PDB-5ew4: Crystal structure of C9ORF72 Antisense CCCCGG repeat RNA associat...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5ew4

タイトル

Crystal structure of C9ORF72 Antisense CCCCGG repeat RNA associated with Lou Gehrig's disease and frontotemporal dementia, crystallized with Sr2+

要素

RNA (5'-R(*CP*CP*CP*CP*GP*GP*CP*CP*CP*CP*GP*GP*CP*CP*CP*CP*GP*GP*CP*CP*CP*C)-3')

キーワード

RNA / REPEAT EXPANSION DISORDER / GENETIC DISEASE

機能・相同性

: / STRONTIUM ION / RNA / RNA (> 10)

機能・相同性情報

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / AB INITIO / 解像度: 1.47 Å

データ登録者

Tomchick, D.R. / Dodd, D.W. / Gagnon, K.T. / Corey, D.R.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2016
タイトル: Pathogenic C9ORF72 Antisense Repeat RNA Forms a Double Helix with Tandem C:C Mismatches.
著者: Dodd, D.W. / Tomchick, D.R. / Corey, D.R. / Gagnon, K.T.

履歴

登録	2015年11月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年2月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年3月16日	Group: Database references
改定 1.2	2024年3月6日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / struct_conn Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5ew4.cif.gz	68.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5ew4.ent.gz	52.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5ew4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5ew4_validation.pdf.gz	411.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5ew4_full_validation.pdf.gz	411.1 KB	表示
XML形式データ	5ew4_validation.xml.gz	5.8 KB	表示
CIF形式データ	5ew4_validation.cif.gz	8.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ew/5ew4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ew/5ew4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

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類似構造データ	5ew7-d 4e48-2 3gjp-d 6egc-d 4dme-d 6ia2-d 5x3o-1 6rou-1 5x3m-1 5af4-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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類似性 (1)
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類似性 (1)
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20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
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SNAREタンパク質 (SNARE Proteins)
類似性 (1)

登録構造単位

A: RNA (5'-R(*CP*CP*CP*CP*GP*GP*CP*CP*CP*CP*GP*GP*CP*CP*CP*CP*GP*GP*CP*CP*CP*C)-3')

B: RNA (5'-R(*CP*CP*CP*CP*GP*GP*CP*CP*CP*CP*GP*GP*CP*CP*CP*CP*GP*GP*CP*CP*CP*C)-3')

ヘテロ分子

14.3 kDa, 2 ポリマー
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1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	41.020, 47.615, 58.900
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
RNA鎖 , 1種, 2分子 AB

#1: RNA鎖	RNA (5'-R(CPCPCPCPGPGPCPCPCPCPGPGPCPCPCPCPGPGPCPCPCPC)-3') 分子量: 6909.185 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)

-
非ポリマー , 5種, 175分子

#2: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#3: 化合物	ChemComp-SR / STRONTIUM ION / ストロンチウムジカチオン分子量: 87.620 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Sr
#4: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: Cl
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 162 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.08 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.9 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.04 M sodium cacodylate, 50 mM KCl, 0.04 M LiCl, 0.012 M spermine, 0.08 M strontium chloride, 10% (v/v) (+/-)-2-methyl-2,4-pentanediol, equilibrated against 35% (v/v) (+/-)-2-methyl-2,4-pentanediol

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97924 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年4月14日 / 詳細: monochromator

放射

モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97924 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.47→50 Å / Num. obs: 20000 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 4.5 % / B_iso Wilson estimate: 13.58 Å² / R_merge(I) obs: 0.032 / R_pim(I) all: 0.016 / R_rim(I) all: 0.036 / Χ²: 0.839 / Net I/av σ(I): 36.407 / Net I/σ(I): 14.1 / Num. measured all: 90931

