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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5ekq | |||||||||
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タイトル | The structure of the BamACDE subcomplex from E. coli | |||||||||
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機能・相同性 | ![]() Bam protein complex / Gram-negative-bacterium-type cell outer membrane assembly / protein insertion into membrane / cell outer membrane / protein-macromolecule adaptor activity / ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Bakelar, J. / Buchanan, S.K. / Noinaj, N. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: The structure of the beta-barrel assembly machinery complex. 著者: Bakelar, J. / Buchanan, S.K. / Noinaj, N. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 257.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 198.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 88514.742 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 21-810 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 株: K12 / 遺伝子: bamA, yaeT, yzzN, yzzY, b0177, JW0172 / 発現宿主: ![]() ![]() ![]() |
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#2: タンパク質 | 分子量: 25816.818 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 20-245 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 株: K12 / 遺伝子: bamD, yfiO, b2595, JW2577 / 発現宿主: ![]() ![]() ![]() |
#3: タンパク質 | 分子量: 34401.250 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 25-344 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 株: K12 / 遺伝子: bamC, dapX, nlpB, b2477, JW2462 / 発現宿主: ![]() ![]() ![]() |
#4: タンパク質 | 分子量: 10391.554 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 20-113 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 株: K12 / 遺伝子: bamE, smpA, b2617, JW2598 / 発現宿主: ![]() ![]() ![]() |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.54 % |
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結晶化![]() | 温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 100 mM Tris-HCl, pH 8.5, 200 mM MgCl2, 10 mM MnCl2, and 8% PEG 4000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2015年8月19日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 3.392→50 Å / Num. obs: 36099 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 6.3 % / Biso Wilson estimate: 133.43 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.119 / Rpim(I) all: 0.058 / Rrim(I) all: 0.129 / Χ2: 1.596 / Net I/av σ(I): 21.346 / Net I/σ(I): 5.8 / Num. measured all: 226289 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1 / Rejects: 0
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-位相決定
位相決定![]() | 手法: ![]() |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法![]() ![]() 開始モデル: PDB IDs 3TGO 4C4V 3Q6B 2KM7 3EFC 解像度: 3.392→29.914 Å / SU ML: 0.57 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 34.07 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.392→29.914 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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