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- PDB-5exi: Crystal structure of M. tuberculosis lipoyl synthase at 2.28 A re... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5exi
タイトルCrystal structure of M. tuberculosis lipoyl synthase at 2.28 A resolution
要素Lipoyl synthase
キーワードTRANSFERASE / auxiliary iron-sulfur cluster / AdoMet radical / radical SAM / sulfur insertion
機能・相同性
機能・相同性情報


lipoyl synthase / lipoate synthase activity / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Lipoyl synthase, N-terminal / N-terminal domain of lipoyl synthase of Radical_SAM family / Lipoyl synthase / Elp3/MiaB/NifB / Elongator protein 3, MiaB family, Radical SAM / Radical SAM superfamily / Radical SAM core domain profile. / Radical SAM / Aldolase-type TIM barrel
類似検索 - ドメイン・相同性
(2S,3S)-1,4-DIMERCAPTOBUTANE-2,3-DIOL / IRON/SULFUR CLUSTER / Lipoyl synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.28 Å
データ登録者McLaughlin, M.I. / Lanz, N.D. / Goldman, P.J. / Lee, K.-H. / Booker, S.J. / Drennan, C.L.
資金援助 米国, 4件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM063847 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM103268 米国
National Science Foundation (NSF, United States)MCB-0543833 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P41GM103403 米国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2016
タイトル: Crystallographic snapshots of sulfur insertion by lipoyl synthase.
著者: McLaughlin, M.I. / Lanz, N.D. / Goldman, P.J. / Lee, K.H. / Booker, S.J. / Drennan, C.L.
履歴
登録2015年11月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年8月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年8月24日Group: Database references
改定 1.22016年9月7日Group: Database references
改定 1.32017年9月27日Group: Author supporting evidence / Database references ...Author supporting evidence / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: citation / pdbx_audit_support ...citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list / software
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.42019年11月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lipoyl synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,7974
ポリマ－36,9401
非ポリマー8583
水3,891216
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.663, 57.815, 116.568
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Lipoyl synthase / Lip-syn / LS / Lipoate synthase / Lipoic acid synthase / Sulfur insertion protein LipA


分子量: 36939.906 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: lipA, Rv2218, MTCY190.29 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P9WK91, lipoyl synthase
#2: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#3: 化合物 ChemComp-DTV / (2S,3S)-1,4-DIMERCAPTOBUTANE-2,3-DIOL / D-DTT


分子量: 154.251 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O2S2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 216 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.63 % / 解説: square thin plates
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1 M HEPES, pH 7.5, 12% (w/v) PEG 10000, 7.5% (v/v) MPD in drop; 0.5 M LiCl in reservoir
PH範囲: 7.5 / Temp details: room temperature

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 1.7389, 1.7418, 0.9795
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年7月13日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.73891
21.74181
30.97951
Reflection冗長度: 8.2 % / 数: 119171 / Rmerge(I) obs: 0.152 / Χ2: 1.17 / D res high: 2.28 Å / D res low: 200 Å / Num. obs: 14576 / % possible obs: 93.1
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
4.9120010.0891.1389.3
3.94.9110.1081.1799.5
3.413.910.1371.2459.3
3.093.4110.1821.269.5
2.873.0910.2531.269.6
2.72.8710.3261.1949.3
2.572.710.3991.1118.6
2.462.5710.4431.0696.4
2.362.4610.461.0064.6
2.282.3610.4580.983.6
反射解像度: 2.28→200 Å / Num. obs: 14576 / % possible obs: 93.1 % / 冗長度: 8.2 % / Biso Wilson estimate: 29.23 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.152 / Χ2: 1.175 / Net I/av σ(I): 12 / Net I/σ(I): 4.9 / Num. measured all: 119171
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
2.28-2.363.60.45810160.9866.5
2.36-2.464.60.4613371.00687.4
2.46-2.576.40.44314651.06995.3
2.57-2.78.60.39915121.11197.9
2.7-2.879.30.32615071.19498.1
2.87-3.099.60.25315181.2698.3
3.09-3.419.50.18215331.2698.2
3.41-3.99.30.13715461.24598.1
3.9-4.919.50.10815451.17996.7
4.91-2009.30.08915971.13893.9

