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- PDB-5ef3: RADIATION DAMAGE TO THE TRAP-RNA COMPLEX: DOSE (DWD) 25.0 MGy -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ef3
タイトルRADIATION DAMAGE TO THE TRAP-RNA COMPLEX: DOSE (DWD) 25.0 MGy
要素
  • (GAGUU)10GAG 53-NUCLEOTIDE RNA
  • Transcription attenuation protein MtrB
キーワードRNA BINDING PROTEIN / protein-RNA complex / radiation damage
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-templated transcription termination / regulation of DNA-templated transcription / RNA binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
TRAP-like / Transcription attenuation protein MtrB / Tryptophan RNA-binding attenuator protein domain / Tryptophan RNA-binding attenuator protein / Tryptophan RNA-binding attenuator protein-like domain superfamily / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
TRYPTOPHAN / RNA / RNA (> 10) / Transcription attenuation protein MtrB
類似検索 - 構成要素
生物種Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.98 Å
データ登録者Bury, C.S. / McGeehan, J.E. / Garman, E.F. / Shevtsov, M.B.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Engineering and Physical Sciences Research Council 英国
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2016
タイトル: RNA protects a nucleoprotein complex against radiation damage.
著者: Bury, C.S. / McGeehan, J.E. / Antson, A.A. / Carmichael, I. / Gerstel, M. / Shevtsov, M.B. / Garman, E.F.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr D Biol Crystallogr. / 年: 2002
タイトル: Specificity of TRAP-RNA interactions: crystal structures of two complexes with different RNA sequences
著者: Hopcroft, N.H. / Wendt, A.L. / Gollnick, P. / Antson, A.A.
履歴
登録2015年10月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年5月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年5月11日Group: Database references
改定 1.22017年9月13日Group: Author supporting evidence / Data collection
カテゴリ: diffrn_radiation_wavelength / pdbx_audit_support
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcription attenuation protein MtrB
B: Transcription attenuation protein MtrB
C: Transcription attenuation protein MtrB
D: Transcription attenuation protein MtrB
E: Transcription attenuation protein MtrB
F: Transcription attenuation protein MtrB
G: Transcription attenuation protein MtrB
H: Transcription attenuation protein MtrB
I: Transcription attenuation protein MtrB
J: Transcription attenuation protein MtrB
K: Transcription attenuation protein MtrB
L: Transcription attenuation protein MtrB
M: Transcription attenuation protein MtrB
N: Transcription attenuation protein MtrB
O: Transcription attenuation protein MtrB
P: Transcription attenuation protein MtrB
Q: Transcription attenuation protein MtrB
R: Transcription attenuation protein MtrB
S: Transcription attenuation protein MtrB
T: Transcription attenuation protein MtrB
U: Transcription attenuation protein MtrB
V: Transcription attenuation protein MtrB
W: (GAGUU)10GAG 53-NUCLEOTIDE RNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)204,06245
ポリマ－199,56923
非ポリマー4,49322
水13,385743
1
A: Transcription attenuation protein MtrB
B: Transcription attenuation protein MtrB
C: Transcription attenuation protein MtrB
D: Transcription attenuation protein MtrB
E: Transcription attenuation protein MtrB
F: Transcription attenuation protein MtrB
G: Transcription attenuation protein MtrB
H: Transcription attenuation protein MtrB
I: Transcription attenuation protein MtrB
J: Transcription attenuation protein MtrB
K: Transcription attenuation protein MtrB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,07822
ポリマ－90,83111
非ポリマー2,24611
水19811
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area25350 Å2
ΔGint-105 kcal/mol
Surface area27720 Å2
手法PISA
2
L: Transcription attenuation protein MtrB
M: Transcription attenuation protein MtrB
N: Transcription attenuation protein MtrB
O: Transcription attenuation protein MtrB
P: Transcription attenuation protein MtrB
Q: Transcription attenuation protein MtrB
R: Transcription attenuation protein MtrB
S: Transcription attenuation protein MtrB
T: Transcription attenuation protein MtrB
U: Transcription attenuation protein MtrB
V: Transcription attenuation protein MtrB
W: (GAGUU)10GAG 53-NUCLEOTIDE RNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)110,98423
ポリマ－108,73812
非ポリマー2,24611
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area37390 Å2
ΔGint-142 kcal/mol
Surface area29940 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)141.230, 111.160, 138.290
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 117.370, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 ...
Transcription attenuation protein MtrB / Trp RNA-binding attenuation protein / TRAP / Tryptophan RNA-binding attenuator protein


