助 米国, 4件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)1R01GM092854 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)R21CA179008 米国
ACS-IRG11997-IRG-73-001-34-IRG 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)5R01GM098013-04 米国
引用
ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2016
タイトル: Functional architecture of the Reb1-Ter complex of Schizosaccharomyces pombe.
著者: Jaiswal, R. / Choudhury, M. / Zaman, S. / Singh, S. / Santosh, V. / Bastia, D. / Escalante, C.R.
#1: ジャーナル: ACTA CRYSTALLOGR.,SECT.F / 年: 2015
タイトル: Crystallization and preliminary X-ray characterization of the eukaryotic replication termination Reb1-Ter DNA complex
著者: Jaiswal, R. / Singh, S.K. / Bastia, D. / Escalante, C.R.
履歴
登録2015年11月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年4月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年5月4日Group: Database references
改定 1.22017年9月27日Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32019年12月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA-binding protein reb1
C: DNA (26-MER)
D: DNA (26-MER)
B: DNA-binding protein reb1
E: DNA (26-MER)
F: DNA (26-MER)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)118,0456
ポリマ－118,0456
非ポリマー00
水2,324129
1
A: DNA-binding protein reb1
C: DNA (26-MER)
D: DNA (26-MER)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,0223
ポリマ－59,0223
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6910 Å2
ΔGint-54 kcal/mol
Surface area24540 Å2
手法PISA
2
B: DNA-binding protein reb1
E: DNA (26-MER)
F: DNA (26-MER)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,0223
ポリマ－59,0223
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6750 Å2
ΔGint-50 kcal/mol
Surface area25110 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.959, 162.911, 71.086
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.66, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 DNA-binding protein reb1


分子量: 43051.082 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUES 146-504 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
株: 972 / ATCC 24843 / 遺伝子: reb1, SPBC1198.11c, SPBC660.01c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: Q9P6H9
#2: DNA鎖 DNA (26-MER)


分子量: 8090.251 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 DNA (26-MER)


