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- PDB-5edd: Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis dUTPase R140K, H1... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5edd
タイトルCrystal structure of Mycobacterium tuberculosis dUTPase R140K, H145W mutant
要素Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase
キーワードHYDROLASE / JELLY-ROLL / ENZYME-LIGAND COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


dUTP metabolic process / dUTP catabolic process / dUMP biosynthetic process / dUTP diphosphatase / dUTP diphosphatase activity / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能
Deoxyuridine triphosphate nucleotidohydrolase / Deoxyuridine triphosphatase (dUTPase) / Deoxyuridine 5'-Triphosphate Nucleotidohydrolase; Chain A / dUTPase-like / dUTPase / dUTPase, trimeric / dUTPase-like superfamily / Distorted Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2'-DEOXYURIDINE 5'-ALPHA,BETA-IMIDO-TRIPHOSPHATE / Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase / Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / フーリエ合成 / 解像度: 1.97 Å
データ登録者Nagy, G.N. / Leveles, I. / Lopata, A. / Harmat, V. / Toth, J. / Vertessy, G.B.
資金援助 ハンガリー, 3件
組織認可番号国
Hungarian Scientific Research FundOTKA NK 84008 ハンガリー
Hungarian Scientific Research FundOTKA K109486 ハンガリー
Biostruct-X283570 ハンガリー
引用ジャーナル: J. Am. Chem. Soc. / 年: 2016
タイトル: Structural Characterization of Arginine Fingers: Identification of an Arginine Finger for the Pyrophosphatase dUTPases.
著者: Nagy, G.N. / Suardiaz, R. / Lopata, A. / Ozohanics, O. / Vekey, K. / Brooks, B.R. / Leveles, I. / Toth, J. / Vertessy, B.G. / Rosta, E.
履歴
登録2015年10月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年11月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年12月21日Group: Database references
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,6264
ポリマ－18,0121
非ポリマー6143
水2,864159
1
A: Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase
ヘテロ分子

A: Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase
ヘテロ分子

A: Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,87812
ポリマ－54,0373
非ポリマー1,8419
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_545-y,x-y-1,z1
crystal symmetry operation3_655-x+y+1,-x,z1
Buried area12700 Å2
ΔGint-71 kcal/mol
Surface area17530 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.052, 55.052, 83.827
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number173
Space group name H-MP63
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-201-

TRS

21A-201-

TRS

31A-339-

HOH

41A-412-

HOH

51A-424-

HOH

61A-442-

HOH

71A-451-

HOH

81A-457-

HOH

91A-458-

HOH

101A-459-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase / dUTPase / dUTP pyrophosphatase


分子量: 18012.363 Da / 分子数: 1 / 変異: R140K,H145W / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
遺伝子: dut, MRA_2725 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: A5U649, UniProt: P9WNS5*PLUS, dUTP diphosphatase
#2: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-DUP / 2'-DEOXYURIDINE 5'-ALPHA,BETA-IMIDO-TRIPHOSPHATE / α,β-イミノ-dUTP


分子量: 467.157 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H16N3O13P3
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 159 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.87 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 1.5 M ammonium sulfate, 0.1M Tris/HCl, 12% glycerol, 6.7 mM dUPnPP, 20 mM magnesium chloride
PH範囲: 7.5-8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: SEALED TUBE / タイプ: OTHER / 波長: 1.54056 Å
検出器タイプ: AGILENT EOS CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年9月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54056 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.97→41.91 Å / Num. all: 10220 / Num. obs: 10220 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 3.51 % / Rmerge(I) obs: 0.13 / Net I/σ(I): 6.1
反射 シェル解像度: 1.97→2.08 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.497 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0049精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 3HZA

3hza


解像度: 1.97→41.91 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.931 / SU B: 8.32 / SU ML: 0.123 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.162 / ESU R Free: 0.15 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21108 495 4.9 %RANDOM
Rwork0.15994 ---
obs0.16237 9690 99.56 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 21.018 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.03 Å20.01 Å20 Å2
2--0.03 Å20 Å2
3----0.08 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.97→41.91 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1026 0 37 159 1222
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0191079
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021056
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0052.031481
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.93832413
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg14.5295143
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.43422.35334
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.35615153
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.977159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1030.2182
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0211195
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02213
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.4331.641576
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.4121.637574
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.2182.448717
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.2172.452718
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.8141.787503
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.8191.789499
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.7572.619762
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.58614.5821186
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.04313.641119
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.97→2.021 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.253 35 -
Rwork0.252 704 -
obs--99.6 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.10340.5626-2.52931.4465-1.31955.801-0.1210.048-0.0644-0.0046-0.0289-0.16420.2829-0.10220.150.04420.0101-0.00740.0260.00620.027433.6230.6366-23.2371
20.076-0.07010.04560.3934-0.19720.12980.0033-0.0140.0398-0.00880.001-0.01680.00050.0023-0.00430.03550.005-0.00290.0289-0.00570.037426.8582-3.41590.7693
32.71250.38392.05320.2071-0.37164.61230.03290.3663-0.0583-0.03530.07360.04150.19070.2108-0.10660.0247-0.0093-0.01110.0567-0.0020.134311.0378-33.2451-13.3004
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A-10 - 5
2X-RAY DIFFRACTION2A6 - 123
3X-RAY DIFFRACTION3A124 - 133

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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