PDB-5ep2: Quorum-Sensing Signal Integrator LuxO - Catalytic Domain in Compl...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5ep2

タイトル

Quorum-Sensing Signal Integrator LuxO - Catalytic Domain in Complex with AzaU Inhibitor

要素

Putative repressor protein luxO

キーワード

TRANSCRIPTION/TRANSCRIPTION inhibitor / Quorum sensing / AAA+ protein / catalytic domain / ATPase / inhibitor / TRANSCRIPTION-TRANSCRIPTION inhibitor complex

機能・相同性

機能・相同性情報

phosphorelay signal transduction system / sequence-specific DNA binding / regulation of DNA-templated transcription / ATP hydrolysis activity / ATP binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Photobacterium angustum (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.421 Å

データ登録者

Shah, T. / Selcuk, H.B. / Jeffrey, P.D. / Hughson, F.M.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Plos Biol. / 年: 2016
タイトル: Structure, Regulation, and Inhibition of the Quorum-Sensing Signal Integrator LuxO.
著者: Boyaci, H. / Shah, T. / Hurley, A. / Kokona, B. / Li, Z. / Ventocilla, C. / Jeffrey, P.D. / Semmelhack, M.F. / Fairman, R. / Bassler, B.L. / Hughson, F.M.

履歴

登録	2015年11月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年4月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年6月8日	Group: Database references
改定 1.2	2017年9月27日	Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.3	2019年12月11日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2024年3月6日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5ep2.cif.gz	123 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5ep2.ent.gz	94.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5ep2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5ep2_validation.pdf.gz	779.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5ep2_full_validation.pdf.gz	781.6 KB	表示
XML形式データ	5ep2_validation.xml.gz	14.2 KB	表示
CIF形式データ	5ep2_validation.cif.gz	21 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ep/5ep2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ep/5ep2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5ep0C 5ep1C 5ep3C 5ep4C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5ep1-d 5ep3-d 3mu3-d 5sv3-2 3o9s-d 2qaz-1 5ext-d 5wdd-d 5jkq-4 6txx-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#190 - 2015年10月 2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems) 類似性 (5) #97 - 2008年1月概日体内時計タンパク質 (Circadian Clock Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Putative repressor protein luxO

ヘテロ分子

29.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	76.403, 76.403, 82.255
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	169
Space group name H-M	P6₁

#1: タンパク質	Putative repressor protein luxO 分子量: 28612.664 Da / 分子数: 1 / 断片: AAA+ catalytic domain (UNP residues 141-387) / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Photobacterium angustum (バクテリア) プラスミド: pET21b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q1ZS18
#2: 化合物	ChemComp-AZU / 2,2-dimethylpropyl 2-[[3,5-bis(oxidanylidene)-2~{H}-1,2,4-triazin-6-yl]sulfanyl]ethanoate 分子量: 273.309 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₃O₄S
#3: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 237 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.42 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.22 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 100 mM Tris buffer pH 8.0, 4 M ammonium acetate

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

NSLS

/ ビームライン: X29A / 波長: 1.075 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年3月10日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.075 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.42→50 Å / Num. obs: 51124 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 11.7 % / B_iso Wilson estimate: 17.39 Å² / R_merge(I) obs: 0.058 / Χ²: 1.423 / Net I/av σ(I): 55.753 / Net I/σ(I): 13.4 / Num. measured all: 596841

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	% possible all
1.42-1.44	8.4	0.731	2410	0.558	93.1
1.44-1.47	9	0.58	2536	0.553	100
1.47-1.5	9.1	0.459	2586	0.587	100
1.5-1.53	9.1	0.399	2542	0.599	100
1.53-1.56	9.2	0.322	2556	0.6	100
1.56-1.6	9.2	0.273	2530	0.6	100
1.6-1.64	9.2	0.233	2573	0.623	100
1.64-1.68	12.4	0.193	2542	0.74	100
1.68-1.73	13.2	0.167	2606	0.792	100
1.73-1.79	13.2	0.134	2555	0.873	100
1.79-1.85	13.3	0.111	2542	0.935	100
1.85-1.93	13.3	0.088	2576	1.103	100
1.93-2.01	13.3	0.077	2565	1.218	100
2.01-2.12	13.3	0.065	2571	1.465	100
2.12-2.25	13.3	0.06	2569	1.745	100
2.25-2.43	13.2	0.061	2563	2.326	100
2.43-2.67	13	0.059	2582	2.73	100
2.67-3.06	12.7	0.052	2590	2.9	100
3.06-3.85	12	0.045	2558	3.03	99.1
3.85-50	14.1	0.041	2572	2.531	97.4

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定
PHENIX	phenix.refine: 1.8.2_1309	精密化
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
DENZO		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.421→34.93 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 18.07 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1842	2592	5.08 %	RANDOM
R_work	0.1598	48474	-	-
obs	0.161	51066	99.58 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 95.14 Å² / B_iso mean: 25.8699 Å² / B_iso min: 10.58 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.421→34.93 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1968	0	30	237	2235
B_iso mean	-	-	25.21	35.52	-
残基数	-	-	-	-	252