分子量: 8257.377 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)
遺伝子: mtrB / プラスミド: PTZSTMTRB / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): SG62052/PGP1-2 / 参照: UniProt: Q9X6J6
#2: RNA鎖 (GAGUU)10GAG 53-NUCLEOTIDE RNA


分子量: 17906.479 Da / 分子数: 1 / Fragment: (GAGUU)10GAG 53-NUCLEOTIDE RNA / 由来タイプ: 合成 / 詳細: SYNTHETIC RNA. IN-VITRO TRANSCRIPTION / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物...
ChemComp-TRP / TRYPTOPHAN / トリプトファン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 204.225 Da / 分子数: 22 / Fragment: Trp ligands / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H12N2O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 743 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.23 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.8
詳細: Potassium phosphate,L-tryptophan,potassium glutamate,triethanolamine,MgCl2,monomethyl ether PEG 2000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.94 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年5月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.94 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.98→62.71 Å / Num. obs: 130840 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 36 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.131 / Rpim(I) all: 0.08 / Net I/σ(I): 7.2 / Num. measured all: 472868 / Scaling rejects: 18
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allCC1/2Rpim(I) all% possible all
1.98-2.013.42.3910.52156063870.2271.49497.6
10.84-62.713.50.02526.927617970.9990.01694

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
Aimless0.3.11データスケーリング
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
REFMAC精密化
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1gtf

1gtf


解像度: 1.98→47.674 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 33.96 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2708 6573 5.04 %5% random selection
Rwork0.2395 123866 --
obs0.241 130439 98.8 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 160.1 Å2 / Biso mean: 47.5281 Å2 / Biso min: 24.71 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.98→47.674 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11789 968 330 743 13830
Biso mean--39.55 54.86 -
残基数----1565
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.02413392
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d2.27618220
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1692108
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0122156
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.6494912
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.979-2.00150.40892180.41913908412694
2.0015-2.0250.42242240.42554037426197
2.025-2.04970.4272250.41454041426697
2.0497-2.07570.41922050.40094100430598
2.0757-2.1030.432130.38814071428498
2.103-2.13180.40822240.37024067429198
2.1318-2.16230.36482420.3644100434299
2.1623-2.19450.35192200.34724104432499
2.1945-2.22880.37871970.33514123432099
2.2288-2.26540.35522190.32354105432499
2.2654-2.30440.36182280.32374159438799
2.3044-2.34630.34481960.29964124432099
2.3463-2.39150.36662270.30864105433299
2.3915-2.44030.30492330.2844146437999
2.4403-2.49330.33892200.28544121434199
2.4933-2.55130.33292050.29014168437399
2.5513-2.61510.33152200.28394132435299
2.6151-2.68580.31382400.26654119435999
2.6858-2.76490.30622100.265941704380100
2.7649-2.85410.28421970.256441854382100
2.8541-2.95610.29382170.256541894406100
2.9561-3.07440.29422140.24641884402100
3.0744-3.21430.27392430.230941664409100
3.2143-3.38370.25682090.21244150435999
3.3837-3.59570.24952150.195641964411100
3.5957-3.87320.21562080.186741914399100
3.8732-4.26270.21732350.188841744409100
4.2627-4.8790.19092390.16824148438799
4.879-6.1450.19832110.18444160437198
6.145-47.68790.25042190.22464219443898

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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