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- PDB-5ej1: Pre-translocation state of bacterial cellulose synthase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ej1
タイトルPre-translocation state of bacterial cellulose synthase
要素
  • (Putative cellulose ...) x 2
  • poly(unk)
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / cellulose biosynthesis / glycosyltransferase / membrane transport
機能・相同性
機能・相同性情報


cellulose synthase (UDP-forming) / cellulose synthase (UDP-forming) activity / cellulose biosynthetic process / UDP-alpha-D-glucose metabolic process / cyclic-di-GMP binding / endomembrane system / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #4520 / Chitobiase; domain 2 - #20 / Chitobiase; domain 2 - #30 / : / Cellulose Synthase Subunit B, alpha-beta domain / Cellulose synthase, subunit A / : / Cellulose synthase BcsB, bacterial / Bacterial cellulose synthase subunit / Cellulose synthase ...Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #4520 / Chitobiase; domain 2 - #20 / Chitobiase; domain 2 - #30 / : / Cellulose Synthase Subunit B, alpha-beta domain / Cellulose synthase, subunit A / : / Cellulose synthase BcsB, bacterial / Bacterial cellulose synthase subunit / Cellulose synthase / predicted glycosyltransferase like domains / Glycosyltransferase like family 2 / PilZ domain / PilZ domain / Chitobiase; domain 2 / Glycosyl transferase family 2 / Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A / Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A / Galactose-binding domain-like / Nucleotide-diphospho-sugar transferases / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Thrombin, subunit H / Jelly Rolls / Alpha-Beta Complex / Up-down Bundle / Beta Barrel / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine / Chem-C2E / Chem-XP5 / Cellulose synthase catalytic subunit [UDP-forming] / Cyclic di-GMP-binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Rhodobacter sphaeroides (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Moragn, J.L.W. / Zimmer, J.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2016
タイトル: Observing cellulose biosynthesis and membrane translocation in crystallo.
著者: Morgan, J.L. / McNamara, J.T. / Fischer, M. / Rich, J. / Chen, H.M. / Withers, S.G. / Zimmer, J.
履歴
登録2015年10月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年3月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_oper_list / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id ..._atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年11月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms ..._chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative cellulose synthase
B: Putative cellulose synthase
D: poly(unk)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)159,69410
ポリマ－152,9153
非ポリマー6,7797
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14730 Å2
ΔGint-0 kcal/mol
Surface area59370 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.355, 218.230, 220.765
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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Putative cellulose ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Putative cellulose synthase


分子量: 81392.109 Da / 分子数: 1 / 断片: unp residues 13-740 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rhodobacter sphaeroides (strain ATCC 17023 / 2.4.1 / NCIB 8253 / DSM 158) (バクテリア)
株: ATCC 17023 / 2.4.1 / NCIB 8253 / DSM 158 / 遺伝子: RSP_0333 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q3J125, cellulose synthase (UDP-forming)
#2: タンパク質 Putative cellulose synthase


分子量: 70909.273 Da / 分子数: 1 / 断片: unp residues 52-720 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rhodobacter sphaeroides (strain ATCC 17023 / 2.4.1 / NCIB 8253 / DSM 158) (バクテリア)
株: ATCC 17023 / 2.4.1 / NCIB 8253 / DSM 158 / 遺伝子: RSP_0332 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q3J126

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タンパク質・ペプチド / 糖 , 2種, 2分子 D

#3: タンパク質・ペプチド poly(unk)


分子量: 613.749 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rhodobacter sphaeroides (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#4: 多糖 beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D- ...beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 2936.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpb1-4DGlcpb1-4DGlcpb1-4DGlcpb1-4DGlcpb1-4DGlcpb1-4DGlcpb1-4DGlcpb1-4DGlcpb1-4DGlcpb1-4DGlcpb1-4DGlcpb1-4DGlcpb1-4DGlcpb1-4DGlcpb1-4DGlcpb1-4DGlcpb1-4DGlcpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,18,17/[a2122h-1b_1-5]/1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1/a4-b1_b4-c1_c4-d1_d4-e1_e4-f1_f4-g1_g4-h1_h4-i1_i4-j1_j4-k1_k4-l1_l4-m1_m4-n1_n4-o1_o4-p1_p4-q1_q4-r1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{}}}}}}}}}}}}}}}}}}LINUCSPDB-CARE

