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- PDB-5ed4: Structure of a PhoP-DNA complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ed4
タイトルStructure of a PhoP-DNA complex
要素
  • (DNA (26-MER)) x 2
  • Response regulator
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / protein-DNA complex / winged helix-turn-helix / direct repeat / tandem dimer / TRANSCRIPTION-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


protein secretion by the type VII secretion system / glycolipid biosynthetic process / phosphorelay response regulator activity / phosphorelay signal transduction system / positive regulation of lipid biosynthetic process / protein-DNA complex / response to oxidative stress / transcription cis-regulatory region binding / negative regulation of DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription ...protein secretion by the type VII secretion system / glycolipid biosynthetic process / phosphorelay response regulator activity / phosphorelay signal transduction system / positive regulation of lipid biosynthetic process / protein-DNA complex / response to oxidative stress / transcription cis-regulatory region binding / negative regulation of DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of gene expression / positive regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / metal ion binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
OmpR/PhoB-type DNA-binding domain profile. / OmpR/PhoB-type DNA-binding domain / Transcriptional regulatory protein, C terminal / Transcriptional regulatory protein, C terminal / Transcriptional regulatory protein WalR-like / Signal transduction response regulator, C-terminal effector / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. ...OmpR/PhoB-type DNA-binding domain profile. / OmpR/PhoB-type DNA-binding domain / Transcriptional regulatory protein, C terminal / Transcriptional regulatory protein, C terminal / Transcriptional regulatory protein WalR-like / Signal transduction response regulator, C-terminal effector / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. / CheY-like superfamily / Response regulator / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CACODYLATE ION / DNA / DNA (> 10) / DNA-binding response regulator / Possible two component system response transcriptional positive regulator PhoP
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Wang, S.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM079185 米国
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2016
タイトル: Structural basis of DNA sequence recognition by the response regulator PhoP in Mycobacterium tuberculosis.
著者: He, X. / Wang, L. / Wang, S.
履歴
登録2015年10月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年4月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月13日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Response regulator
B: Response regulator
C: DNA (26-MER)
D: DNA (26-MER)
E: Response regulator
F: Response regulator
G: DNA (26-MER)
H: DNA (26-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)143,96019
ポリマ－143,3348
非ポリマー62611
水4,197233
1
A: Response regulator
B: Response regulator
C: DNA (26-MER)
D: DNA (26-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,97310
ポリマ－71,6674
非ポリマー3066
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8240 Å2
ΔGint-65 kcal/mol
Surface area27330 Å2
手法PISA
2
E: Response regulator
F: Response regulator
G: DNA (26-MER)
H: DNA (26-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,9869
ポリマ－71,6674
非ポリマー3195
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7980 Å2
ΔGint-59 kcal/mol
Surface area28050 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.240, 98.176, 167.888
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABEF

#1: タンパク質
Response regulator / PhoP family transcriptional regulator


分子量: 27846.789 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
遺伝子: phoP, ABI38_13965, AC434_12840, BN1303_02986, ERS024750_01197, ERS024751_02016, ERS024758_01633, ERS124824_03492, ERS124825_03677, ERS124827_03481, ERS124828_03492, ERS124829_03387, ...遺伝子: phoP, ABI38_13965, AC434_12840, BN1303_02986, ERS024750_01197, ERS024751_02016, ERS024758_01633, ERS124824_03492, ERS124825_03677, ERS124827_03481, ERS124828_03492, ERS124829_03387, ERS124830_03452, ERS124831_03570, ERS124832_03594, IQ38_16185, IQ42_15805, IQ45_15620, IQ47_15575, IQ48_15690, IU13_15815, IU15_16135, IU16_15745, IU17_15635, IU21_16005, T209_15560
プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: A0A045J469, UniProt: P71814*PLUS, alkaline phosphatase

-
DNA鎖 , 2種, 4分子 CGDH

#2: DNA鎖 DNA (26-MER)


分子量: 7931.143 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 DNA (26-MER)


分子量: 8042.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 4種, 244分子

#4: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 化合物 ChemComp-CAC / CACODYLATE ION / dimethylarsinate / ジメチルアルシン酸アニオン


