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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5evi | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of Beta-Lactamase/D-Alanine Carboxypeptidase from Pseudomonas syringae | ||||||
要素 | (Beta-Lactamase/D-Alanine ...) x 4 | ||||||
キーワード | HYDROLASE / alpha-beta-fold / Structural Genomics / PSI-Biology / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / outer membrane-bounded periplasmic space / response to antibiotic 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Pseudomonas syringae pv. tomato (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å | ||||||
データ登録者 | Kim, Y. / Hatzos-Skintges, C. / Endres, M. / Babnigg, G. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Crystal Structure of Beta-Lactamase/D-Alanine Carboxypeptidase from Pseudomonas syringae 著者: Kim, Y. / Hatzos-Skintges, C. / Endres, M. / Babnigg, G. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5evi.cif.gz | 526.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5evi.ent.gz | 451.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5evi.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5evi_validation.pdf.gz | 492.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5evi_full_validation.pdf.gz | 502.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 5evi_validation.xml.gz | 55.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5evi_validation.cif.gz | 77.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ev/5evi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ev/5evi | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
-Beta-Lactamase/D-Alanine ... , 4種, 4分子 ABCD
#1: タンパク質 | 分子量: 40686.734 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Pseudomonas syringae pv. tomato (バクテリア) 株: DC3000 / 遺伝子: ampC, PSPTO_3594 / プラスミド: pMCSG73 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 magic / 参照: UniProt: Q87Z37, beta-lactamase |
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#2: タンパク質 | 分子量: 40686.730 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Pseudomonas syringae pv. tomato (バクテリア) 株: DC3000 / 遺伝子: ampC, PSPTO_3594 / プラスミド: pMCSG73 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 magic / 参照: UniProt: Q87Z37, beta-lactamase |
#3: タンパク質 | 分子量: 40686.734 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Pseudomonas syringae pv. tomato (バクテリア) 株: DC3000 / 遺伝子: ampC, PSPTO_3594 / プラスミド: pMCSG73 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 magic / 参照: UniProt: Q87Z37, beta-lactamase |
#4: タンパク質 | 分子量: 40713.777 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Pseudomonas syringae pv. tomato (バクテリア) 株: DC3000 / 遺伝子: ampC, PSPTO_3594 / プラスミド: pMCSG73 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 magic / 参照: UniProt: Q87Z37, beta-lactamase |
-非ポリマー , 3種, 523分子
#5: 化合物 | ChemComp-SO4 / #6: 化合物 | ChemComp-EDO / #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.95 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 2.0 M Ammonium Sulfate 0.1 M Bis-Tris:HCl pH 6.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97926 Å | |||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年2月8日 | |||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.97926 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||
Reflection twin |
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反射 | 解像度: 1.8→50 Å / Num. all: 128402 / Num. obs: 128402 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 2.2 % / Rsym value: 0.054 / Net I/σ(I): 12.44 | |||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.83 Å / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.419 / Mean I/σ(I) obs: 2.49 / % possible all: 96.2 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.8→36.32 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.941 / SU B: 3.753 / SU ML: 0.064 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.027 / ESU R Free: 0.025 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 24.853 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→36.32 Å
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拘束条件 |
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