-
位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散
Phasing MADD res high: 2.28 Å / D res low: 51.81 Å / FOM acentric: 0.166 / FOM centric: 0.174 / Reflection acentric: 12707 / Reflection centric: 1977
Phasing MAD set
ID最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)Power acentricPower centricReflection acentricReflection centric
ISO_12.2851.810058861181
ISO_22.2851.810.2390.2845610986
ISO_32.2851.811.0991.08658501046
ANO_12.2851.811.174057940
ANO_22.2851.811.035053720
ANO_32.2851.810.3060120690
Phasing MAD set shell
ID解像度 (Å)Power acentricPower centricReflection acentricReflection centric
ISO_110.02-51.810010592
ISO_17.15-10.0200222100
ISO_15.86-7.1500326106
ISO_15.08-5.860037490
ISO_14.55-5.0800446104
ISO_14.15-4.5500504101
ISO_13.85-4.150054698
ISO_13.6-3.8500588105
ISO_13.4-3.60062998
ISO_13.22-3.40066098
ISO_13.07-3.220070896
ISO_12.94-3.070072990
ISO_12.83-2.9400493
ISO_12.73-2.830000
ISO_12.63-2.730000
ISO_12.55-2.630000
ISO_12.47-2.550000
ISO_12.4-2.470000
ISO_12.34-2.40000
ISO_12.28-2.340000
ANO_110.02-51.814.75401020
ANO_17.15-10.023.78102180
ANO_15.86-7.152.92103180
ANO_15.08-5.862.05103660
ANO_14.55-5.081.21604390
ANO_14.15-4.550.83605010
ANO_13.85-4.150.605370
ANO_13.6-3.850.42705830
ANO_13.4-3.60.30406210
ANO_13.22-3.40.22406480
ANO_13.07-3.220.17707000
ANO_12.94-3.070.11307170
ANO_12.83-2.940.10440
ANO_12.73-2.830000
ANO_12.63-2.730000
ANO_12.55-2.630000
ANO_12.47-2.550000
ANO_12.4-2.470000
ANO_12.34-2.40000
ANO_12.28-2.340000
ISO_210.02-51.811.0870.8229473
ISO_27.15-10.020.8090.49320079
ISO_25.86-7.150.6030.4929484
ISO_25.08-5.860.4420.29135480
ISO_24.55-5.080.2570.19942689
ISO_24.15-4.550.1770.12847784
ISO_23.85-4.150.1260.10751778
ISO_23.6-3.850.0860.0756789
ISO_23.4-3.60.060.05360681
ISO_23.22-3.40.0450.03364585
ISO_23.07-3.220.0350.02569889
ISO_22.94-3.070.0220.01971375
ISO_22.83-2.940.0150190
ISO_22.73-2.830000
ISO_22.63-2.730000
ISO_22.55-2.630000
ISO_22.47-2.550000
ISO_22.4-2.470000
ISO_22.34-2.40000
ISO_22.28-2.340000
ANO_210.02-51.815.6840880
ANO_27.15-10.023.92101920
ANO_25.86-7.152.91602840
ANO_25.08-5.862.00603340
ANO_24.55-5.081.07704020
ANO_24.15-4.550.78604560
ANO_23.85-4.150.49304960
ANO_23.6-3.850.36605480
ANO_23.4-3.60.26205840
ANO_23.22-3.40.19206120
ANO_23.07-3.220.15306740
ANO_22.94-3.070.10406830
ANO_22.83-2.940.0690190
ANO_22.73-2.830000
ANO_22.63-2.730000
ANO_22.55-2.630000
ANO_22.47-2.550000
ANO_22.4-2.470000
ANO_22.34-2.40000
ANO_22.28-2.340000
ISO_310.02-51.814.4842.67710069
ISO_37.15-10.023.252.02821575
ISO_35.86-7.152.571.82131784
ISO_35.08-5.861.9071.29237178
ISO_34.55-5.081.170.7844295
ISO_34.15-4.550.8110.61850092
ISO_33.85-4.150.6150.43254387
ISO_33.6-3.850.4290.30958797
ISO_33.4-3.60.3260.25862992
ISO_33.22-3.40.2340.15966093
ISO_33.07-3.220.1760.11870894
ISO_32.94-3.070.1140.09772987
ISO_32.83-2.940.1210.099493
ISO_32.73-2.830000
ISO_32.63-2.730000
ISO_32.55-2.630000
ISO_32.47-2.550000
