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- PDB-5eeq: Grb7 SH2 with the G7-B1 bicyclic peptide inhibitor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5eeq
タイトルGrb7 SH2 with the G7-B1 bicyclic peptide inhibitor
要素
  • Bicyclic Peptide Inhibitor
  • Growth factor receptor-bound protein 7
キーワードSignaling Protein/Inhibitor / staple / SH2 / inhibitor / Signaling Protein-Inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


GRB7 events in ERBB2 signaling / RND1 GTPase cycle / RET signaling / stress granule assembly / Tie2 Signaling / Downstream signal transduction / phosphatidylinositol binding / cell projection / epidermal growth factor receptor signaling pathway / Signaling by SCF-KIT ...GRB7 events in ERBB2 signaling / RND1 GTPase cycle / RET signaling / stress granule assembly / Tie2 Signaling / Downstream signal transduction / phosphatidylinositol binding / cell projection / epidermal growth factor receptor signaling pathway / Signaling by SCF-KIT / cytoplasmic stress granule / negative regulation of translation / positive regulation of cell migration / focal adhesion / protein kinase binding / RNA binding / identical protein binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Growth factor receptor-bound protein 7 / : / BPS (Between PH and SH2) domain / BPS (Between PH and SH2) / GRB/APBB1IP / APBB1IP, PH domain / RA like domain / Ras association (RalGDS/AF-6) domain / Ras-associating (RA) domain profile. / Ras-associating (RA) domain ...Growth factor receptor-bound protein 7 / : / BPS (Between PH and SH2) domain / BPS (Between PH and SH2) / GRB/APBB1IP / APBB1IP, PH domain / RA like domain / Ras association (RalGDS/AF-6) domain / Ras-associating (RA) domain profile. / Ras-associating (RA) domain / SH2 domain / SHC Adaptor Protein / PH domain / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / SH2 domain / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2 domain / SH2 domain superfamily / PH-like domain superfamily / Ubiquitin-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Growth factor receptor-bound protein 7
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Ambaye, N.D. / Watson, G.M. / Wilce, M.C.J. / Wilce, G.M.
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2016
タイトル: Unexpected involvement of staple leads to redesign of selective bicyclic peptide inhibitor of Grb7.
著者: Gunzburg, M.J. / Kulkarni, K. / Watson, G.M. / Ambaye, N.D. / Del Borgo, M.P. / Brandt, R. / Pero, S.C. / Perlmutter, P. / Wilce, M.C. / Wilce, J.A.
履歴
登録2015年10月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年6月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02024年4月17日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Polymer sequence / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / entity / entity_poly / entity_poly_seq / entity_src_gen / pdbx_entity_src_syn / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_oper_list / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_ref_seq / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.group_PDB / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_seq_id / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity.formula_weight / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _entity_src_gen.gene_src_common_name / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_end_seq_num / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end / _struct_ref_seq.seq_align_end / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id / _struct_site.pdbx_num_residues

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Growth factor receptor-bound protein 7
B: Growth factor receptor-bound protein 7
L: Bicyclic Peptide Inhibitor
M: Bicyclic Peptide Inhibitor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,3286
ポリマ－30,1384
非ポリマー1902
水3,063170
1
A: Growth factor receptor-bound protein 7
L: Bicyclic Peptide Inhibitor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,1643
ポリマ－15,0692
非ポリマー951
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1190 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area6190 Å2
手法PISA
2
B: Growth factor receptor-bound protein 7
M: Bicyclic Peptide Inhibitor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,1643
ポリマ－15,0692
非ポリマー951
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1180 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area6220 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)37.081, 63.811, 52.040
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 92.50, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Growth factor receptor-bound protein 7 / B47 / Epidermal growth factor receptor GRB-7 / GRB7 adapter protein


分子量: 13690.711 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP rersidues 415-532 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GRB7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q14451
#2: タンパク質・ペプチド Bicyclic Peptide Inhibitor