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.013	2102
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.58	2860
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.099	317
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	377
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.994	804

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 19

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.4205-1.4463	0.2583	126	0.2321	2429	2555	96
1.4463-1.4742	0.2397	144	0.2061	2573	2717	100
1.4742-1.5043	0.2136	155	0.1901	2497	2652	100
1.5043-1.537	0.2421	156	0.1828	2571	2727	100
1.537-1.5727	0.194	138	0.1653	2511	2649	100
1.5727-1.6121	0.2396	130	0.168	2569	2699	100
1.6121-1.6556	0.1891	147	0.1663	2554	2701	100
1.6556-1.7044	0.1926	141	0.1576	2555	2696	100
1.7044-1.7594	0.2167	135	0.1582	2542	2677	100
1.7594-1.8222	0.1825	120	0.1557	2581	2701	100
1.8222-1.8952	0.2039	130	0.1571	2556	2686	100
1.8952-1.9814	0.1656	130	0.1499	2566	2696	100
1.9814-2.0859	0.1753	127	0.1556	2575	2702	100
2.0859-2.2166	0.1621	130	0.1497	2563	2693	100
2.2166-2.3877	0.1603	156	0.153	2566	2722	100
2.3877-2.6279	0.2277	145	0.1561	2558	2703	100
2.6279-3.008	0.1893	123	0.164	2575	2698	100
3.008-3.789	0.1953	122	0.1592	2590	2712	100
3.789-34.9403	0.1508	137	0.157	2543	2680	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.5287	0.0856	0.2177	1.0069	-0.6644	2.359	-0.0242	0.0301	-0.0179	-0.02	0.0238	0.0446	0.0188	-0.0627	0.0009	0.1826	0.0132	-0.0041	0.113	0.0019	0.1487	-0.135	64.7628	33.4885
2	3.9501	0.204	-0.657	3.0201	-0.6574	3.7467	0.0218	0.4754	-0.7667	-0.3463	-0.0147	-0.4902	0.8896	0.8505	-0.0231	0.3656	0.1883	0.0291	0.3708	-0.0472	0.3095	20.5529	57.914	17.4627
3	4.2581	-1.5916	-0.8947	7.0165	2.201	7.3812	-0.214	0.2871	-0.7261	-0.329	0.1443	-0.5486	0.8663	0.7727	0.0906	0.7273	0.1704	0.0729	0.496	-0.2912	0.677	16.7143	53.3688	11.7814
4	3.2404	0.1358	0.725	1.8307	0.411	2.4395	0.1935	0.0045	0.0068	-0.078	-0.0868	-0.2739	0.4371	0.2466	-0.1241	0.2205	0.0507	-0.0028	0.1496	0.016	0.1785	9.2738	63.1543	23.4021
5	3.4128	-0.033	1.5954	2.2012	0.8789	3.9088	-0.1283	0.4868	0.2895	-0.211	-0.0651	-0.3093	-0.0509	0.7065	0.1589	0.2101	0.0192	0.0089	0.265	0.0507	0.2036	17.7427	69.8224	17.7769
6	0.9464	0.2444	0.5476	1.9027	-0.6124	7.1765	-0.0224	0.1718	0.0219	-0.0434	-0.1045	-0.1695	-0.0987	0.5526	0.1182	0.1779	0.0295	-0.0011	0.1562	0.0237	0.1629	8.7061	68.3453	19.6221
7	4.9397	5.2689	-4.6583	5.7067	-4.9966	4.5808	0.4748	-0.8848	-0.2614	1.2943	-0.2664	-0.3355	0.1105	0.6312	-0.168	0.5618	-0.0107	-0.1277	0.4062	-0.0098	0.3151	19.9063	71.829	38.8634
8	6.5327	-1.3751	0.2949	4.0198	0.1039	4.4174	-0.0478	-0.0388	0.0185	0.098	0.0398	-0.3668	-0.0306	0.5038	0.0045	0.1728	-0.002	-0.0032	0.1766	-0.0095	0.2094	16.3055	75.956	30.6419
9	0.6281	0.0217	0.0716	1.962	-0.7538	0.7839	0.0205	-0.0522	-0.1401	0.0764	-0.0271	-0.0012	-0.0139	-0.0677	0.007	0.1289	0.0149	0.0144	0.139	0.0043	0.1465	0.9243	49.2102	48.4187
10	5.9521	1.4987	0.3021	7.1443	2.9171	6.5931	0.2383	-0.5557	0.1441	0.5785	0.0005	-0.9213	-0.707	0.6463	-0.1619	0.3503	-0.0464	-0.0618	0.2986	0.0306	0.2887	8.4646	46.0453	58.3357

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 141:201)	A	141 - 201
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 202:220)	A	202 - 220
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 221:227)	A	221 - 227
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 228:245)	A	228 - 245
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 246:269)	A	246 - 269
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain A and resid 270:282)	A	270 - 282
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain A and resid 283:292)	A	283 - 292
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain A and resid 293:305)	A	293 - 305
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain A and resid 306:378)	A	306 - 378
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain A and resid 379:392)	A	379 - 392

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新型コロナ情報

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)