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- PDB-5ey2: Crystal structure of CodY from Bacillus cereus -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ey2
タイトルCrystal structure of CodY from Bacillus cereus
要素GTP-sensing transcriptional pleiotropic repressor CodY
キーワードTRANSCRIPTION / GTP-sensing / pleiotropic transcription regulator / auto-inhibition
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / GTP binding / DNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #380 / GTP-sensing transcriptional pleiotropic repressor CodY, N-terminal / GTP-sensing helix-turn-helix, CodY, C-terminal / GTP-sensing transcriptional pleiotropic repressor CodY / CodY GAF-like domain / CodY helix-turn-helix domain / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / GAF-like domain superfamily / Helix non-globular / Special ...Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #380 / GTP-sensing transcriptional pleiotropic repressor CodY, N-terminal / GTP-sensing helix-turn-helix, CodY, C-terminal / GTP-sensing transcriptional pleiotropic repressor CodY / CodY GAF-like domain / CodY helix-turn-helix domain / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / GAF-like domain superfamily / Helix non-globular / Special / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Global transcriptional regulator CodY
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus cereus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 3 Å
データ登録者Han, A. / Lee, W.C. / Son, J. / Kim, S.H. / Hwang, K.Y.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2016
タイトル: The structure of the pleiotropic transcription regulator CodY provides insight into its GTP-sensing mechanism
著者: Han, A.R. / Kang, H.R. / Son, J. / Kwon, D.H. / Kim, S. / Lee, W.C. / Song, H.K. / Song, M.J. / Hwang, K.Y.
履歴
登録2015年11月24日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年9月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年9月21日Group: Database references
改定 1.22016年11月16日Group: Database references
改定 1.32020年2月19日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / diffrn_source / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.42024年10月23日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GTP-sensing transcriptional pleiotropic repressor CodY
B: GTP-sensing transcriptional pleiotropic repressor CodY
D: GTP-sensing transcriptional pleiotropic repressor CodY
C: GTP-sensing transcriptional pleiotropic repressor CodY


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)124,7454
ポリマ－124,7454
非ポリマー00
水1,26170
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10850 Å2
ΔGint-66 kcal/mol
Surface area46560 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)132.066, 132.066, 223.082
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number169
Space group name H-MP61

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要素

#1: タンパク質
GTP-sensing transcriptional pleiotropic repressor CodY


分子量: 31186.203 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus cereus (strain ATCC 14579 / DSM 31) (バクテリア)
株: ATCC 14579 / DSM 31 / 遺伝子: codY, BC_3826 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q819X8
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 70 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.68 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 100 mM Tris, 200 mM MgCl2, 20% PEG400

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 0.97919 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2012年12月3日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97919 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→30 Å / Num. obs: 43902 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 12.1 % / Rmerge(I) obs: 0.109 / Net I/σ(I): 16.83
反射 シェル解像度: 3→3.08 Å / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.475 / Mean I/σ(I) obs: 3.08 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-2000データスケーリング
AutoSol位相決定
HKL-2000データ削減
精密化解像度: 3→29.177 Å / SU ML: 0.46 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 29.36 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2774 1623 3.7 %
Rwork0.2379 --
obs0.2393 43902 99.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→29.177 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7476 0 0 71 7547
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0047538
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.00510139
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.8342851
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0331218
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041299
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.0002-3.08840.34881350.30053525X-RAY DIFFRACTION100
3.0884-3.18790.29451360.28393509X-RAY DIFFRACTION100
3.1879-3.30170.31011350.27493509X-RAY DIFFRACTION100
3.3017-3.43370.31451290.25493521X-RAY DIFFRACTION100
3.4337-3.58970.26811370.2443521X-RAY DIFFRACTION100
3.5897-3.77860.2671340.23383519X-RAY DIFFRACTION100
3.7786-4.01480.24881400.2263532X-RAY DIFFRACTION100
4.0148-4.32390.28151400.23693526X-RAY DIFFRACTION100
4.3239-4.75730.25861320.21093517X-RAY DIFFRACTION100
4.7573-5.44180.28111420.22883516X-RAY DIFFRACTION100
5.4418-6.84150.30481320.26623543X-RAY DIFFRACTION100
6.8415-29.17870.24431310.20643541X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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