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万見
- PDB-5evi: Crystal Structure of Beta-Lactamase/D-Alanine Carboxypeptidase fr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5evi
タイトルCrystal Structure of Beta-Lactamase/D-Alanine Carboxypeptidase from Pseudomonas syringae
要素(Beta-Lactamase/D-Alanine ...) x 4
キーワードHYDROLASE / alpha-beta-fold / Structural Genomics / PSI-Biology / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG
機能・相同性
機能・相同性情報


antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / outer membrane-bounded periplasmic space / response to antibiotic
類似検索 - 分子機能
Beta-lactamase, class-C active site / Beta-lactamase class-C active site. / : / Beta-lactamase-related / Beta-lactamase / Beta-lactamase / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / Beta-lactamase/transpeptidase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Pseudomonas syringae pv. tomato (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Kim, Y. / Hatzos-Skintges, C. / Endres, M. / Babnigg, G. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS) 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of Beta-Lactamase/D-Alanine Carboxypeptidase from Pseudomonas syringae
著者: Kim, Y. / Hatzos-Skintges, C. / Endres, M. / Babnigg, G. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
履歴
登録2015年11月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年1月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月4日Group: Author supporting evidence / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_reflns_twin / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_reflns_twin.operator / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22025年4月2日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-Lactamase/D-Alanine Carboxypeptidase
B: Beta-Lactamase/D-Alanine Carboxypeptidase
C: Beta-Lactamase/D-Alanine Carboxypeptidase
D: Beta-Lactamase/D-Alanine Carboxypeptidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)163,81917
ポリマ－162,7744
非ポリマー1,04513
水9,188510
1
A: Beta-Lactamase/D-Alanine Carboxypeptidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,9414
ポリマ－40,6871
非ポリマー2543
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Beta-Lactamase/D-Alanine Carboxypeptidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,8453
ポリマ－40,6871
非ポリマー1582
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Beta-Lactamase/D-Alanine Carboxypeptidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,0656
ポリマ－40,6871
非ポリマー3785
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Beta-Lactamase/D-Alanine Carboxypeptidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,9684
ポリマ－40,7141
非ポリマー2543
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.869, 72.645, 93.770
Angle α, β, γ (deg.)89.94, 90.01, 90.08
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

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Beta-Lactamase/D-Alanine ... , 4種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 Beta-Lactamase/D-Alanine Carboxypeptidase


分子量: 40686.734 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas syringae pv. tomato (バクテリア)
株: DC3000 / 遺伝子: ampC, PSPTO_3594 / プラスミド: pMCSG73 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 magic / 参照: UniProt: Q87Z37, beta-lactamase
#2: タンパク質 Beta-Lactamase/D-Alanine Carboxypeptidase


分子量: 40686.730 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas syringae pv. tomato (バクテリア)
株: DC3000 / 遺伝子: ampC, PSPTO_3594 / プラスミド: pMCSG73 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 magic / 参照: UniProt: Q87Z37, beta-lactamase
#3: タンパク質 Beta-Lactamase/D-Alanine Carboxypeptidase


分子量: 40686.734 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas syringae pv. tomato (バクテリア)
株: DC3000 / 遺伝子: ampC, PSPTO_3594 / プラスミド: pMCSG73 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 magic / 参照: UniProt: Q87Z37, beta-lactamase
#4: タンパク質 Beta-Lactamase/D-Alanine Carboxypeptidase


分子量: 40713.777 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas syringae pv. tomato (バクテリア)
株: DC3000 / 遺伝子: ampC, PSPTO_3594 / プラスミド: pMCSG73 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 magic / 参照: UniProt: Q87Z37, beta-lactamase

-
非ポリマー , 3種, 523分子

#5: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 510 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.95 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 2.0 M Ammonium Sulfate 0.1 M Bis-Tris:HCl pH 6.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97926 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年2月8日
放射モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97926 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.323
11-h,-k,l20.284
11h,-k,-l30.206
11-H, K, -L40.187
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. all: 128402 / Num. obs: 128402 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 2.2 % / Rsym value: 0.054 / Net I/σ(I): 12.44
反射 シェル解像度: 1.8→1.83 Å / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.419 / Mean I/σ(I) obs: 2.49 / % possible all: 96.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0103精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
HKL-3000位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.8→36.32 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.941 / SU B: 3.753 / SU ML: 0.064 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.027 / ESU R Free: 0.025 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20081 5791 4.7 %RANDOM
Rwork0.16316 ---
obs0.16493 117229 92.8 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 24.853 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.2 Å20.1 Å20.05 Å2
2---1.78 Å2-3.19 Å2
3---2.98 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→36.32 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11118 0 59 510 11687
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.01911532
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0211001
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4731.98215724
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.972325227
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.12951452
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.57724.563515
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.866151646
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.2161564
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.080.21775
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.02113286
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022674
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.6262.1365781
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.6262.1365780
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.8333.1987242
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.8333.1987243
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.52.2945751
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.52.2945751
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.6573.3888483
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.37617.17912845
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.34517.13512742
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.796→1.843 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.251 283 -
Rwork0.2 5967 -
obs--63.74 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 20.1943 Å / Origin y: 13.7246 Å / Origin z: 23.793 Å
111213212223313233
T0.0147 Å20.0014 Å20.0049 Å2-0.029 Å2-0.0056 Å2--0.0485 Å2
L0.0087 °20.005 °2-0.0054 °2-0.0154 °2-0.0079 °2--0.0201 °2
S-0.0008 Å °0.0157 Å °-0.0029 Å °-0.0131 Å °0.0059 Å °0.0018 Å °0.0013 Å °-0.0078 Å °-0.0051 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A5 - 360
2X-RAY DIFFRACTION1B3 - 361
3X-RAY DIFFRACTION1C5 - 360
4X-RAY DIFFRACTION1D3 - 361

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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