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万見
- PDB-5et4: Structure of RNase A-K7H/R10H in complex with 3'-CMP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5et4
タイトルStructure of RNase A-K7H/R10H in complex with 3'-CMP
要素Ribonuclease pancreatic
キーワードHYDROLASE / RNase A / p2 subsite / exonuclease activity
機能・相同性
機能・相同性情報


pancreatic ribonuclease / ribonuclease A activity / RNA nuclease activity / nucleic acid binding / lyase activity / defense response to Gram-positive bacterium / extracellular region
類似検索 - 分子機能
P-30 Protein / Ribonuclease A-like domain / Pancreatic ribonuclease / Ribonuclease A, active site / Ribonuclease A-domain / Ribonuclease A-like domain superfamily / Pancreatic ribonuclease / Pancreatic ribonuclease family signature. / Pancreatic ribonuclease / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CYTIDINE-3'-MONOPHOSPHATE / Ribonuclease pancreatic
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Blanco, J.A. / Salazar, V.A. / Moussaoui, M. / Boix, E.
資金援助 スペイン, 1件
組織認可番号国
スペイン
引用ジャーナル: Biochim Biophys Acta Gen Subj / 年: 2019
タイトル: Characterization of an RNase with two catalytic centers. Human RNase6 catalytic and phosphate-binding site arrangement favors the endonuclease cleavage of polymeric substrates.
著者: Prats-Ejarque, G. / Blanco, J.A. / Salazar, V.A. / Nogues, V.M. / Moussaoui, M. / Boix, E.
履歴
登録2015年11月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年11月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月24日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen
Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain
改定 1.22019年7月17日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.32021年2月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.42024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ribonuclease pancreatic
B: Ribonuclease pancreatic
C: Ribonuclease pancreatic
D: Ribonuclease pancreatic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,2049
ポリマ－54,7934
非ポリマー1,4115
水7,999444
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4870 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area24810 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)160.366, 32.281, 106.963
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 125.71, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-407-

HOH

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要素

#1: タンパク質
Ribonuclease pancreatic / RNase 1 / RNase A


分子量: 13698.247 Da / 分子数: 4 / 変異: K7H, R10H / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: RNASE1, RNS1 / プラスミド: pET11c / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: P61823, EC: 3.1.27.5
#2: 化合物
ChemComp-C3P / CYTIDINE-3'-MONOPHOSPHATE / 3′-CMP


分子量: 323.197 Da / 分子数: 4 / 変異: K7H, R10H / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C9H14N3O8P / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / プラスミド: pET11c / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: EC: 3.1.27.5
#3: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 444 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.87 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: 800 uL crystallisation condition reservoir formed by 27% PEG4000 and 20 mM sodium cacodylate buffer, pH 5.0. Crystals grew from droplets of 1 uL of protein solution and an equal volume of reservoir solution.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11 / 波長: 0.987 Å
検出器タイプ: MAR555 FLAT PANEL / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2007年7月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→86.71 Å / Num. all: 84648 / Num. obs: 26449 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 3.2 % / Net I/σ(I): 10.7
反射 シェル解像度: 2.1→2.17 Å / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1RPF

1rpf


解像度: 2.1→29.125 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 36.24 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3212 1332 5.04 %
Rwork0.2236 --
obs0.2285 26433 99.07 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→29.125 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3888 0 8 444 4340
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0093990
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2125391
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.4891427
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.049599
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006696
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.0991-2.17410.35331250.2594240897
2.1741-2.26110.36251140.26742515100
2.2611-2.36390.43481350.26932494100
2.3639-2.48850.38631360.2592541100
2.4885-2.64430.36981200.26942495100
2.6443-2.84830.39531310.26562513100
2.8483-3.13470.37821380.2472520100
3.1347-3.58750.28361580.20052517100
3.5875-4.51720.24681340.1762254199
4.51720.27491410.197255796

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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