分子量: 1378.463 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 170 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.73 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M bis-tris pH 5.5, 25% (w/v) PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.954 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年10月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.954 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→40.31 Å / Num. obs: 31961 / % possible obs: 99.8 %

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化解像度: 1.6→40.306 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.08 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1961 1604 5.03 %
Rwork0.1734 --
obs0.1746 31909 99.64 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→40.306 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1847 0 10 170 2027
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0051904
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9352563
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.143687
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.037274
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005331
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6001-1.65170.29941470.28892725X-RAY DIFFRACTION100
1.6517-1.71070.29151550.24222733X-RAY DIFFRACTION100
1.7107-1.77920.2781470.21132748X-RAY DIFFRACTION99
1.7792-1.86020.24851600.19952729X-RAY DIFFRACTION100
1.8602-1.95830.21841250.17192767X-RAY DIFFRACTION100
1.9583-2.0810.18751360.17312762X-RAY DIFFRACTION100
2.081-2.24160.22111440.17342763X-RAY DIFFRACTION100
2.2416-2.46720.18971210.17572794X-RAY DIFFRACTION100
2.4672-2.82410.19151380.18412765X-RAY DIFFRACTION100
2.8241-3.55780.20251580.1662758X-RAY DIFFRACTION100
3.5578-40.31850.16291730.15122761X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.8619-1.50090.47047.79193.06045.7627-0.1983-0.23580.1726-0.05790.1836-1.17430.27740.9601-0.14460.18310.180.09140.55450.0330.445818.1557-2.08097.953
23.3378-2.4345-2.79728.1568-0.88753.68930.1372-0.176-0.7263-0.4408-0.0743-0.17811.57141.0384-0.14620.44090.17480.06150.2710.0140.3910.7086-13.32488.8526
32.60360.135-0.73373.2664-0.77617.0062-0.11510.0452-0.1568-0.2552-0.0481-0.190.55770.37590.17970.19460.06490.03840.2102-0.01010.21327.1891-3.0357.0155
44.17050.6232-0.37464.63440.82144.87360.02210.01370.052-0.095-0.0131-0.2222-0.05570.46340.02490.11220.02220.00330.1911-0.00750.19117.49376.942410.3358
51.86680.6975-1.11715.64961.85196.0533-0.1133-0.1120.00060.75420.0228-1.31510.11291.04560.05060.2665-0.0847-0.12230.49920.0260.479817.751727.784320.3536
63.64952.34121.75384.8172.05765.5515-0.06040.1890.38160.09050.0848-0.3475-0.99430.8408-0.10060.368-0.1318-0.03340.23480.0140.34559.323538.487414.6037
73.5618-0.42340.1292.92130.02685.3585-0.0404-0.3420.16360.4512-0.0597-0.2484-0.30620.35020.08020.2956-0.0667-0.06460.204-0.01370.22837.281630.728321.2349
85.2739-1.0139-0.02349.6336-2.39116.357-0.0133-0.228-0.28150.18040.00410.20920.2916-0.0163-0.19510.2142-0.0144-0.0150.189-0.02470.15713.704125.245122.6619
94.649-0.54760.71365.327-0.09496.6206-0.0438-0.067-0.04010.1465-0.0276-0.28660.08720.33310.0470.1339-0.0207-0.00450.1559-0.01620.19797.007919.664316.3816
103.72-3.6560.44288.56122.9242.3247-0.0217-0.0254-0.2087-0.1698-0.15180.83090.512-0.61770.20190.2303-0.033-0.00430.2365-0.01220.2685-2.7112-1.6132.6823
115.2281.0339-1.93165.90463.04332.77150.05820.17050.14360.0744-0.18350.6259-0.7473-0.6710.20430.240.04170.00310.2143-0.01230.2149-3.794228.272223.0136
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 426 through 437 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 438 through 447 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 448 through 487 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 488 through 528 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 424 through 437 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 438 through 454 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 455 through 475 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 476 through 487 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 488 through 527 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'L' and (resid 1 through 10 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'M' and (resid 1 through 10 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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