分子量: 7881.115 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 129 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.52 %
結晶化温度: 298 K / 手法: マイクロバッチ法
詳細: AMMONIUM SULFATE, PEG 5000 MME, MES, MICROBATCH, TEMPERATURE 293K
PH範囲: 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X6A / 波長: 0.9762, 0.979
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2012年3月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97621
20.9791
反射解像度: 2.7→50 Å / Num. obs: 42323 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 71.37 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 14.5
反射 シェル解像度: 2.7→2.75 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.645 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.4_1496精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SHELX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.7→32.49 Å / SU ML: 0.41 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.97 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.243 2072 4.92 %
Rwork0.21 --
obs0.212 42149 98.6 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 82.97 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→32.49 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5369 2120 0 129 7618
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0037882
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.57211128
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.3012982
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0241220
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0021057
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7023-2.76510.36781340.34332629X-RAY DIFFRACTION96
2.7651-2.83430.35991510.32232639X-RAY DIFFRACTION100
2.8343-2.91080.31221370.30252703X-RAY DIFFRACTION100
2.9108-2.99640.36271560.30332712X-RAY DIFFRACTION100
2.9964-3.09310.31161460.27152658X-RAY DIFFRACTION99
3.0931-3.20350.24121260.25342665X-RAY DIFFRACTION98
3.2035-3.33170.2871490.24192645X-RAY DIFFRACTION98
3.3317-3.48320.30611340.22432644X-RAY DIFFRACTION98
3.4832-3.66660.24511510.21272677X-RAY DIFFRACTION100
3.6666-3.89590.22521210.20652716X-RAY DIFFRACTION100
3.8959-4.19620.22531420.18772729X-RAY DIFFRACTION100
4.1962-4.61740.22631270.18252721X-RAY DIFFRACTION100
4.6174-5.2830.19331440.19182699X-RAY DIFFRACTION100
5.283-6.64670.22631310.19232723X-RAY DIFFRACTION100
6.6467-32.48850.211230.17532517X-RAY DIFFRACTION91
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.94987.19780.22279.94782.24042.84350.0271-0.7483-0.19390.1967-0.19230.2027-0.3531-0.17940.15140.51990.1098-0.05420.54840.06910.4195-16.2921-20.722579.4941
25.3468-1.2458-4.26173.17653.2548.64920.19490.43050.27810.015-0.22240.3785-0.3902-0.99560.06520.63060.0917-0.09130.66360.02030.3934-7.08933.440162.7568
37.8829-6.18212.74625.5707-2.51251.923-0.0184-0.3775-0.8603-0.04160.18450.34660.1503-0.2514-0.17190.5636-0.08870.01360.5360.05540.630921.9597-24.621569.5903
43.44741.4285-0.45534.9062-3.19851.54830.0755-0.1268-0.38120.2028-0.3351-0.7413-0.0048-0.01460.23860.74120.07130.03590.4893-0.00720.38691.5262-7.075370.0043
53.00092.7315-0.24726.83610.90881.6440.1183-0.0174-0.4658-1.12480.0507-0.10640.30640.1102-0.17921.07650.03620.02620.50510.05021.1019-4.2953-34.294370.0614
66.32092.5858-3.01855.9196-2.57034.38740.19420.0561-0.2122-0.2106-0.5622-0.227-0.19910.15480.31990.68040.1087-0.0390.5467-0.06440.4114.3562-0.031668.0306
72.10931.1353-1.54494.0338-1.58862.78661.19121.17032.0184-1.2727-0.8488-0.9439-1.2876-0.1876-0.20021.42280.10490.07410.59630.16050.79050.996421.371564.8355
89.6764-1.9796-0.78981.3297-1.29043.48440.6785-0.5181.1853-1.42220.4741-1.7524-2.456-0.8346-1.09451.3380.22670.19560.62010.01231.0293-3.413525.461772.4213
97.0946-2.32484.66822.84311.44237.5883-0.31172.0284-1.681-0.66630.53170.12290.1482-0.1285-0.21290.6009-0.31430.14681.197-0.35550.851210.4481-12.414997.7812
100.7235-2.55431.78388.6153-5.76124.61410.49860.0263-0.3342-1.3365-0.02380.87391.00340.3538-0.56080.852-0.1269-0.08961.0774-0.34650.92416.5107-36.3877103.643
111.30790.81050.5523.7231-1.48822.4469-0.00210.0803-0.4002-0.0438-0.0386-0.4902-0.2004-0.13560.05160.61290.01090.10080.5434-0.15980.772331.9722-32.9031116.1383
127.22632.53141.46843.15751.65252.4026-0.30010.4506-0.1208-0.02310.21490.1407-0.456-0.1180.09610.562-0.03970.02730.5994-0.0150.33354.8164-6.6689103.3957
131.18520.11321.16612.0866-1.42951.6490.62890.1139-0.2907-0.0175-0.5426-1.18280.41950.0693-0.140.9825-0.06680.26630.6368-0.15631.441435.2564-46.231106.9441
145.2989-2.95414.40582.5303-1.98993.87391.22291.96891.07420.8283-1.5179-0.21011.6504-0.63830.25520.84050.0160.06520.7252-0.1730.956126.0985-18.0304104.9469
157.006-0.68130.60322.0956-1.90093.9729-0.28790.77070.79260.7706-0.2657-1.1416-0.30870.0590.54390.9516-0.1693-0.0470.5863-0.02230.948426.24820.1909107.1091
162.9346-1.5174-4.20292.93112.47036.04360.42560.2262-0.28473.5213-0.4563-0.9591-0.524-0.91540.11811.35960.02950.05890.61740.11590.973518.17455.5146110.4331
179.0579-8.0452-3.66299.83952.16427.3039-0.64092.2289-0.76710.11330.3324-0.770.3162-0.06810.27850.5992-0.16820.21220.8248-0.23981.189530.1022-6.0711103.123
181.2789-0.03641.10375.96495.51136.1319-0.2878-0.7761-1.4023-0.4164-0.5163-1.07940.4517-0.45950.73090.6783-0.09330.34590.6612-0.13811.021529.8784-22.0473110.9701
193.59141.70382.83147.52660.01442.47280.77170.0545-0.6874-0.3909-0.5053-1.05860.5451-0.1586-0.29661.1128-0.00420.30670.6313-0.23621.203834.2744-49.1865107.4004
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN 'A' AND (RESID 154 THROUGH 242 )
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN 'A' AND (RESID 243 THROUGH 340 )
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN 'A' AND (RESID 341 THROUGH 500 )
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN 'C' AND (RESID 1 THROUGH 26 )
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN 'D' AND (RESID 1 THROUGH 11 )
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN 'D' AND (RESID 12 THROUGH 22 )
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN 'D' AND (RESID 23 THROUGH 24 )
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN 'D' AND (RESID 25 THROUGH 26 )
9X-RAY DIFFRACTION9CHAIN 'B' AND (RESID 155 THROUGH 222 )
10X-RAY DIFFRACTION10CHAIN 'B' AND (RESID 223 THROUGH 272 )
11X-RAY DIFFRACTION11CHAIN 'B' AND (RESID 273 THROUGH 381 )
12X-RAY DIFFRACTION12CHAIN 'B' AND (RESID 382 THROUGH 500 )
13X-RAY DIFFRACTION13CHAIN 'E' AND (RESID 1 THROUGH 15 )
14X-RAY DIFFRACTION14CHAIN 'E' AND (RESID 16 THROUGH 18 )
15X-RAY DIFFRACTION15CHAIN 'E' AND (RESID 19 THROUGH 26 )
16X-RAY DIFFRACTION16CHAIN 'F' AND (RESID 1 THROUGH 5 )
17X-RAY DIFFRACTION17CHAIN 'F' AND (RESID 6 THROUGH 10 )
18X-RAY DIFFRACTION18CHAIN 'F' AND (RESID 11 THROUGH 15 )
19X-RAY DIFFRACTION19CHAIN 'F' AND (RESID 16 THROUGH 26 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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