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- PDB-5ep4: Structure, Regulation, and Inhibition of the Quorum-Sensing Signa... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ep4
タイトルStructure, Regulation, and Inhibition of the Quorum-Sensing Signal Integrator LuxO
要素Putative repressor protein luxO
キーワードTRANSCRIPTION / Quorum sensing / AAA+ protein / catalytic domain / ATPase
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphorelay signal transduction system / sequence-specific DNA binding / regulation of DNA-templated transcription / ATP hydrolysis activity / ATP binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Sigma-54 interaction domain, conserved site / Sigma-54 interaction domain C-terminal part signature. / Sigma-54 interaction domain, ATP-binding site 2 / Sigma-54 interaction domain ATP-binding region B signature. / Sigma-54 interaction domain profile. / Sigma-54 interaction domain / RNA polymerase sigma factor 54 interaction domain / DNA binding HTH domain, Fis-type / Bacterial regulatory protein, Fis family / Helicase, Ruva Protein; domain 3 - #60 ...Sigma-54 interaction domain, conserved site / Sigma-54 interaction domain C-terminal part signature. / Sigma-54 interaction domain, ATP-binding site 2 / Sigma-54 interaction domain ATP-binding region B signature. / Sigma-54 interaction domain profile. / Sigma-54 interaction domain / RNA polymerase sigma factor 54 interaction domain / DNA binding HTH domain, Fis-type / Bacterial regulatory protein, Fis family / Helicase, Ruva Protein; domain 3 - #60 / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. / CheY-like superfamily / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / Homeobox-like domain superfamily / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Putative repressor protein luxO
類似検索 - 構成要素
生物種Photobacterium angustum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Shah, T. / Selcuk, H.B. / Jeffrey, P.D. / Hughson, F.M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI054442 米国
引用ジャーナル: Plos Biol. / 年: 2016
タイトル: Structure, Regulation, and Inhibition of the Quorum-Sensing Signal Integrator LuxO.
著者: Boyaci, H. / Shah, T. / Hurley, A. / Kokona, B. / Li, Z. / Ventocilla, C. / Jeffrey, P.D. / Semmelhack, M.F. / Fairman, R. / Bassler, B.L. / Hughson, F.M.
履歴
登録2015年11月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年4月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年6月8日Group: Database references
改定 1.22017年9月27日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative repressor protein luxO
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,4204
ポリマ－28,6131
非ポリマー8083
水4,270237
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.690, 73.690, 81.792
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number169
Space group name H-MP61

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要素

#1: タンパク質 Putative repressor protein luxO


分子量: 28612.664 Da / 分子数: 1 / 断片: AAA+ catalytic domain (UNP residues 141-387) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Photobacterium angustum (バクテリア)
プラスミド: pQLinkH / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q1ZS18
#2: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 237 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.1 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.1 M Tris pH 8.0, 0.25 M sodium chloride, 25% w/v PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F1 / 波長: 0.9782 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年10月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9782 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→35 Å / Num. obs: 40275 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.7 % / Biso Wilson estimate: 22.58 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.058 / Rpim(I) all: 0.022 / Rrim(I) all: 0.062 / Χ2: 0.977 / Net I/av σ(I): 40.19 / Net I/σ(I): 7.1 / Num. measured all: 311193
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.5-1.537.40.80619820.9060.3150.8660.538100
1.53-1.557.70.66920070.9310.2570.7170.546100
1.55-1.587.70.57119970.9270.2180.6110.558100
1.58-1.627.70.48820280.9450.1870.5230.583100
1.62-1.657.50.41419880.9560.1610.4450.594100
1.65-1.697.30.34720110.9630.1380.3730.637100
1.69-1.737.50.29619950.9790.1160.3180.648100
1.73-1.787.90.25320350.9830.0960.2710.678100
1.78-1.837.90.20820060.9860.0790.2230.774100
1.83-1.897.90.16320090.9920.0630.1750.855100
1.89-1.967.70.13419930.9940.0520.1430.96599.9
1.96-2.047.40.11620220.9940.0460.1251.086100
2.04-2.137.70.10520050.9940.040.1131.224100
2.13-2.248.10.0920220.9960.0340.0961.323100
2.24-2.3880.08220090.9950.0310.0881.395100
2.38-2.567.60.07320280.9970.0290.0791.505100
2.56-2.827.90.06620240.9970.0250.071.479100
2.82-3.238.20.05620110.9980.0210.061.45100
3.23-4.077.60.04520400.9980.0180.0481.42199.9
4.07-357.80.03820630.9990.0140.0411.12999.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX1.10-2155_1692精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
DENZOデータ削減
精密化解像度: 1.5→14.951 Å / SU ML: 0.12 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 19.68 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1823 1995 4.97 %RANDOM
Rwork0.1549 38150 --
obs0.1563 40145 99.77 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 97.82 Å2 / Biso mean: 30.3808 Å2 / Biso min: 16.56 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.5→14.951 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1978 0 50 237 2265
Biso mean--28.69 41.35 -
残基数----253
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0162128
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.6652901
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.09319
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.011372
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.721301
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.5004-1.53790.25171380.22612673281199
1.5379-1.57940.26271420.205827112853100
1.5794-1.62580.22731650.192227032868100
1.6258-1.67820.21911520.188827072859100
1.6782-1.73810.24761330.182727232856100
1.7381-1.80760.21841450.176727282873100
1.8076-1.88970.22571210.170427472868100
1.8897-1.98920.19811370.165727282865100
1.9892-2.11350.21071410.157727332874100
2.1135-2.27610.16521410.151427222863100
2.2761-2.50420.1811750.156327042879100
2.5042-2.86440.19391240.159627592883100
2.8644-3.60050.17631310.146627492880100
3.6005-14.95180.15281500.13952763291399

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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