ISO_32.4-2.470000
ISO_32.34-2.40000
ISO_32.28-2.340000
ANO_310.02-51.812.78801090
ANO_37.15-10.021.88602300
ANO_35.86-7.151.53103180
ANO_35.08-5.860.94203880
ANO_34.55-5.080.56804510
ANO_34.15-4.550.41305020
ANO_33.85-4.150.30505560
ANO_33.6-3.850.20805910
ANO_33.4-3.60.14806440
ANO_33.22-3.40.10706800
ANO_33.07-3.220.07607230
ANO_32.94-3.070.04607590
ANO_32.83-2.940.03507820
ANO_32.73-2.830.02408020
ANO_32.63-2.730.01708460
ANO_32.55-2.630.01208440
ANO_32.47-2.550.00808590
ANO_32.4-2.470.00608270
ANO_32.34-2.40.00506610
ANO_32.28-2.340.00304970
Phasing MAD set site
IDCartn x (Å)Cartn y (Å)Cartn z (Å)Atom type symbolB isoOccupancy
1-23.094-15.727-10.87FE141.033.26
2-13.737-15.693-25.867FE129.063.12
Phasing MAD shell
解像度 (Å)FOM acentricFOM centricReflection acentricReflection centric
10.02-51.810.8670.63311898
7.15-10.020.8260.55242111
5.86-7.150.7720.515332109
5.08-5.860.6720.372397105
4.55-5.080.5280.334459107
4.15-4.550.4430.209512109
3.85-4.150.3310.163567106
3.6-3.850.2580.12598109
3.4-3.60.2030.091652114
3.22-3.40.1570.069686105
3.07-3.220.1210.063731104
2.94-3.070.0950.064771110
2.83-2.940.0320.019791110
2.73-2.830.0190.01381899
2.63-2.730.0120.008869110
2.55-2.630.0080.005878101
2.47-2.550.0050.00389895
2.4-2.470.0030.00291691
2.34-2.40.0020.00280347
2.28-2.340.0010.00166937

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX精密化
HKL-2000データスケーリング
SHARP位相決定
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
Cootモデル構築
HKL-2000データ収集
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.28→58.284 Å / FOM work R set: 0.8228 / SU ML: 0.28 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.55 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.213 714 4.89 %Random selection
Rwork0.1634 25275 --
obs0.166 13102 91.72 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 97.71 Å2 / Biso mean: 34.63 Å2 / Biso min: 19.05 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.28→58.284 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2159 0 24 216 2399
Biso mean--30.74 40.88 -
残基数----278
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072240
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0043056
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.068336
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004400
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.959846
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 9

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.2801-2.37140.317850.24111853193861
2.3714-2.47930.31981300.2322664279487
2.4793-2.61010.28351580.21182904306294
2.6101-2.77360.26131460.21012963310997
2.7736-2.98770.26091600.19213001316198
2.9877-3.28840.26111590.18543023318298
3.2884-3.76410.17531630.14193003316698
3.7641-4.74210.18521520.12582981313398
4.7421-58.3030.14371470.12922883303094

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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