PDB-5elo: Crystal Structure of Lysyl-tRNA Synthetase from Cryptosporidium p...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5elo

タイトル

Crystal Structure of Lysyl-tRNA Synthetase from Cryptosporidium parvum complexed with L-lysine and cladosporin

要素

Lysine--tRNA ligase

キーワード

ligase/ligase inhibitor / SSGCID / Lysine--tRNA ligase / Cryptosporidium parvum / ATP binding / aminoacylation / cladosporin / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / ligase-ligase inhibitor complex

機能・相同性

機能・相同性情報

lysine-tRNA ligase / lysine-tRNA ligase activity / lysyl-tRNA aminoacylation / tRNA binding / ATP binding / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Cryptosporidium parvum (小形クリプトスポリジウム)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2019
タイトル: Lysyl-tRNA synthetase as a drug target in malaria and cryptosporidiosis.
著者: Baragana, B. / Forte, B. / Choi, R. / Nakazawa Hewitt, S. / Bueren-Calabuig, J.A. / Pisco, J.P. / Peet, C. / Dranow, D.M. / Robinson, D.A. / Jansen, C. / Norcross, N.R. / Vinayak, S. / ...

履歴

登録	2015年11月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年11月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年4月3日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_struct_oper_list Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.2	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5elo.cif.gz	845.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5elo.ent.gz	702.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5elo.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5elo_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5elo_full_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示
XML形式データ	5elo_validation.xml.gz	90.1 KB	表示
CIF形式データ	5elo_validation.cif.gz	136.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/el/5elo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/el/5elo	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5elnSC 6agtC 6hcuC 6hcvC 6hcwC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6hcw-d 6ilh-d 6chd-d 6kct-1 6bni-d 4pg3-2 6kab-2 6c86-d 5hgq-1 7ea9-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: SSGCID-CrpaA.00612.a

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#16 - 2001年4月アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases) 類似性 (7) #227 - 2018年11月テロメラーゼ (Telomerase) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Lysine--tRNA ligase

B: Lysine--tRNA ligase

C: Lysine--tRNA ligase

D: Lysine--tRNA ligase

ヘテロ分子

248 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Lysine--tRNA ligase

B: Lysine--tRNA ligase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
124 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Lysine--tRNA ligase

D: Lysine--tRNA ligase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
124 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	73.220, 120.720, 143.330
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.23, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	Lysine--tRNA ligase / Lysyl-tRNA synthetase 分子量: 61459.094 Da / 分子数: 4 / 断片: CrpaA.00612.a.A3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Cryptosporidium parvum (strain Iowa II) (小形クリプトスポリジウム) 株: Iowa II / 遺伝子: cgd4_2370 / プラスミド: CrpaA.00612.a.A3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q5CR27, lysine-tRNA ligase

#1: タンパク質

Lysine--tRNA ligase / Lysyl-tRNA synthetase

分子量: 61459.094 Da / 分子数: 4 / 断片: CrpaA.00612.a.A3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Cryptosporidium parvum (strain Iowa II) (小形クリプトスポリジウム)
株: Iowa II / 遺伝子: cgd4_2370 / プラスミド: CrpaA.00612.a.A3 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q5CR27, lysine-tRNA ligase

-
非ポリマー , 5種, 1984分子

#2: 化合物	ChemComp-LYS / LYSINE / 2-アンモニオ-2-デアミノ-L-リシンタイプ: L-peptide linking / 分子量: 147.195 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₅N₂O₂
#3: 化合物	ChemComp-KRS / cladosporin / (3R)-3-[[(2R,6S)-6-methyloxan-2-yl]methyl]-6,8-bis(oxidanyl)-3,4-dihydroisochromen-1-one / クラドスポリン分子量: 292.327 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₂₀O₅
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1969 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.58 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.26 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: CrpaA.00612.a.A3.PW37710 at 35 mg/ml, protein was incubated with 3 mM MgCl2, L-lysine, and AMPPNP, then mixed 1:1 with Index(g5): 25% (w/v) PEG-3350, 0.2 M lithium sulfate, 0.1 M Tris base/ ...詳細: CrpaA.00612.a.A3.PW37710 at 35 mg/ml, protein was incubated with 3 mM MgCl2, L-lysine, and AMPPNP, then mixed 1:1 with Index(g5): 25% (w/v) PEG-3350, 0.2 M lithium sulfate, 0.1 M Tris base/ HCl, pH = 8.5. Crystals were then soaked in a solution that was the previous crystallizaiton condition suplemented with 3 mM lysine and 2 mM cladopsorin for 24 hours, then cryoprotected with 20% ethylene glycol

