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- PDB-5edf: Crystal structure of the selenomethionine-substituted iron-regula... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5edf
タイトルCrystal structure of the selenomethionine-substituted iron-regulated protein FrpD from Neisseria meningitidis
要素FrpC operon protein
キーワードUNKNOWN FUNCTION / Selenomethionine-substituted iron-regulated protein FrpD / FrpC-binding protein / novel fold / metal transport
機能・相同性RTX iron-regulated FrpC / RTX iron-regulated protein FrpC / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / AZIDE ION / RTX iron-regulated protein (frpC)
機能・相同性情報
生物種Neisseria meningitidis (髄膜炎菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Sviridova, E. / Bumba, L. / Rezacova, P. / Sebo, P. / Kuta Smatanova, I.
資金援助 チェコ, 1件
組織認可番号国
Grant AgencyP207/11/0717 チェコ
引用
ジャーナル: Sci Rep / 年: 2017
タイトル: Structural basis of the interaction between the putative adhesion-involved and iron-regulated FrpD and FrpC proteins of Neisseria meningitidis.
著者: Sviridova, E. / Rezacova, P. / Bondar, A. / Veverka, V. / Novak, P. / Schenk, G. / Svergun, D.I. / Kuta Smatanova, I. / Bumba, L.
#1: ジャーナル: Acta Crystallographica Section F / 年: 2010
タイトル: Crystallization and preliminary crystallographic characterization of the iron-regulated outer membrane lipoprotein FrpD from Neisseria meningitidis
著者: Sviridova, E. / Bumba, L. / Rezacova, P. / Prochazkova, K. / Kavan, D. / Bezoushka, K. / Kuty, M. / Sebo, P. / Kuta Smatanova, I.
履歴
登録2015年10月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年2月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月22日Group: Database references / カテゴリ: pdbx_database_related / Item: _pdbx_database_related.db_id
改定 1.22024年11月20日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: FrpC operon protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,4825
ポリマ－28,8961
非ポリマー5864
水4,936274
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1230 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area11790 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)38.293, 38.829, 165.670
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 FrpC operon protein / RTX iron-regulated protein (frpC)


分子量: 28896.346 Da / 分子数: 1 / 変異: 54:MSE; 70:MSE; 156:MSE; 168:MSE / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Fragment FrpD43-271, where: 1. the sequence position present in the structure is 44-267; 2. ENLYFQG sequence at the C-terminus is a tobacco-etch virus (TEV) protease cleavage site; 3. LE ...詳細: Fragment FrpD43-271, where: 1. the sequence position present in the structure is 44-267; 2. ENLYFQG sequence at the C-terminus is a tobacco-etch virus (TEV) protease cleavage site; 3. LE sequence at the C-terminus is a cloning artifact; 4. HHHHHH sequence at the C-terminus is a 6His-tag.
由来: (組換発現) Neisseria meningitidis (髄膜炎菌)
遺伝子: LA50_03295 / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q08840

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非ポリマー , 5種, 278分子

#2: 化合物 ChemComp-P6G / HEXAETHYLENE GLYCOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG400 / ヘキサエチレングリコ-ル


分子量: 282.331 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H26O7 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル


分子量: 238.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物 ChemComp-AZI / AZIDE ION / アザイド


分子量: 42.020 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: N3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 274 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.3 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.1M Tris-HCl, 20% (w/v) PEG 8000, 20% (v/v) PEG 400, and 0.1M MgCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2010年3月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 5.9 % / 数: 100435 / Rmerge(I) obs: 0.057 / Χ2: 3.2 / D res high: 2 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 17108 / % possible obs: 98.2
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
4.315010.057.1335.5
3.424.3110.054.4586
2.993.4210.0493.6036.3
2.712.9910.0562.9856.3
2.522.7110.0642.826.3
2.372.5210.0722.4026.3
2.252.3710.0782.1356.2
2.152.2510.0892.0116.3
2.072.1510.1032.0515.1
22.0710.1181.734.3
反射解像度: 1.4→50 Å / Num. obs: 47065 / % possible obs: 94.2 % / 冗長度: 5.7 % / Biso Wilson estimate: 15.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.047 / Χ2: 1.073 / Net I/av σ(I): 37.625 / Net I/σ(I): 13 / Num. measured all: 269990
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
1.4-1.454.50.31939630.59380.9
1.45-1.515.60.26544170.58789.8
1.51-1.585.90.19345470.59492.4
1.58-1.665.90.14246280.61993.9
1.66-1.765.80.10147130.64195.2
1.76-1.95.70.07147420.70996.1
1.9-2.095.70.04947980.81896.4
2.09-2.395.60.04349231.09597.7
2.39-3.025.90.05550582.47999.8
3.02-506.70.03452761.93399

-
位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散
Phasing MAD set最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 50 Å
Phasing MAD set shell
ID解像度 (Å)
112.5-50
17.14-12.5
15-7.14
13.85-5
13.12-3.85
12.63-3.12
12.27-2.63
12-2.27
Phasing MAD set site

Atom type symbol: Se / Occupancy iso: 0

IDB isoFract xFract yFract zOccupancy
131.4666-0.796-0.618-0.2514.388
223.2208-0.701-0.165-0.483.012
327.9486-0.692-0.108-0.3432.097
431.6515-0.847-0.072-0.4722.067
525.8451-0.837-0.096-0.491.21
630.3789-0.644-0.127-0.5031.116
Phasing MAD shell
解像度 (Å)FOM FOM acentricFOM centric反射Reflection acentricReflection centric
12.5-500.2210.5530853451
7.14-12.50.3560.5860357217140
5-7.140.4160.5720774562212
3.85-50.3930.498013461063283
3.12-3.850.4120.503021521763389
2.63-3.120.4240.498030502597453
2.27-2.630.3780.434041133582531
2-2.270.2550.285051474599548

