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- PDB-5et0: Crystal structure of Myo3b-ARB2 in complex with Espin1-AR -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5et0
タイトルCrystal structure of Myo3b-ARB2 in complex with Espin1-AR
要素
  • Espin
  • Myosin-IIIb
キーワードPROTEIN BINDING/MOTOR PROTEIN / Unconventional myosin / protein binding / signaling / PROTEIN BINDING-MOTOR PROTEIN complex
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of cytoskeleton organization / regulation of actin filament length / actin filament network formation / parallel actin filament bundle assembly / histone H4S1 kinase activity / : / histone H3S57 kinase activity / histone H2BS14 kinase activity / histone H3S28 kinase activity / histone H2AS1 kinase activity ...negative regulation of cytoskeleton organization / regulation of actin filament length / actin filament network formation / parallel actin filament bundle assembly / histone H4S1 kinase activity / : / histone H3S57 kinase activity / histone H2BS14 kinase activity / histone H3S28 kinase activity / histone H2AS1 kinase activity / stereocilium tip / histone H3T6 kinase activity / histone H2AT120 kinase activity / ribosomal protein S6 kinase activity / histone H2BS36 kinase activity / filopodium tip / Rho-dependent protein serine/threonine kinase activity / eukaryotic translation initiation factor 2alpha kinase activity / AMP-activated protein kinase activity / cochlea morphogenesis / histone H3T3 kinase activity / 3-phosphoinositide-dependent protein kinase activity / stereocilium bundle / histone H3T45 kinase activity / DNA-dependent protein kinase activity / histone H2AXS139 kinase activity / stereocilium / histone H3T11 kinase activity / histone H3S10 kinase activity / auditory receptor cell stereocilium organization / myosin complex / positive regulation of filopodium assembly / anchoring junction / microfilament motor activity / microvillus / filamentous actin / brush border / actin filament bundle assembly / photoreceptor outer segment / photoreceptor inner segment / visual perception / locomotory behavior / sensory perception of sound / SH3 domain binding / actin filament binding / actin cytoskeleton / actin binding / dendritic spine / non-specific serine/threonine protein kinase / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / ATP binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Class III myosin, motor domain / : / Ankyrin repeats (many copies) / Wiskott Aldrich syndrome homology region 2 / WH2 motif / WH2 domain profile. / WH2 domain / IQ calmodulin-binding motif / Ankyrin repeats (many copies) ...: / Class III myosin, motor domain / : / Ankyrin repeats (many copies) / Wiskott Aldrich syndrome homology region 2 / WH2 motif / WH2 domain profile. / WH2 domain / IQ calmodulin-binding motif / Ankyrin repeats (many copies) / Short calmodulin-binding motif containing conserved Ile and Gln residues. / IQ motif, EF-hand binding site / Myosin head, motor domain / Myosin head (motor domain) / Myosin motor domain profile. / Myosin. Large ATPases. / IQ motif profile. / Kinesin motor domain superfamily / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Myosin-IIIb / Espin
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Liu, H. / Li, J. / Liu, W. / Zhang, M.
引用ジャーナル: Elife / 年: 2016
タイトル: Myosin III-mediated cross-linking and stimulation of actin bundling activity of Espin
著者: Liu, H. / Li, J. / Raval, M.H. / Yao, N. / Deng, X. / Lu, Q. / Nie, S. / Feng, W. / Wan, J. / Yengo, C.M. / Liu, W. / Zhang, M.
履歴
登録2015年11月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年2月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Espin
B: Myosin-IIIb
C: Espin
D: Myosin-IIIb


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,3054
ポリマ－88,3054
非ポリマー00
水41423
1
A: Espin
B: Myosin-IIIb


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,1522
ポリマ－44,1522
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1730 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area15230 Å2
手法PISA
2
C: Espin
D: Myosin-IIIb


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,1522
ポリマ－44,1522
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1760 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area15060 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)39.740, 68.780, 173.450
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.040, 90.000
Int Tables number3
Space group name H-MP121

-
要素

#1: タンパク質 Espin / Ectoplasmic specialization protein


分子量: 37994.605 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 1-352 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Espn / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9ET47
#2: タンパク質 Myosin-IIIb


分子量: 6157.858 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 1252-1305 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Myo3b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q1EG27
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.18 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 1.6 M Ammonium Sulfate, 0.1 M Tris