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非ポリマー , 3種, 6分子

#5: 化合物 ChemComp-C2E / 9,9'-[(2R,3R,3aS,5S,7aR,9R,10R,10aS,12S,14aR)-3,5,10,12-tetrahydroxy-5,12-dioxidooctahydro-2H,7H-difuro[3,2-d:3',2'-j][1,3,7,9,2,8]tetraoxadiphosphacyclododecine-2,9-diyl]bis(2-amino-1,9-dihydro-6H-purin-6-one) / c-di-GMP / Cyclic diguanosine monophosphate / c-di-GMP


分子量: 690.411 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H24N10O14P2
#6: 化合物 ChemComp-XP5 / (4S,7R)-7-(heptanoyloxy)-4-hydroxy-N,N,N-trimethyl-10-oxo-3,5,9-trioxa-4-phosphahexadecan-1-aminium 4-oxide / ジヘプタノイルホスファチジルコリン


分子量: 482.568 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H45NO8P
#7: 化合物 ChemComp-3PE / 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine / 3-SN-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOETHANOLAMINE / DSPE


分子量: 748.065 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C41H82NO8P / コメント: リン脂質*YM

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 76.82 %
結晶化温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: sodium acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 1 / 検出器: CCD / 日付: 2015年3月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.4→29.5 Å / Num. obs: 86075 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.6 % / Net I/σ(I): 9.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.4_1496精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
REFMAC位相決定
精密化解像度: 3.4→24.864 Å / SU ML: 0.47 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.1 / 位相誤差: 33.37 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2769 4367 5.07 %
Rwork0.2332 --
obs0.2354 86075 99.85 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.4→24.864 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10618 0 360 0 10978
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00411266
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.92215422
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.4434059
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0331808
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041955
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.4001-3.43860.45951600.3852615X-RAY DIFFRACTION100
3.4386-3.47890.38611180.39252767X-RAY DIFFRACTION100
3.4789-3.52120.39461720.38052773X-RAY DIFFRACTION100
3.5212-3.56570.38441670.34442729X-RAY DIFFRACTION100
3.5657-3.61250.33291390.33372657X-RAY DIFFRACTION100
3.6125-3.66180.34561540.33752704X-RAY DIFFRACTION100
3.6618-3.7140.33221300.34092757X-RAY DIFFRACTION100
3.714-3.76920.37591400.30822765X-RAY DIFFRACTION100
3.7692-3.82790.36461060.29882749X-RAY DIFFRACTION100
3.8279-3.89040.41651530.29662707X-RAY DIFFRACTION100
3.8904-3.95730.35921600.28882764X-RAY DIFFRACTION100
3.9573-4.02890.34481700.2672663X-RAY DIFFRACTION100
4.0289-4.10610.36841190.28482729X-RAY DIFFRACTION100
4.1061-4.18950.42921430.26952777X-RAY DIFFRACTION100
4.1895-4.28020.27931500.25682701X-RAY DIFFRACTION100
4.2802-4.37920.34661640.25122682X-RAY DIFFRACTION100
4.3792-4.48810.22691600.22152758X-RAY DIFFRACTION100
4.4881-4.60870.31291340.22132697X-RAY DIFFRACTION100
4.6087-4.74340.20391360.20892766X-RAY DIFFRACTION100
4.7434-4.89540.22281200.20922744X-RAY DIFFRACTION100
4.8954-5.06890.20821590.19872706X-RAY DIFFRACTION100
5.0689-5.27010.25781260.21872767X-RAY DIFFRACTION100
5.2701-5.50740.28351390.2272716X-RAY DIFFRACTION100
5.5074-5.79430.30771410.23042706X-RAY DIFFRACTION100
5.7943-6.15220.28841400.24392777X-RAY DIFFRACTION100
6.1522-6.61890.27141630.22812720X-RAY DIFFRACTION100
6.6189-7.26980.25411770.23232642X-RAY DIFFRACTION100
7.2698-8.28750.26891370.19042758X-RAY DIFFRACTION100
8.2875-10.31580.19881190.14882733X-RAY DIFFRACTION100
10.3158-24.86440.221710.20122679X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -6.7985 Å / Origin y: 10.5402 Å / Origin z: -58.7582 Å
111213212223313233
T1.3474 Å20.0531 Å2-0.0654 Å2-1.1533 Å2-0.1939 Å2--0.8759 Å2
L0.0496 °2-0.2078 °2-0.2518 °2-2.6931 °22.0319 °2--3.4503 °2
S0.1473 Å °0.1289 Å °-0.0499 Å °-0.3354 Å °-0.032 Å °-0.0873 Å °-0.2946 Å °0.1123 Å °-0.1076 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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