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- PDB-5ema: Crystal structure of the SNX27 PDZ domain bound to the phosphoryl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ema
タイトルCrystal structure of the SNX27 PDZ domain bound to the phosphorylated C-terminal LRRC3B PDZ binding motif
要素
  • ASP-ASP-ILE-SEP-THR-VAL-VAL
  • Sorting nexin-27
キーワードPROTEIN TRANSPORT / Endosome / PDZ domain / sorting nexin
機能・相同性
機能・相同性情報


postsynaptic early endosome / establishment of protein localization to plasma membrane / positive regulation of AMPA glutamate receptor clustering / neurotransmitter receptor transport to plasma membrane / WASH complex / postsynaptic recycling endosome / retromer complex / response to methamphetamine hydrochloride / endosome to plasma membrane protein transport / regulation of synapse maturation ...postsynaptic early endosome / establishment of protein localization to plasma membrane / positive regulation of AMPA glutamate receptor clustering / neurotransmitter receptor transport to plasma membrane / WASH complex / postsynaptic recycling endosome / retromer complex / response to methamphetamine hydrochloride / endosome to plasma membrane protein transport / regulation of synapse maturation / phosphatidylinositol-3-phosphate binding / endocytic recycling / endosomal transport / endosome to lysosome transport / immunological synapse / regulation of postsynaptic membrane neurotransmitter receptor levels / ionotropic glutamate receptor binding / extracellular matrix / phosphatidylinositol binding / intracellular protein transport / cellular response to nerve growth factor stimulus / Schaffer collateral - CA1 synapse / calcium-dependent protein binding / nervous system development / early endosome membrane / early endosome / postsynapse / endosome / glutamatergic synapse / signal transduction / extracellular space / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
SNX27, atypical FERM-like domain / SNX27, PX domain / SNX27, RA domain / Ras association (RalGDS/AF-6) domain / Ras-associating (RA) domain profile. / Ras-associating (RA) domain / Leucine rich repeat N-terminal domain / PhoX homologous domain, present in p47phox and p40phox. / PX domain profile. / PX domain ...SNX27, atypical FERM-like domain / SNX27, PX domain / SNX27, RA domain / Ras association (RalGDS/AF-6) domain / Ras-associating (RA) domain profile. / Ras-associating (RA) domain / Leucine rich repeat N-terminal domain / PhoX homologous domain, present in p47phox and p40phox. / PX domain profile. / PX domain / Phox homology / PX domain superfamily / Leucine-rich repeat N-terminal domain / Leucine rich repeat N-terminal domain / Leucine Rich Repeat / PDZ domain / Pdz3 Domain / Leucine rich repeat / Leucine-rich repeat, typical subtype / Leucine-rich repeats, typical (most populated) subfamily / Leucine-rich repeat profile. / PDZ domain / Leucine-rich repeat / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain / PDZ superfamily / Leucine-rich repeat domain superfamily / Ubiquitin-like domain superfamily / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Sorting nexin-27 / Leucine-rich repeat-containing protein 3B
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.32 Å
データ登録者Collins, B.M. / Clairfeuille, T.
資金援助 オーストラリア, 2件
組織認可番号国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)APP1041929 オーストラリア
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)APP1058734 オーストラリア
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2016
タイトル: A molecular code for endosomal recycling of phosphorylated cargos by the SNX27-retromer complex.
著者: Clairfeuille, T. / Mas, C. / Chan, A.S. / Yang, Z. / Tello-Lafoz, M. / Chandra, M. / Widagdo, J. / Kerr, M.C. / Paul, B. / Merida, I. / Teasdale, R.D. / Pavlos, N.J. / Anggono, V. / Collins, B.M.
履歴
登録2015年11月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年9月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年9月21日Group: Database references
改定 1.22016年10月19日Group: Database references
改定 1.32017年9月27日Group: Author supporting evidence / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: diffrn_source / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.42020年1月8日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.62024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sorting nexin-27
B: ASP-ASP-ILE-SEP-THR-VAL-VAL
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,5873
ポリマ－11,4952
非ポリマー921
水2,702150
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1140 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area5850 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)37.171, 48.490, 56.229
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Sorting nexin-27 / MAP-responsive gene protein / Methamphetamine-responsive transcript 1 protein / PDZ-protein Mrt1


分子量: 10569.952 Da / 分子数: 1 / 断片: PDZ domain (UNP residues 39-133) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Snx27, Mrt1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8K4V4
#2: タンパク質・ペプチド ASP-ASP-ILE-SEP-THR-VAL-VAL


分子量: 924.886 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q96PB8*PLUS
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 150 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.2 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 4.6
詳細: 2 M ammonium sulphate and 0.1 M sodium acetate (pH 4.6)
PH範囲: 4.6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2015年10月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.32→48.5 Å / Num. obs: 23850 / % possible obs: 96.7 % / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.054 / Net I/σ(I): 14.9
反射 シェル解像度: 1.32→1.34 Å / 冗長度: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0.614 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 86.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.4_1496精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4Z8J

4z8j


解像度: 1.32→36.721 Å / SU ML: 0.11 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 16.8 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1788 2000 8.4 %
Rwork0.1618 --
obs0.1632 23811 96.17 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.32→36.721 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数772 0 6 150 928
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01803
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4311088
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.506303
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.078127
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005145
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.3161-1.3490.25321300.23771422X-RAY DIFFRACTION89
1.349-1.38540.24181390.18861504X-RAY DIFFRACTION95
1.3854-1.42620.21641400.19491529X-RAY DIFFRACTION96
1.4262-1.47230.21161380.17961517X-RAY DIFFRACTION96
1.4723-1.52490.21811440.16921556X-RAY DIFFRACTION97
1.5249-1.58590.16631400.161533X-RAY DIFFRACTION97
1.5859-1.65810.18451420.15541555X-RAY DIFFRACTION97
1.6581-1.74550.17981430.15521559X-RAY DIFFRACTION97
1.7455-1.85490.17541460.15541594X-RAY DIFFRACTION97
1.8549-1.99810.15061450.14641570X-RAY DIFFRACTION98
1.9981-2.19910.17881460.13841596X-RAY DIFFRACTION98
2.1991-2.51730.15161470.14391608X-RAY DIFFRACTION99
2.5173-3.17130.18781510.16731638X-RAY DIFFRACTION99
3.1713-36.73570.17421490.17171630X-RAY DIFFRACTION93

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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