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年5月15日
放射モノクロメーター: Double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→173.45 Å / Num. obs: 39636 / % possible obs: 94.9 % / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 38.59 Å2 / Rpim(I) all: 0.062 / Rrim(I) all: 0.12 / Rsym value: 0.103 / Χ2: 1.762 / Net I/av σ(I): 5.171 / Net I/σ(I): 7.7 / Num. measured all: 148562
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRpim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
2.3-2.423.80.7990.82226458660.4690.7991.996.6
2.42-2.573.80.4671.42089254970.2740.4672.995.9
2.57-2.753.70.3551.41915552170.2210.3553.996.4
2.75-2.973.80.1843.91798647390.1080.1845.694.8
2.97-3.253.70.1155.91649044180.0680.1157.994.9
3.25-3.643.70.0946.21396738260.0570.09411.290.5
3.64-4.23.70.0766.71209232630.0460.07614.588.9
4.2-5.143.80.05810.31197631160.0340.05815.999
5.14-7.273.80.05511.1929524390.0330.05515.299.2
7.27-34.693.50.04115444512550.0250.04116.690.5

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ収集
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX(1.10_2155: ???)精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5ET1

5et1


解像度: 2.3→34.69 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 27.04 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2534 1925 4.86 %
Rwork0.2232 --
obs0.2247 39585 94.56 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 145.62 Å2 / Biso mean: 60.5109 Å2 / Biso min: 22.46 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.3→34.69 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4985 0 0 23 5008
Biso mean---38.38 -
残基数----693
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.015096
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1116971
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.061808
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009916
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.6252939
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.3-2.35750.31091420.26822757289996
2.3575-2.42130.32281360.26382678281496
2.4213-2.49250.28721560.25682720287696
2.4925-2.57290.32231620.25242635279795
2.5729-2.66480.23851250.27122783290896
2.6648-2.77150.27091080.26282662277095
2.7715-2.89760.281450.26332688283395
2.8976-3.05020.2721300.24822733286395
3.0502-3.24120.28681440.25032622276694
3.2412-3.49130.26711250.24242625275092
3.4913-3.84220.24121330.21952334246783
3.8422-4.39720.22221200.18992821294197
4.3972-5.53640.24391440.1872822296699
5.5364-34.69390.2151550.19652780293595
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.28-0.3077-0.00310.62660.50890.8789-0.0320.1782-0.13010.03540.07770.0970.18480.04990.54411.1983-0.30920.70610.6099-0.30360.906255.0696-50.732374.1945
20.55490.8235-0.39192.1732-1.88882.1914-0.35510.4501-0.26710.2360.18230.47660.3695-1.0371-0.0440.542-0.11730.26530.7305-0.09950.48850.2569-21.120473.68
34.58531.6177-0.70534.913-0.19644.7748-0.2021-0.19290.00540.13930.0701-0.2453-0.21590.10070.11840.24070.0730.00050.25970.02550.189167.9319-1.408155.2358
42.9382-1.44170.23035.6645-1.11482.2801-0.75830.8354-0.9879-0.4571-0.0791-0.41830.943-0.03290.76680.8321-0.13220.37790.752-0.08520.675662.4241-29.269170.1494
55.68581.0321-0.7114.949-1.53496.5820.3024-0.86321.0786-0.2173-0.7427-0.3191-1.0807-0.01860.15250.70420.0397-0.19460.4791-0.09310.709242.311-39.270416.5382
61.5515-0.2105-0.24234.538-2.54392.8878-0.36260.139-0.0425-0.7814-0.02820.0082-0.3499-0.28370.36231.22250.2059-0.31520.6173-0.25190.693237.6477-10.466117.4206
72.21641.76791.98681.6271.18162.53010.1465-0.1351-0.0062-0.1327-0.0780.14680.1687-0.0706-0.01581.23240.2739-0.67780.591-0.25370.971636.8898-17.42712.2677
80.039-0.05910.11880.456-0.05620.3929-0.2811-0.1680.37610.10230.0850.0363-0.5621-0.30740.41061.03430.326-0.62250.5372-0.21380.740932.8908-28.43078.1484
91.2779-0.99510.51262.7073-2.38352.308-0.2469-0.34110.1055-0.3310.1850.5159-0.194-1.2009-0.07370.4450.088-0.18280.7204-0.06790.397229.8301-50.989914.3615
104.328-1.66241.09214.70270.18094.2117-0.14810.3025-0.2181-0.35790.07780.01450.3705-0.15540.05120.278-0.10290.01290.31460.00960.193345.0771-67.714129.0769
118.8891-2.26470.71969.4081-2.439.0326-0.1916-0.12670.29780.2192-0.1815-0.79490.00840.81220.34650.18390.0245-0.0620.44890.06170.306657.4147-67.172739.0804
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 0 through 90 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 91 through 228 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 229 through 331 )A0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 1288 through 1307 )B0
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'D' and (resid 1288 through 1307 )D0
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'C' and (resid 2 through 23 )C0
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'C' and (resid 24 through 57 )C0
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resid 58 through 116 )C0
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resid 117 through 228 )C0
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 229 through 307 )C0
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 308 through 331 )C0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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