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- PDB-5ee2: The crystal structure of the C-terminal beta-barrel of HpuA from ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ee2
タイトルThe crystal structure of the C-terminal beta-barrel of HpuA from Neisseria gonorrhoeae
要素Hemoglobin-haptoglobin-utilization protein
キーワードMETAL TRANSPORT / Outer membrane / lipoprotein / receptor / beta barrel
機能・相同性Haemoglobin-haptoglobin utilisation, porphyrin transporter / Haemoglobin-haptoglobin utilisation, porphyrin transporter / Porin - #90 / Outer membrane protein/outer membrane enzyme PagP, beta-barrel / Porin / cell outer membrane / Beta Barrel / Mainly Beta / Hemoglobin-haptoglobin-utilization protein
機能・相同性情報
生物種Neisseria gonorrhoeae (淋菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Wong, C.T. / Hare, S.A.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Medical Research Council (United Kingdom)G1100332 英国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2015
タイトル: Structural analysis of haemoglobin binding by HpuA from the Neisseriaceae family.
著者: Wong, C.T. / Xu, Y. / Gupta, A. / Garnett, J.A. / Matthews, S.J. / Hare, S.A.
履歴
登録2015年10月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年11月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年12月30日Group: Database references
改定 1.22017年9月13日Group: Author supporting evidence / Data collection
カテゴリ: diffrn_radiation_wavelength / pdbx_audit_support
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hemoglobin-haptoglobin-utilization protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,7701
ポリマ－16,7701
非ポリマー00
水1,04558
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area6380 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.920, 61.920, 92.241
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number146
Space group name H-MH3

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要素

#1: タンパク質 Hemoglobin-haptoglobin-utilization protein


分子量: 16770.385 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Neisseria gonorrhoeae (strain ATCC 700825 / FA 1090) (淋菌)
遺伝子: NGO_11390 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0H4IWK3
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 58 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.39 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.9
詳細: 100 mM Hepes, 1.6 M ammonium sulfate, 0.8 % Peg 400, 200 mM sodium thiocyanate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.97949 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年3月9日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→46.36 Å / Num. all: 9586 / Num. obs: 9586 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 4 % / Rpim(I) all: 0.047 / Rrim(I) all: 0.096 / Rsym value: 0.084 / Net I/av σ(I): 5.232 / Net I/σ(I): 9.1 / Num. measured all: 38137
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRpim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
1.95-2.063.90.542.3536213920.3140.542.399.9
2.06-2.183.90.3282.3518213260.1890.3283.799.7
2.18-2.3340.2463494512360.1390.246599.9
2.33-2.5240.184.2469511610.1020.186.399.7
2.52-2.7640.1315.6430110770.0750.1318.599.9
2.76-3.0840.0838.238729720.0470.08311.999.9
3.08-3.564.10.05711.134828470.0320.05716.299.9
3.56-4.364.10.05510.129087140.030.05519.799.8
4.36-6.173.90.079721715580.0460.07920.299.6
6.17-30.9640.0351712193030.020.03520.698.5

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRR rigid body: 0.562
最高解像度最低解像度
Rotation30.96 Å2.17 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALA3.3.21データスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC5.8.0069精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
MOSFLMデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5EC6 residues 168-322

5ec6


解像度: 1.95→46.36 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.932 / WRfactor Rfree: 0.2322 / WRfactor Rwork: 0.1829 / FOM work R set: 0.8319 / SU B: 4.115 / SU ML: 0.113 / SU R Cruickshank DPI: 0.1535 / SU Rfree: 0.1499 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.153 / ESU R Free: 0.15 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2303 506 5.3 %RANDOM
Rwork0.1781 ---
obs0.1808 9078 99.77 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 98.72 Å2 / Biso mean: 39.259 Å2 / Biso min: 24.53 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.91 Å20.45 Å20 Å2
2--0.91 Å20 Å2
3----2.95 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.95→46.36 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数916 0 0 58 974
Biso mean---45.13 -
残基数----122
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.02929
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.02867
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3841.9431250
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.72231998
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.080.2142
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.021064
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02213
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.5413.561485
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.5273.556484
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.5545.307601
LS精密化 シェル解像度: 1.95→2.001 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.386 49 -
Rwork0.278 639 -
all-688 -
obs--99.71 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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