PDB-5epc: Crystal structure of wild-type human phosphoglucomutase 1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5epc

タイトル

Crystal structure of wild-type human phosphoglucomutase 1

要素

Phosphoglucomutase-1

キーワード

ISOMERASE / isomerase metabolism

機能・相同性

機能・相同性情報

Defective PGM1 causes PGM1-CDG / Galactose catabolism / phosphoglucomutase (alpha-D-glucose-1,6-bisphosphate-dependent) / phosphoglucomutase activity / galactose catabolic process via UDP-galactose, Leloir pathway / Glycogen breakdown (glycogenolysis) / Glycogen synthesis / gluconeogenesis / glycolytic process / glucose metabolic process ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 1.85 Å

データ登録者

Beamer, L.J.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2016
タイトル: Induced Structural Disorder as a Molecular Mechanism for Enzyme Dysfunction in Phosphoglucomutase 1 Deficiency.
著者: Stiers, K.M. / Kain, B.N. / Graham, A.C. / Beamer, L.J.

履歴

登録	2015年11月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年4月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_prerelease_seq / pdbx_struct_oper_list / struct_conn Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5epc.cif.gz	461.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5epc.ent.gz	375.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5epc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5epc_validation.pdf.gz	464.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5epc_full_validation.pdf.gz	472.3 KB	表示
XML形式データ	5epc_validation.xml.gz	48.3 KB	表示
CIF形式データ	5epc_validation.cif.gz	71.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ep/5epc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ep/5epc	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5f9cC 5hshC 3pmgS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1jdy-2 1lxt-1 2r0p-d 6uiq-1 6uo6-1 5hsh-2 2w8p-d 5jn5-1 5f9c-1 3pmg-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#44 - 2003年8月カルモジュリン (Calmodulin) 類似性 (1) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1) #196 - 2016年4月鉛の毒 (Lead Poisoning) 類似性 (1) #28 - 2002年4月炭疽毒素 (Anthrax Toxin) 類似性 (1) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Phosphoglucomutase-1

B: Phosphoglucomutase-1

ヘテロ分子

130 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Phosphoglucomutase-1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
65.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Phosphoglucomutase-1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
64.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	172.590, 172.590, 99.780
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-1218- HOH

#1: タンパク質	Phosphoglucomutase-1 / PGM 1 / Glucose phosphomutase 1 分子量: 64191.734 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PGM1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: P36871, phosphoglucomutase (alpha-D-glucose-1,6-bisphosphate-dependent)
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 819 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.04 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.52 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: Lithium or ammonium sulfate (1.35 - 1.85 M) with 0.1 M Tris, pH 8.0 PH範囲: 7.5-8.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 1.00001 Å
検出器	タイプ: RDI CMOS_8M / 検出器: CMOS / 日付: 2015年6月6日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.00001 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.75→61.051 Å / Num. obs: 150855 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 32.5 % / B_iso Wilson estimate: 35.4 Å² / R_merge(I) obs: 0.163 / Net I/σ(I): 15.1
反射シェル	解像度: 1.75→1.78 Å / 冗長度: 27.7 % / R_merge(I) obs: 3.51 / Mean I/σ(I) obs: 1 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
SCALA		データスケーリング
XDS		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: 3PMG

3pmg

解像度: 1.85→61.051 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.92 / 位相誤差: 19.36 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1975	6404	5.01 %	random
R_work	0.1696	-	-	-
obs	0.171	127879	99.96 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.85→61.051 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8438	0	96	819	9353

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	8754
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.998	11884
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.381	3149
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.043	1344
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1543

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.85-1.871	0.3512	183	0.3087	4013	X-RAY DIFFRACTION	100
1.871-1.893	0.318	207	0.2802	3994	X-RAY DIFFRACTION	100
1.893-1.9161	0.2763	219	0.2514	4015	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9161-1.9404	0.3017	208	0.2436	4020	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9404-1.9659	0.2767	198	0.2346	3979	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9659-1.9929	0.237	201	0.2189	4029	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9929-2.0213	0.2424	199	0.2111	4000	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0213-2.0515	0.1962	192	0.209	4034	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0515-2.0836	0.2375	221	0.2029	3995	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0836-2.1177	0.2113	237	0.1987	3993	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1177-2.1542	0.2212	202	0.1938	4009	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1542-2.1934	0.215	205	0.1816	4054	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1934-2.2356	0.2063	232	0.181	3978	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2356-2.2812	0.2087	221	0.1781	4006	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2812-2.3308	0.2233	225	0.17	4032	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3308-2.3851	0.1991	195	0.1734	4024	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3851-2.4447	0.221	197	0.1732	4063	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4447-2.5108	0.2087	244	0.1674	4009	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5108-2.5847	0.2073	201	0.1706	4054	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5847-2.6681	0.2028	237	0.1697	3993	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6681-2.7635	0.1977	231	0.1657	4023	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7635-2.8741	0.2023	198	0.1682	4078	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8741-3.0049	0.2084	215	0.1792	4053	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0049-3.1633	0.2006	217	0.171	4071	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1633-3.3615	0.2077	209	0.1633	4074	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3615-3.621	0.161	220	0.1509	4091	X-RAY DIFFRACTION	100
3.621-3.9854	0.162	227	0.1346	4108	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9854-4.5619	0.149	207	0.1329	4138	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5619-5.7468	0.175	227	0.1451	4171	X-RAY DIFFRACTION	100
5.7468-61.084	0.1958	229	0.1762	4374	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.8485	-0.1059	0.0615	3.5741	-0.1659	2.1581	-0.0617	-0.0994	-0.201	0.2343	0.1234	-0.0458	0.5642	0.1731	-0.0609	0.3668	0.0335	0.0154	0.1739	0.0044	0.1951	37.5064	-73.5023	5.4307
2	0.7125	-0.3764	-0.107	1.2354	0.6518	1.4819	-0.0478	0.0097	-0.0033	-0.1047	0.0681	-0.0488	0.0572	-0.0328	-0.0142	0.1658	-0.0634	0.0049	0.1711	0.0081	0.1833	27.2354	-53.5527	-0.139
3	1.7132	0.5851	0.5092	1.2084	0.0209	2.793	0.0118	-0.3803	0.058	0.0893	-0.0439	0.0896	-0.0223	-0.3858	0.0129	0.1431	0.0236	-0.0102	0.2523	-0.0358	0.2202	20.7381	-40.6069	23.9638
4	1.8472	1.2051	-1.4603	1.8909	-1.5716	3.0365	-0.1214	0.5224	0.2241	-0.1436	0.4984	0.2588	0.0623	-0.6936	-0.1608	0.2024	0.0685	-0.0651	0.5008	0.0939	0.2295	-19.9489	-50.7931	-11.2099
5	1.3254	-0.0428	0.306	2.8937	0.9392	4.9075	0.1133	0.5879	0.1909	-0.4496	0.102	-0.0416	-0.451	-0.2351	-0.1408	0.3556	0.0186	0.0299	0.6006	0.112	0.3207	-7.1031	-37.1641	-33.9869

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid -1 through 81 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 82 through 405 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 406 through 562 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 0 through 405 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 406 through 562 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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