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万見
- PDB-4k2r: Structural basis for activation of ZAP-70 by phosphorylation of t... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4k2r
タイトルStructural basis for activation of ZAP-70 by phosphorylation of the SH2-kinase linker
要素Tyrosine-protein kinase ZAP-70
キーワードTRANSFERASE / kinase domain / SH2 domain / ATP Binding / cytoplam
機能・相同性
機能・相同性情報


T cell aggregation / positive regulation of alpha-beta T cell proliferation / negative thymic T cell selection / beta selection / positive thymic T cell selection / positive regulation of alpha-beta T cell differentiation / positive regulation of T cell differentiation / T cell receptor complex / Translocation of ZAP-70 to Immunological synapse / B cell activation ...T cell aggregation / positive regulation of alpha-beta T cell proliferation / negative thymic T cell selection / beta selection / positive thymic T cell selection / positive regulation of alpha-beta T cell differentiation / positive regulation of T cell differentiation / T cell receptor complex / Translocation of ZAP-70 to Immunological synapse / B cell activation / Generation of second messenger molecules / RHOH GTPase cycle / immunological synapse / T cell differentiation / Nuclear events stimulated by ALK signaling in cancer / T cell migration / phosphotyrosine residue binding / positive regulation of calcium-mediated signaling / peptidyl-tyrosine phosphorylation / T cell activation / non-membrane spanning protein tyrosine kinase activity / non-specific protein-tyrosine kinase / calcium-mediated signaling / cell-cell junction / T cell receptor signaling pathway / protein tyrosine kinase activity / adaptive immune response / protein phosphorylation / intracellular signal transduction / immune response / ATP binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Syk Kinase; Chain A, domain 2 / Syk Kinase; Chain A, domain 2 / Tyrosine-protein kinase, non-receptor SYK/ZAP-70 / Tyrosine-protein kinase SYK/ZAP-70, inter-SH2 domain superfamily / SYK/ZAP-70, N-terminal SH2 domain / SH2 domain / SHC Adaptor Protein / : / SH2 domain / Src homology 2 (SH2) domain profile. ...Syk Kinase; Chain A, domain 2 / Syk Kinase; Chain A, domain 2 / Tyrosine-protein kinase, non-receptor SYK/ZAP-70 / Tyrosine-protein kinase SYK/ZAP-70, inter-SH2 domain superfamily / SYK/ZAP-70, N-terminal SH2 domain / SH2 domain / SHC Adaptor Protein / : / SH2 domain / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2 domain / SH2 domain superfamily / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / PHOSPHATE ION / Tyrosine-protein kinase ZAP-70
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Yan, Q. / Barros, T. / Visperas, P.R. / Deindl, S. / Kadlecek, T.A. / Weiss, A. / Kuriyan, J.
引用ジャーナル: Mol.Cell.Biol. / 年: 2013
タイトル: Structural Basis for Activation of ZAP-70 by Phosphorylation of the SH2-Kinase Linker.
著者: Yan, Q. / Barros, T. / Visperas, P.R. / Deindl, S. / Kadlecek, T.A. / Weiss, A. / Kuriyan, J.
履歴
登録2013年4月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年5月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年5月22日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tyrosine-protein kinase ZAP-70
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,1814
ポリマ－69,5561
非ポリマー6253
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.530, 53.150, 68.960
Angle α, β, γ (deg.)106.10, 93.26, 104.40
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 Tyrosine-protein kinase ZAP-70 / 70 kDa zeta-chain associated protein / Syk-related tyrosine kinase


分子量: 69555.891 Da / 分子数: 1 / 変異: D461N / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ZAP70, SRK
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P43403, non-specific protein-tyrosine kinase
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER


分子量: 506.196 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O12P3
コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#4: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.84 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9.5
詳細: 0.1 M Bis-Tris pH 6.5, 20% Polyethylene glycol monomethyl ether 5,000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.1159 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年2月24日
放射モノクロメーター: KOHZU Double crystal, Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1159 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→50 Å / Num. all: 12547 / Num. obs: 11992 / % possible obs: 95.6 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1
反射 シェル解像度: 3→3.16 Å / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.24 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 1759 / % possible all: 94.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.6.0117精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3→49.09 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.906 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.827 / SU B: 55.031 / SU ML: 0.446 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.558 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28695 579 4.8 %RANDOM
Rwork0.20927 ---
obs0.21294 11374 93.94 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 48.923 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.18 Å20.36 Å20.36 Å2
2--0.04 Å20.06 Å2
3---0.39 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→49.09 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4398 0 37 0 4435
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0194544
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5521.9846141
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.7835548
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.9423.333201
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.19615803
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.6981532
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0880.2643
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0213422
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3→3.078 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.387 51 -
Rwork0.328 835 -
obs--95.17 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.6073-1.4620.61817.1417-1.09237.95640.3767-0.2589-0.5618-0.0498-0.03270.29290.2349-0.1225-0.3440.1524-0.0151-0.05030.0566-0.05170.1941-0.0917-2.482523.3524
23.5523-0.70221.14755.9814-1.28464.4126-0.03810.021-0.19250.1342-0.077-0.26140.18460.12370.11510.0630.0210.02190.04540.03810.15185.54993.682523.0775
31.9017-1.705-1.62893.58722.38322.75270.06260.13130.0079-0.2339-0.0520.2323-0.1165-0.299-0.01070.1102-0.02790.02540.21890.01950.0915-12.418810.76470.5866
414.41632.10743.35355.1897-2.70653.93940.19590.28091.02660.0788-0.12790.2233-0.34990.3418-0.0680.1377-0.01440.08480.1752-0.08590.1664-23.88621.451112.011
51.259-0.892-1.84112.11511.37392.7420.06790.19780.0369-0.2711-0.09520.0894-0.1305-0.25350.02730.06040.0333-0.06780.3162-0.03720.1691-13.88028.7172-0.4168
63.48461.2186-0.88559.5662-0.19594.1951-0.04180.1261-0.4827-0.3754-0.1519-0.61290.417-0.03290.19360.4517-0.0774-0.00840.34390.02540.09812.2249-7.5677-32.9716
70.67270.11830.59813.66680.96397.4008-0.02890.1033-0.2152-0.05530.0929-0.13220.35320.1025-0.0640.05260.03770.05860.08760.03070.13795.746-5.8274-16.3259
82.1697-3.07850.93555.8470.30682.56650.30960.35890.007-0.4426-0.2228-0.22760.64590.4901-0.08670.60050.04270.19810.21570.03810.464915.8265-16.0314-11.8865
94.7701-1.5206-0.76614.316-0.71151.6558-0.1566-0.6113-0.15430.24880.1126-0.59750.31010.37640.0440.36990.002-0.11470.16330.05620.307415.7553-12.5947-1.6503
1013.8604-26.3439-5.027750.549.34911.921.7030.85870.2074-2.3035-1.6646-0.433-1.02-0.3245-0.03841.96040.13190.00090.3616-0.07140.45648.938116.6969-4.4299
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 43
2X-RAY DIFFRACTION2A44 - 114
3X-RAY DIFFRACTION3A115 - 174
4X-RAY DIFFRACTION4A175 - 220
5X-RAY DIFFRACTION5A221 - 327
6X-RAY DIFFRACTION6A328 - 386
7X-RAY DIFFRACTION7A387 - 479
8X-RAY DIFFRACTION8A480 - 538
9X-RAY DIFFRACTION9A539 - 606
10X-RAY DIFFRACTION10A607 - 614

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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