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万見
- PDB-5em9: Crystal structure of the SNX27 PDZ domain bound to the phosphoryl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5em9
タイトルCrystal structure of the SNX27 PDZ domain bound to the phosphorylated C-terminal 5HT4(a)R PDZ binding motif
要素
  • SEP-LEU-GLU-SER-CYS-PHE
  • Sorting nexin-27
キーワードPROTEIN TRANSPORT / Endosome / PDZ domain / sorting nexin
機能・相同性
機能・相同性情報


large intestinal transit / postsynaptic early endosome / adenylate cyclase-activating serotonin receptor signaling pathway / establishment of protein localization to plasma membrane / positive regulation of AMPA glutamate receptor clustering / regulation of appetite / response to methamphetamine hydrochloride / neurotransmitter receptor transport to plasma membrane / WASH complex / postsynaptic recycling endosome ...large intestinal transit / postsynaptic early endosome / adenylate cyclase-activating serotonin receptor signaling pathway / establishment of protein localization to plasma membrane / positive regulation of AMPA glutamate receptor clustering / regulation of appetite / response to methamphetamine hydrochloride / neurotransmitter receptor transport to plasma membrane / WASH complex / postsynaptic recycling endosome / maintenance of gastrointestinal epithelium / mucus secretion / retromer complex / Serotonin receptors / serotonin receptor activity / G protein-coupled serotonin receptor activity / endosome to plasma membrane protein transport / neurotransmitter receptor activity / serotonin binding / regulation of synapse maturation / endocytic recycling / phosphatidylinositol-3-phosphate binding / endosomal transport / endosome to lysosome transport / regulation of postsynapse assembly / immunological synapse / G protein-coupled receptor signaling pathway, coupled to cyclic nucleotide second messenger / regulation of postsynaptic membrane neurotransmitter receptor levels / ionotropic glutamate receptor binding / adenylate cyclase-inhibiting serotonin receptor signaling pathway / phosphatidylinositol binding / intracellular protein transport / cellular response to nerve growth factor stimulus / Schaffer collateral - CA1 synapse / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / calcium-dependent protein binding / nervous system development / early endosome membrane / G alpha (s) signalling events / chemical synaptic transmission / early endosome / postsynapse / endosome / endosome membrane / G protein-coupled receptor signaling pathway / dendrite / glutamatergic synapse / signal transduction / membrane / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
5-Hydroxytryptamine 4 receptor / SNX27, atypical FERM-like domain / SNX27, PX domain / SNX27, RA domain / Ras association (RalGDS/AF-6) domain / Ras-associating (RA) domain profile. / Ras-associating (RA) domain / PhoX homologous domain, present in p47phox and p40phox. / PX domain profile. / PX domain ...5-Hydroxytryptamine 4 receptor / SNX27, atypical FERM-like domain / SNX27, PX domain / SNX27, RA domain / Ras association (RalGDS/AF-6) domain / Ras-associating (RA) domain profile. / Ras-associating (RA) domain / PhoX homologous domain, present in p47phox and p40phox. / PX domain profile. / PX domain / Phox homology / PX domain superfamily / PDZ domain / Pdz3 Domain / PDZ domain / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain / PDZ superfamily / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / Ubiquitin-like domain superfamily / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
5-hydroxytryptamine receptor 4 / Sorting nexin-27
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Collins, B.M. / Clairfeuille, T.
資金援助 オーストラリア, 2件
組織認可番号国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)APP1061574 オーストラリア
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)APP1058734 オーストラリア
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2016
タイトル: A molecular code for endosomal recycling of phosphorylated cargos by the SNX27-retromer complex.
著者: Clairfeuille, T. / Mas, C. / Chan, A.S. / Yang, Z. / Tello-Lafoz, M. / Chandra, M. / Widagdo, J. / Kerr, M.C. / Paul, B. / Merida, I. / Teasdale, R.D. / Pavlos, N.J. / Anggono, V. / Collins, B.M.
履歴
登録2015年11月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年9月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年9月21日Group: Database references
改定 1.22016年10月19日Group: Database references
改定 1.32017年9月27日Group: Author supporting evidence / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: diffrn_source / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.42020年1月8日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.62024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sorting nexin-27
B: SEP-LEU-GLU-SER-CYS-PHE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,5612
ポリマ－11,5612
非ポリマー00
水1,964109
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1030 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area5570 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)37.219, 48.753, 57.059
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Sorting nexin-27 / MAP-responsive gene protein / Methamphetamine-responsive transcript 1 protein / PDZ-protein Mrt1


分子量: 10569.952 Da / 分子数: 1 / 断片: PDZ domain (UNP residues 39-133) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Snx27, Mrt1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8K4V4
#2: タンパク質・ペプチド SEP-LEU-GLU-SER-CYS-PHE


分子量: 990.967 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q13639*PLUS
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 109 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.06 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 4.5 / 詳細: 40% PEG 400, 20% PEG8000, 0.1 M acetate (pH 4.5) / PH範囲: 4.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2015年10月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→37.2 Å / Num. obs: 14298 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 14.2 % / Rmerge(I) obs: 0.117 / Net I/σ(I): 14.4
反射 シェル解像度: 1.6→1.63 Å / 冗長度: 14.2 % / Rmerge(I) obs: 1.97 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4Z8J

4z8j


解像度: 1.6→37.066 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 22.56 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1977 715 5.03 %
Rwork0.1686 --
obs0.1701 14225 99.8 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→37.066 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数767 0 0 109 876
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.011792
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3061074
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.648303
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.052125
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006142
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6-1.72360.3121380.24222642X-RAY DIFFRACTION100
1.7236-1.8970.27951460.22052650X-RAY DIFFRACTION100
1.897-2.17150.2041450.17242672X-RAY DIFFRACTION100
2.1715-2.73570.1841560.16612687X-RAY DIFFRACTION100
2.7357-37.07540.17321300.15052859X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.2220.2118-0.18730.71690.12630.3304-0.01170.022-0.0848-0.0242-0.018-0.0885-0.032-0.01330.00080.14060.00020.01920.1547-0.02760.1514-2.27695.543-8.8884
20.42190.13120.06911.88630.28950.05060.1312-0.10.082-0.074-0.20760.21230.15130.4737-0.050.21730.0490.0280.30730.04050.1644-8.03932.14916.4703
30.8750.6304-0.28540.74220.12760.4811-0.0549-0.0609-0.0080.02110.0116-0.1189-0.0064-0.0144-0.00040.14360.00740.00840.1286-0.01240.1387-2.35015.321-8.0522
40.5659-0.571-0.13980.97810.37480.1729-0.02130.0180.1721-0.35470.1274-0.42220.3499-0.0050.08710.1912-0.0220.02080.15640.01520.18381.9219.8032-9.3981
50.16060.00620.09350.007-0.00240.060.26120.3833-0.4742-0.214-0.2086-0.0290.0692-0.1740.00630.19640.00080.02620.2118-0.06370.1816-6.22791.8093-16.0282
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 38 through 65 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 66 through 73 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 74 through 119 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 120 through 133 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 382 through 387 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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