PDB-5ey0: Crystal structure of CodY from Staphylococcus aureus with GTP and Ile

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5ey0

タイトル

Crystal structure of CodY from Staphylococcus aureus with GTP and Ile

要素

GTP-sensing transcriptional pleiotropic repressor CodY

キーワード

TRANSCRIPTION / GTP-sensing / pleiotropic transcription regulator

機能・相同性

機能・相同性情報

DNA-binding transcription repressor activity / protein-DNA complex / transcription cis-regulatory region binding / regulation of DNA-templated transcription / GTP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Han, A. / Hwang, K.Y.

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2016
タイトル: The structure of the pleiotropic transcription regulator CodY provides insight into its GTP-sensing mechanism
著者: Han, A.R. / Kang, H.R. / Son, J. / Kwon, D.H. / Kim, S. / Lee, W.C. / Song, H.K. / Song, M.J. / Hwang, K.Y.

履歴

登録	2015年11月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2016年9月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年9月21日	Group: Database references
改定 1.2	2016年11月16日	Group: Database references
改定 1.3	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5ey0.cif.gz	224.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5ey0.ent.gz	179.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5ey0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ey/5ey0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ey/5ey0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5ey1C 5ey2C 2b0lS 2b18S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4lwo-2 4zmx-d 7chk-d 2gki-d 7kfl-d 2q0o-d 4q6u-d 5tze-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#183 - 2015年3月フォトトロピン (Phototropin) 類似性 (1) #152 - 2012年8月環状AMP依存性タンパク質リン酸化酵素 (cAMP-dependent Protein Kinase) 類似性 (1)

登録構造単位

B: GTP-sensing transcriptional pleiotropic repressor CodY

A: GTP-sensing transcriptional pleiotropic repressor CodY

ヘテロ分子

62.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	45.894, 76.028, 158.023
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	GTP-sensing transcriptional pleiotropic repressor CodY 分子量: 30736.295 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (strain Mu3 / ATCC 700698) (黄色ブドウ球菌) 株: Mu3 / ATCC 700698 / 遺伝子: codY, SAHV_1245 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A7X1N2, UniProt: Q2FZ27*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-ILE / ISOLEUCINE タイプ: L-peptide linking / 分子量: 131.173 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₆H₁₃NO₂
#3: 化合物	ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE 分子量: 523.180 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₄P₃ / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 446 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.78 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.9 / 詳細: ammonium acetate, sodium citrate dehydrate, PEG400

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年5月23日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.6→30 Å / Num. obs: 69602 / % possible obs: 94.3 % / 冗長度: 3.9 % / R_merge(I) obs: 0.072 / Net I/σ(I): 23.72
反射シェル	解像度: 1.6→1.63 Å / 冗長度: 2.8 % / R_merge(I) obs: 0.313 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / % possible all: 92.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
PHENIX	1.9_1692	モデル構築
HKL-2000		data processing
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2B0L and 2B18

2b0l

2b18

解像度: 1.6→29.941 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.48 / 位相誤差: 19.6 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2091	3416	4.91 %
R_work	0.1777	-	-
obs	0.1793	69602	94.05 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→29.941 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4024	0	32	446	4502

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	4096
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.076	5517
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.753	1581
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.046	660
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	689

