[日本語] English
万見
- PDB-5exk: Crystal structure of M. tuberculosis lipoyl synthase with 6-thioo... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5exk
タイトルCrystal structure of M. tuberculosis lipoyl synthase with 6-thiooctanoyl peptide intermediate
要素
  • Lipoyl synthase
  • Octanoylated peptide from M. tuberculosis H protein
キーワードTRANSFERASE / auxiliary iron-sulfur cluster / AdoMet radical / radical SAM / sulfur insertion
機能・相同性
機能・相同性情報


lipoyl synthase / lipoate synthase activity / glycine decarboxylation via glycine cleavage system / glycine cleavage complex / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / metal ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Lipoyl synthase, N-terminal / N-terminal domain of lipoyl synthase of Radical_SAM family / Lipoyl synthase / Glycine cleavage system H-protein, subgroup / Glycine cleavage system H-protein / Glycine cleavage system H-protein/Simiate / Glycine cleavage H-protein / Elp3/MiaB/NifB / Elongator protein 3, MiaB family, Radical SAM / Radical SAM superfamily ...Lipoyl synthase, N-terminal / N-terminal domain of lipoyl synthase of Radical_SAM family / Lipoyl synthase / Glycine cleavage system H-protein, subgroup / Glycine cleavage system H-protein / Glycine cleavage system H-protein/Simiate / Glycine cleavage H-protein / Elp3/MiaB/NifB / Elongator protein 3, MiaB family, Radical SAM / Radical SAM superfamily / 2-oxo acid dehydrogenase, lipoyl-binding site / 2-oxo acid dehydrogenases acyltransferase component lipoyl binding site. / Radical SAM core domain profile. / Radical SAM / Biotinyl/lipoyl domain profile. / Biotin/lipoyl attachment / Single hybrid motif / Aldolase-type TIM barrel
類似検索 - ドメイン・相同性
5'-DEOXYADENOSINE / FE3-S4 CLUSTER / IMIDAZOLE / ISOPROPYL ALCOHOL / METHIONINE / IRON/SULFUR CLUSTER / Lipoyl synthase / Glycine cleavage system H protein
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.86 Å
データ登録者McLaughlin, M.I. / Lanz, N.D. / Goldman, P.J. / Lee, K.-H. / Booker, S.J. / Drennan, C.L.
資金援助 米国, 4件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM063847 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM103268 米国
National Science Foundation (NSF, United States)MCB-0543833 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P41GM103403 米国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2016
タイトル: Crystallographic snapshots of sulfur insertion by lipoyl synthase.
著者: McLaughlin, M.I. / Lanz, N.D. / Goldman, P.J. / Lee, K.H. / Booker, S.J. / Drennan, C.L.
履歴
登録2015年11月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年8月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年8月24日Group: Database references
改定 1.22016年9月7日Group: Database references
改定 1.32017年9月27日Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.42019年11月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52025年4月2日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Lipoyl synthase
B: Octanoylated peptide from M. tuberculosis H protein
C: Lipoyl synthase
D: Octanoylated peptide from M. tuberculosis H protein
E: Lipoyl synthase
F: Octanoylated peptide from M. tuberculosis H protein
G: Lipoyl synthase
H: Octanoylated peptide from M. tuberculosis H protein
I: Lipoyl synthase
J: Octanoylated peptide from M. tuberculosis H protein
K: Lipoyl synthase
L: Octanoylated peptide from M. tuberculosis H protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)234,25741
ポリマ－227,70012
非ポリマー6,55629
水38,5342139
1
A: Lipoyl synthase
B: Octanoylated peptide from M. tuberculosis H protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,1028
ポリマ－37,9502
非ポリマー1,1526
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3090 Å2
ΔGint-48 kcal/mol
Surface area12820 Å2
手法PISA
2
C: Lipoyl synthase
D: Octanoylated peptide from M. tuberculosis H protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,0587
ポリマ－37,9502
非ポリマー1,1085
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2680 Å2
ΔGint-43 kcal/mol
Surface area12630 Å2
手法PISA
3
E: Lipoyl synthase
F: Octanoylated peptide from M. tuberculosis H protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,0677
ポリマ－37,9502
非ポリマー1,1175
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2750 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area12650 Å2
手法PISA
4
G: Lipoyl synthase
H: Octanoylated peptide from M. tuberculosis H protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,9986
ポリマ－37,9502
非ポリマー1,0484
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2530 Å2
ΔGint-42 kcal/mol
Surface area11950 Å2
手法PISA
5
I: Lipoyl synthase
J: Octanoylated peptide from M. tuberculosis H protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,9986
ポリマ－37,9502
非ポリマー1,0484
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2500 Å2
ΔGint-43 kcal/mol
Surface area12540 Å2
手法PISA
6
K: Lipoyl synthase
L: Octanoylated peptide from M. tuberculosis H protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,0337
ポリマ－37,9502
非ポリマー1,0835
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2650 Å2
ΔGint-51 kcal/mol
Surface area12360 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.773, 95.971, 114.328
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.46, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

