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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5ef1 | ||||||
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タイトル | RADIATION DAMAGE TO THE TRAP-RNA COMPLEX: DOSE (DWD) 19.3 MGy | ||||||
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![]() | RNA BINDING PROTEIN / protein-RNA complex / radiation damage | ||||||
機能・相同性 | ![]() DNA-templated transcription termination / regulation of DNA-templated transcription / RNA binding / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Bury, C.S. / McGeehan, J.E. / Garman, E.F. / Shevtsov, M.B. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: RNA protects a nucleoprotein complex against radiation damage. 著者: Bury, C.S. / McGeehan, J.E. / Antson, A.A. / Carmichael, I. / Gerstel, M. / Shevtsov, M.B. / Garman, E.F. #1: ![]() タイトル: Specificity of TRAP-RNA interactions: crystal structures of two complexes with different RNA sequences 著者: Hopcroft, N.H. / Wendt, A.L. / Gollnick, P. / Antson, A.A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 348.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 280.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 622.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 659.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 63.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 94.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 8257.377 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: mtrB / プラスミド: PTZSTMTRB / 発現宿主: ![]() ![]() #2: RNA鎖 | ( | 分子量: 17906.479 Da / 分子数: 1 / Fragment: (GAGUU)10GAG 53-NUCLEOTIDE RNA / 由来タイプ: 合成 / 詳細: SYNTHETIC RNA. IN-VITRO TRANSCRIPTION / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) #3: 化合物 | ChemComp-TRP / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.19 % |
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結晶化 | 温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.8 詳細: Potassium phosphate,L-tryptophan,potassium glutamate,triethanolamine,MgCl2,monomethyl ether PEG 2000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年5月8日 | |||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.94 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.98→62.68 Å / Num. obs: 130920 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 35.31 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.126 / Rpim(I) all: 0.076 / Net I/σ(I): 7 / Num. measured all: 477019 / Scaling rejects: 13 | |||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 5eeu 解像度: 1.98→58.667 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 32.62 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 137.67 Å2 / Biso mean: 44.6533 Å2 / Biso min: 23.9 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.98→58.667 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30
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