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.5996-1.6225	0.2764	109	0.2859	2515	X-RAY DIFFRACTION	86
1.6225-1.6467	0.2918	127	0.2636	2728	X-RAY DIFFRACTION	93
1.6467-1.6724	0.2519	135	0.2553	2698	X-RAY DIFFRACTION	94
1.6724-1.6998	0.2913	138	0.2534	2738	X-RAY DIFFRACTION	94
1.6998-1.7291	0.2608	139	0.2476	2689	X-RAY DIFFRACTION	93
1.7291-1.7606	0.2738	168	0.226	2728	X-RAY DIFFRACTION	95
1.7606-1.7944	0.2626	152	0.2317	2715	X-RAY DIFFRACTION	95
1.7944-1.831	0.2709	141	0.221	2759	X-RAY DIFFRACTION	94
1.831-1.8709	0.2208	145	0.2033	2715	X-RAY DIFFRACTION	95
1.8709-1.9144	0.2422	149	0.2007	2770	X-RAY DIFFRACTION	95
1.9144-1.9622	0.2093	133	0.1907	2736	X-RAY DIFFRACTION	94
1.9622-2.0153	0.2352	141	0.1835	2779	X-RAY DIFFRACTION	95
2.0153-2.0746	0.2072	144	0.179	2737	X-RAY DIFFRACTION	95
2.0746-2.1415	0.2047	146	0.1752	2734	X-RAY DIFFRACTION	94
2.1415-2.218	0.1911	152	0.1687	2754	X-RAY DIFFRACTION	94
2.218-2.3068	0.1986	126	0.1632	2760	X-RAY DIFFRACTION	93
2.3068-2.4117	0.2008	139	0.1705	2734	X-RAY DIFFRACTION	93
2.4117-2.5388	0.2135	147	0.1754	2734	X-RAY DIFFRACTION	93
2.5388-2.6978	0.2029	145	0.1682	2737	X-RAY DIFFRACTION	93
2.6978-2.9059	0.1905	145	0.1679	2734	X-RAY DIFFRACTION	94
2.9059-3.1981	0.2312	139	0.1711	2798	X-RAY DIFFRACTION	94
3.1981-3.6601	0.186	149	0.1525	2866	X-RAY DIFFRACTION	95
3.6601-4.6087	0.1639	157	0.1424	2920	X-RAY DIFFRACTION	97
4.6087-29.946	0.2041	150	0.1694	3108	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.7807	0.4989	0.1552	1.3187	0.1732	0.8439	0.0046	-0.0028	0.1053	-0.0022	0.0297	-0.0551	-0.1205	0.0944	-0.0393	0.1146	-0.0031	-0.0096	0.0989	-0.0192	0.1062	25.7879	11.4167	-8.0118
2	2.3883	-1.5261	2.4872	2.2629	-2.04	3.7838	-0.0259	0.1369	0.1043	-0.2308	0.0024	0.088	-0.1781	-0.0326	-0.0026	0.2031	0.0022	-0.0424	0.1774	0.0115	0.1525	11.392	11.3602	-24.9604
3	1.3562	-0.351	-0.2268	1.1197	-0.196	1.4689	0.1776	-0.7945	0.1728	0.7987	0.0988	-0.2349	-0.0672	0.0766	-0.0633	0.6397	0.0002	-0.0841	0.5476	-0.0066	0.2039	-4.5051	36.4332	-35.7013
4	5.0342	-4.0333	2.5952	2	-6.3374	9.0535	0.057	-0.039	0.0615	-0.1526	-0.0738	0.0801	0.0396	0.1054	0.038	0.1672	-0.062	-0.0603	0.1731	-0.0329	0.1831	35.3675	16.8269	-8.9102
5	1.3794	0.5511	0.025	1.0819	0.0889	0.7923	-0.0335	0.0664	-0.1643	-0.0395	0.0147	0.0264	0.0974	-0.0189	0.0176	0.118	-0.0019	-0.0037	0.1037	-0.0048	0.1085	1.4907	-12.6619	-14.1485
6	2.4342	-1.91	2.5222	3.2477	-3.3405	5.1183	-0.0218	0.2799	0.2568	-0.1198	-0.0413	0.0283	-0.2025	-0.0865	0.0389	0.1683	0.0138	-0.0152	0.1873	0.0368	0.1565	0.3965	6.4356	-23.6861
7	2.6173	-0.378	1.378	2.0791	-1.0349	1.1101	0.1314	-0.7814	-0.642	-0.1085	0.0075	-0.0734	0.3777	-0.4994	-0.0236	0.4491	0.0299	-0.038	0.6336	0.2172	0.7199	-20.3963	14.7734	-50.6154
8	6.5765	3.8167	-1.3783	8.3782	-4.6145	7.8557	-0.0253	-0.233	-0.3009	0.0441	-0.045	0.1205	-0.1429	0.0202	0.073	0.1239	-0.0665	-0.0171	0.1905	-0.0091	0.1843	-8.336	-17.8871	-13.4543

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'B' and (resid 1 through 136 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'B' and (resid 137 through 178 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'B' and (resid 179 through 255 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 301 through 301 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 1 through 136 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 137 through 178 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 179 through 255 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 301 through 301 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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