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- PDB-5erg: Crystal structure of the two-subunit tRNA m1A58 methyltransferase... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5erg
タイトルCrystal structure of the two-subunit tRNA m1A58 methyltransferase TRM6-TRM61 in complex with SAM
要素
  • tRNA (adenine(58)-N(1))-methyltransferase catalytic subunit TRM61
  • tRNA (adenine(58)-N(1))-methyltransferase non-catalytic subunit TRM6
キーワードTRANSFERASE / tRNA / complex / SAM / methylation
機能・相同性
機能・相同性情報


tRNA (adenine58-N1)-methyltransferase / tRNA (m1A) methyltransferase complex / tRNA (adenine(58)-N1)-methyltransferase activity / tRNA methylation / RNA binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
tRNA (adenine(58)-N(1))-methyltransferase non-catalytic subunit TRM6 / Gcd10p family / Vcp-like ATPase; Chain A, domain 2 - #20 / tRNA (1-methyladenosine) methyltransferase catalytic subunit Gcd14 / : / tRNA methyltransferase complex GCD14 subunit / tRNA (adenine(57)-N(1)/adenine(58)-N(1) or adenine(58)-N(1)) (EC 2.1.1.219 or EC 2.1.1.220) family profile. / Vcp-like ATPase; Chain A, domain 2 / Vaccinia Virus protein VP39 / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily ...tRNA (adenine(58)-N(1))-methyltransferase non-catalytic subunit TRM6 / Gcd10p family / Vcp-like ATPase; Chain A, domain 2 - #20 / tRNA (1-methyladenosine) methyltransferase catalytic subunit Gcd14 / : / tRNA methyltransferase complex GCD14 subunit / tRNA (adenine(57)-N(1)/adenine(58)-N(1) or adenine(58)-N(1)) (EC 2.1.1.219 or EC 2.1.1.220) family profile. / Vcp-like ATPase; Chain A, domain 2 / Vaccinia Virus protein VP39 / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Roll / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
S-ADENOSYLMETHIONINE / tRNA (adenine(58)-N(1))-methyltransferase non-catalytic subunit TRM6 / tRNA (adenine(58)-N(1))-methyltransferase catalytic subunit TRM61
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.202 Å
データ登録者Zhu, Y. / Wang, M. / Wang, C. / Fan, X. / Jiang, X. / Teng, M. / Li, X.
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2016
タイトル: Crystal structure of the two-subunit tRNA m(1)A58 methyltransferase TRM6-TRM61 from Saccharomyces cerevisiae.
著者: Wang, M. / Zhu, Y. / Wang, C. / Fan, X. / Jiang, X. / Ebrahimi, M. / Qiao, Z. / Niu, L. / Teng, M. / Li, X.
履歴
登録2015年11月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年9月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: tRNA (adenine(58)-N(1))-methyltransferase non-catalytic subunit TRM6
B: tRNA (adenine(58)-N(1))-methyltransferase catalytic subunit TRM61
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,1073
ポリマ－99,7082
非ポリマー3981
水3,585199
1
A: tRNA (adenine(58)-N(1))-methyltransferase non-catalytic subunit TRM6
B: tRNA (adenine(58)-N(1))-methyltransferase catalytic subunit TRM61
ヘテロ分子

A: tRNA (adenine(58)-N(1))-methyltransferase non-catalytic subunit TRM6
B: tRNA (adenine(58)-N(1))-methyltransferase catalytic subunit TRM61
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)200,2136
ポリマ－199,4164
非ポリマー7972
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_554x-y,-y,-z-2/31
Buried area19010 Å2
ΔGint-71 kcal/mol
Surface area56070 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)139.916, 139.916, 103.472
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 tRNA (adenine(58)-N(1))-methyltransferase non-catalytic subunit TRM6 / General control non-derepressible protein 10 / Protein GCD10 / tRNA(m1A58)-methyltransferase ...General control non-derepressible protein 10 / Protein GCD10 / tRNA(m1A58)-methyltransferase subunit TRM6 / tRNA(m1A58)MTase subunit TRM6


分子量: 55720.508 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: GCD10, TIF33, TRM6, YNL062C, N2422 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P41814
#2: タンパク質 tRNA (adenine(58)-N(1))-methyltransferase catalytic subunit TRM61 / General control non-derepressible protein 14 / Protein GCD14 / tRNA(m1A58)-methyltransferase ...General control non-derepressible protein 14 / Protein GCD14 / tRNA(m1A58)-methyltransferase subunit TRM61 / tRNA(m1A58)MTase subunit TRM61


分子量: 43987.668 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: GCD14, TRM61, YJL125C, J0710 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P46959, tRNA (adenine58-N1)-methyltransferase
#3: 化合物 ChemComp-SAM / S-ADENOSYLMETHIONINE


分子量: 398.437 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H22N6O5S
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 199 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.05 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1M HEPES, PH 7.5, 2% v/v(+/-)-2-Methyl-2,4-pentanediol, 10% w/v Polyethylene glycol 6000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17B1 / 波長: 0.9785 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年6月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9785 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 59358 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.7 % / Net I/σ(I): 21.6
反射 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 7.9 % / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-2000データ削減
SCALAデータスケーリング
AutoSol位相決定
精密化解像度: 2.202→47.58 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.91 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2136 2912 4.91 %
Rwork0.1842 --
obs0.1856 59326 99.87 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.202→47.58 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5266 0 27 199 5492
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0095483
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.127416
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.3092025
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.053815
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005942
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2017-2.23770.25511090.28012679X-RAY DIFFRACTION100
2.2377-2.27630.38121510.30252631X-RAY DIFFRACTION100
2.2763-2.31770.29941490.25092660X-RAY DIFFRACTION100
2.3177-2.36230.26361540.22512646X-RAY DIFFRACTION100
2.3623-2.41050.28091670.22192638X-RAY DIFFRACTION100
2.4105-2.46290.22291160.21342663X-RAY DIFFRACTION100
2.4629-2.52020.26671210.20752685X-RAY DIFFRACTION100
2.5202-2.58320.23431580.20452658X-RAY DIFFRACTION100
2.5832-2.65310.2331430.20222657X-RAY DIFFRACTION100
2.6531-2.73110.2591560.20292646X-RAY DIFFRACTION100
2.7311-2.81930.22791240.20462682X-RAY DIFFRACTION100
2.8193-2.920.2421380.19932677X-RAY DIFFRACTION100
2.92-3.03690.26551270.20522707X-RAY DIFFRACTION100
3.0369-3.17510.23681230.19272697X-RAY DIFFRACTION100
3.1751-3.34250.24971610.19822677X-RAY DIFFRACTION100
3.3425-3.55180.21421190.18142704X-RAY DIFFRACTION100
3.5518-3.8260.20241560.17732671X-RAY DIFFRACTION100
3.826-4.21080.18311450.1572695X-RAY DIFFRACTION100
4.2108-4.81960.16861430.13952735X-RAY DIFFRACTION100
4.8196-6.07020.18781270.16972758X-RAY DIFFRACTION100
6.0702-47.59160.17251250.17662848X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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