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALEPACKデータスケーリング
MLPHARE位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
HKL-3000データ削減
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.4→25.2 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.956 / SU B: 1.99 / SU ML: 0.036 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.061 / ESU R Free: 0.062 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1927 2388 5.1 %RANDOM
Rwork0.1678 ---
obs0.169 44591 94.13 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 196.31 Å2 / Biso mean: 24.593 Å2 / Biso min: 8.77 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.01 Å20 Å20 Å2
2---0.03 Å20 Å2
3---0.02 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.4→25.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1849 0 39 274 2162
Biso mean--34.52 32.99 -
残基数----224
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0221999
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4321.952713
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6425243
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.04724.907108
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.51915333
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg9.335159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0840.2280
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0211558
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.00761156
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.062101897
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.5416843
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.08712809
LS精密化 シェル解像度: 1.399→1.435 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.263 137 -
Rwork0.227 2719 -
all-2856 -
obs--78.46 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.09640.3240.42883.0650.34954.34720.1005-0.1931-0.11380.2133-0.04450.24510.1475-0.3291-0.0560.0970.03270.0570.1129-0.00060.08-1.86314.2536.822
20.95551.4010.2964.30162.28471.8273-0.0591-0.0016-0.08510.13040.0697-0.00410.23090.0663-0.01070.13120.01190.01070.07730.01510.10785.2795.14132.178
32.22910.9762-0.49230.9766-0.1013.33940.00640.03840.12590.12290.02730.1477-0.1773-0.2867-0.03370.07860.02710.04770.04-0.00310.0701-0.45714.36532.908
40.56790.0471-0.58191.42930.06962.7169-0.0257-0.03270.0819-0.01250.1016-0.0246-0.12750.1717-0.07590.03290.00250.01670.041-0.01660.06079.82516.1125.468
51.9339-1.5566-0.21124.5015-0.48053.77370.0482-0.0370.0617-0.08270.07270.3853-0.4034-0.2674-0.12090.12660.0210.03360.02250.00680.10063.29526.6225.472
60.8850.0596-0.4282.88010.05552.70350.00050.0240.0109-0.2851-0.00690.0312-0.0993-0.09480.00640.03950.00250.01630.0312-0.00050.05295.68614.25319.223
73.9781-0.9483-2.79040.4625-0.18315.0018-0.18960.2252-0.2379-0.08-0.02440.04560.5974-0.25350.21390.2598-0.03790.02390.1804-0.05730.232811.569-1.497.528
83.9767-2.16070.32725.1052-2.37917.7523-0.09550.0441-0.32120.01630.03160.17440.9026-0.01170.06390.12740.00430.00670.1711-0.05610.102316.9822.777-4.151
91.7216-0.05841.01450.6441-0.03752.67940.01390.0455-0.0619-0.01750.01340.00360.05360.1794-0.02730.00790.00750.01170.1682-0.03110.081923.8228.3232.488
101.9379-0.30070.5821.31440.68744.7437-0.040.27640.2372-0.2889-0.01690.0818-0.59340.08890.05690.117-0.0237-0.0030.1640.01120.095615.64517.218-4.69
1112.5256-1.4761-3.99926.1146-5.720122.8221-0.2341-0.0363-0.9317-0.0001-0.0856-0.0851.25350.67530.31970.13280.08110.01350.0796-0.01380.168719.223-0.13213.129
122.5013-1.24290.88825.5741-2.53925.04230.06630.29350.0975-0.39260.0350.2736-0.24970.0011-0.10140.091-0.00690.00710.11380.00960.075212.80116.8473.333
1350.9872-9.8331-18.157278.4974-36.318779.52211.03186.44633.61743.8005-1.48140.5363-7.7302-2.57140.44961.37660.14520.0080.81990.44140.48610.11730.84-1.569
142.34910.3415-0.72712.525-0.09013.6490.04330.0354-0.0053-0.0423-0.0539-0.0468-0.03920.06770.01060.0079-0.00460.01410.0363-0.01140.03110.76111.72913.862
151.5341-0.1892-0.60821.5183-0.82614.01030.0584-0.04560.10450.05470.0353-0.0909-0.25450.4198-0.09370.0251-0.03970.01940.0836-0.02830.055318.49915.80215.212
1617.3835-2.4729-9.151811.1635-0.90378.969-0.2714-0.9631-1.14730.5012-0.15840.10870.68130.74670.42990.15380.045800.1490.0540.147813.533.50929.469
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A44 - 54
2X-RAY DIFFRACTION2A55 - 71
3X-RAY DIFFRACTION3A72 - 95
4X-RAY DIFFRACTION4A96 - 123
5X-RAY DIFFRACTION5A124 - 136
6X-RAY DIFFRACTION6A137 - 147
7X-RAY DIFFRACTION7A148 - 156
8X-RAY DIFFRACTION8A157 - 162
9X-RAY DIFFRACTION9A163 - 178
10X-RAY DIFFRACTION10A179 - 196
11X-RAY DIFFRACTION11A197 - 202
12X-RAY DIFFRACTION12A203 - 212
13X-RAY DIFFRACTION13A213 - 219
14X-RAY DIFFRACTION14A220 - 240
15X-RAY DIFFRACTION15A241 - 261
16X-RAY DIFFRACTION16A262 - 267

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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