-
タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 12分子 ACEGIKBDFHJL

#1: タンパク質
Lipoyl synthase / Lip-syn / LS / Lipoate synthase / Lipoic acid synthase / Sulfur insertion protein LipA


分子量: 36939.906 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: lipA, Rv2218, MTCY190.29 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P9WK91, lipoyl synthase
#2: タンパク質・ペプチド
Octanoylated peptide from M. tuberculosis H protein


分子量: 1010.119 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: crosslinked with [3Fe-4S] cluster / 由来: (合成) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) / 参照: UniProt: P9WN55*PLUS

-
非ポリマー , 8種, 2168分子

#3: 化合物
ChemComp-F3S / FE3-S4 CLUSTER


分子量: 295.795 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe3S4
#4: 化合物
ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 6 / Fragment: Lipoyl-binding loop / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#5: 化合物
ChemComp-5AD / 5'-DEOXYADENOSINE / 5′-デオキシアデノシン


分子量: 251.242 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H13N5O3
#6: 化合物
ChemComp-MET / METHIONINE / メチオニン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 149.211 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H11NO2S
#7: 化合物 ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン


分子量: 69.085 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5N2
#8: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#9: 化合物 ChemComp-IPA / ISOPROPYL ALCOHOL / 2-PROPANOL / 2-プロパノ-ル


分子量: 60.095 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O / コメント: alkaloid*YM
#10: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2139 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.07 % / 解説: thin rods
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 2% Tacsimate pH 7.0, 0.1 M imidazole pH 7.0, 8% (w/v) PEG 3350, 5% (v/v) isopropanol
PH範囲: 7 / Temp details: room controlled between 291-294 K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年11月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.86→50 Å / Num. obs: 143268 / % possible obs: 97.2 % / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 15.73 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.104 / Net I/σ(I): 4.6
反射 シェル解像度: 1.86→1.89 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.415 / % possible all: 95.3

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å47.03 Å
Translation2.5 Å47.03 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データスケーリング
PHASER2.5.5位相決定
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.86→47.03 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.64 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.201 7128 4.98 %Random selection
Rwork0.16 ---
obs0.162 143020 96.8 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 19.49 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.86→47.03 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14082 0 262 2139 16483
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0114936
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.35420424
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.8545598
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0482281
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0062750
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8614-1.88250.28032080.22553967X-RAY DIFFRACTION85
1.8825-1.90470.31992330.21514465X-RAY DIFFRACTION96
1.9047-1.92790.26562350.19844490X-RAY DIFFRACTION97
1.9279-1.95230.25312300.19224526X-RAY DIFFRACTION97
1.9523-1.9780.24472390.18964481X-RAY DIFFRACTION97
1.978-2.00510.25232400.19344564X-RAY DIFFRACTION97
2.0051-2.03370.2752320.19194497X-RAY DIFFRACTION97
2.0337-2.06410.21892290.18284367X-RAY DIFFRACTION94
2.0641-2.09630.23012420.1744558X-RAY DIFFRACTION97
2.0963-2.13070.20592340.16864571X-RAY DIFFRACTION97
2.1307-2.16740.20732340.16874523X-RAY DIFFRACTION97
2.1674-2.20680.22852350.16194573X-RAY DIFFRACTION97
2.2068-2.24930.222390.1594532X-RAY DIFFRACTION98
2.2493-2.29520.20972350.15774617X-RAY DIFFRACTION98
2.2952-2.34510.22742370.1634524X-RAY DIFFRACTION98
2.3451-2.39970.19552450.16794590X-RAY DIFFRACTION98
2.3997-2.45970.20142350.16434506X-RAY DIFFRACTION97
2.4597-2.52620.21272440.16034438X-RAY DIFFRACTION95
2.5262-2.60050.21942390.16014557X-RAY DIFFRACTION98
2.6005-2.68440.21912430.16594603X-RAY DIFFRACTION98
2.6844-2.78040.24312430.16644612X-RAY DIFFRACTION98
2.7804-2.89170.20992450.16814612X-RAY DIFFRACTION99
2.8917-3.02330.20132390.15994608X-RAY DIFFRACTION98
3.0233-3.18260.20622490.15674590X-RAY DIFFRACTION98
3.1826-3.3820.18582240.14844468X-RAY DIFFRACTION95
3.382-3.6430.16162470.14494665X-RAY DIFFRACTION99
3.643-4.00940.17032470.13974662X-RAY DIFFRACTION99
4.0094-4.58920.13842500.13294636X-RAY DIFFRACTION98
4.5892-5.78020.16362400.14044506X-RAY DIFFRACTION95
5.7802-47.0420.16092360.15034584X-RAY DIFFRACTION95

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る