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.47-1.5	2.9	0.542	888	0.713	0.343	0.648	0.811	89.4
1.5-1.52	3.5	0.454	977	0.818	0.269	0.532	0.854	98.8
1.52-1.55	4.3	0.397	1000	0.909	0.211	0.451	0.876	99.9
1.55-1.58	4.6	0.335	997	0.95	0.171	0.378	0.927	100
1.58-1.62	4.7	0.246	983	0.977	0.123	0.276	0.908	100
1.62-1.66	4.7	0.18	1010	0.988	0.089	0.202	0.899	100
1.66-1.7	4.8	0.136	992	0.996	0.068	0.153	0.89	99.9
1.7-1.74	4.8	0.117	993	0.995	0.058	0.131	0.921	100
1.74-1.79	4.7	0.107	1017	0.991	0.054	0.12	0.921	100
1.79-1.85	4.8	0.088	993	0.993	0.044	0.099	0.873	99.9
1.85-1.92	4.8	0.068	996	0.996	0.034	0.076	0.874	100
1.92-2	4.8	0.054	1013	0.997	0.027	0.061	0.864	99.9
2-2.09	4.8	0.042	990	0.998	0.02	0.047	0.789	99.7
2.09-2.2	4.7	0.034	1017	0.998	0.017	0.038	0.707	99.7
2.2-2.33	4.8	0.03	1009	0.998	0.014	0.033	0.65	99.6
2.33-2.51	4.7	0.03	1017	0.998	0.015	0.034	0.738	99.6
2.51-2.77	4.7	0.033	1022	0.997	0.016	0.037	1.016	99
2.77-3.17	4.7	0.032	1030	0.995	0.016	0.036	1.111	98.7
3.17-3.99	4.6	0.023	1024	0.999	0.011	0.025	0.61	97.3
3.99-50	4.4	0.019	1032	0.998	0.01	0.022	0.525	91.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
HKL-3000		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
HKL-3000		データ削減
ACORN		位相決定

精密化

構造決定の手法: AB INITIO / 解像度: 1.47→23.923 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 24.03 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2389	1928	10.01 %	throughout
R_work	0.2155	17341	-	-
obs	0.2179	19269	95.32 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 57.31 Å² / B_iso mean: 23.1584 Å² / B_iso min: 8.88 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.47→23.923 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	0	818	13	162	993
B_iso mean	-	-	22.92	28.05	-
残基数	-	-	-	-	41

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.024	954
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.508	1408
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.025	195
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	39
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	6.489	462

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.47-1.5073	0.3309	87	0.2694	781	868	61
1.5073-1.5481	0.2816	119	0.2673	1079	1198	85
1.5481-1.5936	0.2188	141	0.2522	1269	1410	99
1.5936-1.645	0.2706	144	0.2265	1286	1430	100
1.645-1.7038	0.2474	140	0.2266	1259	1399	100
1.7038-1.772	0.2459	141	0.2169	1275	1416	100
1.772-1.8526	0.2619	145	0.2186	1298	1443	100
1.8526-1.9503	0.2336	142	0.2263	1283	1425	100
1.9503-2.0724	0.246	143	0.2069	1285	1428	100
2.0724-2.2323	0.2502	145	0.2027	1300	1445	100
2.2323-2.4568	0.212	144	0.2078	1295	1439	100
2.4568-2.8118	0.2302	145	0.2322	1307	1452	99
2.8118-3.5407	0.2297	144	0.1958	1296	1440	98
3.5407-23.9262	0.2342	148	0.2118	1328	1476	94

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.8985	-0.9968	-0.8911	1.2279	1.6723	2.3652	-0.2317	-0.152	0.2422	-0.0094	-0.0056	0.5378	-0.1973	-0.0893	0.0751	0.1363	-0.0012	0.014	0.1204	-0.0444	0.3551	17.6635	35.1684	59.5573
2	1.7376	-1.803	1.0829	1.9598	-1.3846	2.0867	0.3049	0.2991	0.0211	-0.5025	-0.062	0.1203	0.2503	0.3447	-0.1868	0.1775	-0.0086	-0.0299	0.104	0.0053	0.0756	18.67	27.3754	43.7451
3	4.1065	0.2043	-1.1179	1.9849	-0.7186	1.9903	0.0993	0.2577	-0.4567	-0.2451	-0.088	-0.0816	0.1068	-0.1173	-0.0255	0.1705	-0.0115	-0.0206	0.1276	-0.0063	0.11	20.1217	34.9888	26.0809
4	3.2687	0.6626	-0.9337	3.0058	0.5033	0.9594	-0.1268	0.1414	-0.2865	0.0293	0.0079	0.3401	0.3691	-0.3378	0.1152	0.2895	-0.0312	-0.0626	0.19	-0.016	0.5136	17.1764	28.0487	25.3666
5	1.1944	-0.3795	0.5443	1.6386	-0.8314	1.6368	0.009	-0.0787	0.1063	-0.0583	0.1156	-0.102	-0.015	0.0123	-0.1222	0.144	-0.005	0.006	0.0899	-0.0132	0.0926	20.0534	32.1019	51.7152

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND RESID 3:8 )	A	3 - 8
2	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN A AND RESID 9:14 )	A	9 - 14
3	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN A AND RESID 15:21 )	A	15 - 21
4	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN B AND RESID 2:8 )	B	2 - 8
5	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN B AND RESID 9:21 )	B	9 - 21

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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