結晶

マシュー密度: 2.58 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.26 %

結晶化

温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: CrpaA.00612.a.A3.PW37710 at 35 mg/ml, protein was incubated with 3 mM MgCl2, L-lysine, and AMPPNP, then mixed 1:1 with Index(g5): 25% (w/v) PEG-3350, 0.2 M lithium sulfate, 0.1 M Tris base/ ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年8月7日 / 詳細: Beryllium Lenses
放射	モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 194875 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.1 % / B_iso Wilson estimate: 20.97 Å² / R_merge(I) obs: 0.091 / Net I/σ(I): 10.98
反射シェル	解像度: 1.9→1.95 Å / 冗長度: 4.2 % / R_merge(I) obs: 0.512 / Mean I/σ(I) obs: 2.84 / % possible all: 99.9

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX		精密化
XSCALE		データスケーリング
PHASER	2.5.7	位相決定
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5ELN

5eln

解像度: 1.9→47.07 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.1 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.246	1994	1.02 %
R_work	0.204	-	-
obs	0.204	194872	99.6 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 30.01 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→47.07 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	15928	0	158	1969	18055

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	16648
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.066	22550
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.755	10079
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.06	2434
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	2911

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8999-1.9475	0.3667	139	0.3016	13784	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9475-2.0001	0.2899	142	0.2784	13746	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0001-2.059	0.3158	144	0.2449	13799	X-RAY DIFFRACTION	100
2.059-2.1254	0.3012	145	0.2364	13728	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1254-2.2014	0.2971	142	0.2309	13859	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2014-2.2895	0.2923	142	0.2386	13755	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2895-2.3937	0.2604	141	0.2174	13740	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3937-2.5199	0.2945	140	0.2153	13801	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5199-2.6778	0.2511	146	0.2176	13720	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6778-2.8845	0.2739	145	0.2183	13727	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8845-3.1747	0.2369	138	0.2046	13750	X-RAY DIFFRACTION	99
3.1747-3.634	0.231	145	0.1842	13711	X-RAY DIFFRACTION	99
3.634-4.5778	0.2056	140	0.163	13824	X-RAY DIFFRACTION	99
4.5778-47.0808	0.1833	145	0.1669	13934	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.0873	-0.3208	0.0042	1.3214	-0.4818	1.453	0.3397	0.3696	-0.1109	-0.5359	-0.4718	-0.2993	0.1798	0.4048	0.0654	0.3353	0.1473	0.0396	0.2762	0.0082	0.134	23.125	29.198	-21.294
2	1.831	-1.2578	-0.5325	1.4586	-0.1713	1.2509	0.107	0.0611	0.1896	-0.1959	-0.1038	-0.3177	0.1409	0.2388	0.0352	0.1572	0.0049	-0.0042	0.1245	-0.003	0.1622	10.628	51.871	-17.98
3	1.088	-0.2921	0.5337	0.8876	-0.1555	0.8598	0.1142	0.1583	0.0626	-0.2605	-0.0504	0.14	-0.0544	-0.0066	-0.0523	0.1803	0.0372	-0.0332	0.1068	0.0056	0.1119	-12.941	62.839	-21.932
4	2.3758	-0.9347	0.4824	1.7871	-0.0691	1.2183	-0.0212	-0.0802	0.0866	-0.1255	0.0533	-0.3686	-0.0841	0.121	-0.0331	0.1722	0.0027	0.0063	0.1682	-0.0572	0.1583	2.946	64.695	-2.124
5	0.8565	-0.3814	0.3087	1.3794	-0.3053	1.0915	-0.1163	0.03	0.2387	-0.0439	0.0611	-0.1628	-0.3515	0.0441	0.0387	0.2508	-0.0185	-0.0018	0.1484	-0.023	0.1345	-8.1	82.226	-11.895
6	1.4517	-0.2948	0.1798	1.0215	-0.0111	0.484	0.0844	0.1446	0.3985	-0.1526	-0.0464	-0.0917	-0.0905	-0.0536	-0.0518	0.1887	0.0149	0.0015	0.1321	0.0253	0.1264	-7.033	66.146	-18.366
7	1.5248	-0.275	-0.0889	1.5348	0.1232	1.1759	-0.0504	-0.3648	-0.2561	0.1176	0.003	0.5186	-0.0133	-0.3205	0.0491	0.1185	0.0306	0.0294	0.4	0.0315	0.3679	-38.15	64.233	-3.741
8	1.3212	-0.5106	0.4389	0.8896	-0.2584	0.3041	0.2917	0.203	-0.179	-0.4059	-0.1586	0.2262	0.1372	0.0619	-0.1123	0.2731	0.057	-0.0516	0.1639	-0.0114	0.1135	-6.017	48.48	-26.053
9	0.9014	0.169	-0.5952	0.3064	0.4822	1.9026	0.137	0.2888	-0.4049	-0.3056	-0.14	0.2716	0.185	-0.1967	-0.0309	0.4482	0.1127	-0.1499	0.2934	-0.0629	0.3699	-12.508	29.442	-36.733
10	1.0035	-0.5982	-0.0901	0.6617	0.0036	0.0677	0.4571	0.8634	-0.185	-0.6371	-0.3365	0.3423	0.2957	0.0614	0.0529	0.5131	0.1998	-0.0998	0.337	-0.0578	0.1073	-5.871	42.159	-33.658
11	1.119	0.8313	-0.276	1.2965	-0.2961	0.4062	0.1845	-0.2011	0.0486	0.2577	-0.1766	-0.1899	-0.1263	0.1647	-0.0247	0.1496	-0.0326	-0.0189	0.2086	-0.0149	0.1671	20.148	-0.415	-51.52
12	0.9265	0.3944	-0.0914	0.684	-0.0302	0.9261	0.0058	0.0499	-0.1667	0.0788	0.0088	-0.0516	0.1737	0.021	-0.0116	0.1182	-0.0049	-0.0106	0.1302	0.001	0.1437	-7.881	-36.77	-57.248
13	1.6563	0.6223	0.1547	1.1961	0.4844	1.1045	-0.0698	0.3089	0.2408	-0.1019	0.0496	0.4111	-0.0347	-0.3022	0.071	0.1195	-0.0136	-0.0287	0.3901	0.0541	0.3592	-37.842	-28.712	-68.043
14	0.8229	0.099	0.1939	0.8264	0.2493	0.3771	0.1234	-0.2628	0.2581	0.2842	-0.1117	0.1853	0.0179	-0.0865	-0.0192	0.2301	-0.0768	0.0674	0.2412	-0.0447	0.209	-7.438	-4.169	-38.423
15	4.0561	2.6148	1.8047	3.2426	1.7188	2.6983	0.2055	-0.5419	0.9825	-0.3417	0.1428	0.5488	-0.0202	0.362	-0.3651	0.3666	-0.0566	0.0294	0.1327	-0.037	0.1926	-3.39	-5.902	-39.707

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND RESID 44:179 )	A	44 - 179
2	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN A AND RESID 180:232 )	A	180 - 232
3	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN A AND RESID 233:318 )	A	233 - 318
4	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN A AND RESID 319:354 )	A	319 - 354
5	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN A AND RESID 355:491 )	A	355 - 491
6	X-RAY DIFFRACTION	6	( CHAIN A AND ( RESID 492:545 OR RESID 601:601 ) )	A	492 - 545
7	X-RAY DIFFRACTION	6	( CHAIN A AND ( RESID 492:545 OR RESID 601:601 ) )	A	601
8	X-RAY DIFFRACTION	7	( CHAIN B AND RESID 45:209 )	B	45 - 209
9	X-RAY DIFFRACTION	8	( CHAIN B AND RESID 210:318 )	B	210 - 318
10	X-RAY DIFFRACTION	9	( CHAIN B AND RESID 319:454 )	B	319 - 454
11	X-RAY DIFFRACTION	10	( CHAIN B AND ( RESID 455:545 OR RESID 601:601 ) )	B	455 - 545
12	X-RAY DIFFRACTION	10	( CHAIN B AND ( RESID 455:545 OR RESID 601:601 ) )	B	601
13	X-RAY DIFFRACTION	11	( CHAIN C AND RESID 45:232 )	C	45 - 232
14	X-RAY DIFFRACTION	12	( CHAIN C AND ( RESID 233:544 OR RESID 601:601 ) )	C	233 - 544
15	X-RAY DIFFRACTION	12	( CHAIN C AND ( RESID 233:544 OR RESID 601:601 ) )	C	601
16	X-RAY DIFFRACTION	13	( CHAIN D AND RESID 45:209 )	D	45 - 209
17	X-RAY DIFFRACTION	14	( CHAIN D AND RESID 210:545 )	D	210 - 545
18	X-RAY DIFFRACTION	15	( CHAIN D AND RESID 601:601 )	D	601

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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