分子量: 136.989 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6AsO2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 233 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.62 %
結晶化温度: 293 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 6.5
詳細: 50 mM sodium cacodylate, pH 6.5, 10 mM calcium chloride, 12% PEG4000, 2 mM spermine

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年11月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→30 Å / Num. obs: 55326 / % possible obs: 90 % / 冗長度: 11.6 % / Biso Wilson estimate: 67.95 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.112 / Rpim(I) all: 0.033 / Rrim(I) all: 0.117 / Χ2: 1.618 / Net I/av σ(I): 29.357 / Net I/σ(I): 9.7 / Num. measured all: 639291
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.4-2.446.10.7122.1316420.9320.2790.7681.00654.2
2.44-2.496.60.74918140.890.2820.8041.03760.2
2.49-2.537.60.65420080.9040.2320.6971.02665.7
2.53-2.598.40.57421470.9430.1930.6081.07171
2.59-2.649.10.56823640.940.1840.5991.08677.8
2.64-2.79.70.51625750.9530.1610.5421.12684.9
2.7-2.7710.10.48827180.9680.1510.5111.12989.4
2.77-2.8511.10.44629170.9760.1340.4671.1796.2
2.85-2.9311.80.34130260.9910.1010.3561.24199.2
2.93-3.0212.50.3130450.9910.0910.3241.279100
3.02-3.1313.50.24330550.9950.070.2531.353100
3.13-3.2613.20.17430420.9940.0530.1831.52799.8
3.26-3.412.70.15330720.9890.0470.161.64399.8
3.4-3.5813.30.13130590.9940.0390.1371.78899.9
3.58-3.81130.1230600.9960.0350.1262.051100
3.81-4.113.30.1131070.9960.0320.1152.238100
4.1-4.5112.80.09930900.9960.0290.1032.141100
4.51-5.16130.09231260.9960.0270.0962.15499.9
5.16-6.49130.08831530.9970.0250.0911.966100
6.49-3012.30.0833060.9960.0240.0841.95100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
BUSTER-TNTBUSTER 2.10.2精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
PHASER位相決定
Cootモデル構築
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entries 3R0J & 1GXP

3r0j

1gxp


解像度: 2.4→29.6 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9223 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9084 / SU R Cruickshank DPI: 0.323 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.331 / SU Rfree Blow DPI: 0.228 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.228
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2265 2793 5.05 %RANDOM
Rwork0.1827 52468 --
obs0.1849 55261 89.38 %-
原子変位パラメータBiso max: 213.48 Å2 / Biso mean: 86.86 Å2 / Biso min: 45.35 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--28.4723 Å20 Å20 Å2
2---0.7463 Å20 Å2
3---29.2186 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.311 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.4→29.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6937 2120 27 233 9317
Biso mean--106.54 75.84 -
残基数----981
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d3018SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes163HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1143HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it9456HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd5SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1212SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact9895SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d9456HARMONIC20.011
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg13247HARMONIC21.11
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.2
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion21.53
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.44 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3026 103 4.76 %
Rwork0.2229 2061 -
all0.2263 2164 -
obs--47.71 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.1159-0.9077-0.35385.22492.79845.2773-0.00620.1647-0.1901-0.0314-0.02170.21060.1852-0.07860.0279-0.0489-0.05580.0237-0.29470.0266-0.1733-48.671725.205112.5583
22.7166-0.31860.34712.86470.31044.85270.0811-0.0718-0.0717-0.0304-0.00910.4030.2011-0.2178-0.0721-0.0272-0.02280.0854-0.24670.0021-0.1883-40.45521.30532.816
33.1469-0.8513-1.77428.2620.26999.14210.14750.08290.28850.2865-0.34510.2859-1.3035-0.46080.19760.04950.0691-0.0049-0.3268-0.0027-0.2886-39.407625.0322-17.7279
44.6049-0.2779-0.48963.673-0.18485.2215-0.08410.5434-0.0463-0.51160.02480.62490.6478-0.91140.0593-0.0931-0.1287-0.0325-0.1487-0.0237-0.2665-36.20660.8491-30.7471
51.3489-0.0665-1.32940.79090.21268.59850.20010.08880.0379-0.12120.2665-0.18250.81140.7366-0.46660.1754-0.01170.0258-0.024-0.0004-0.2118-21.3273-1.4935-17.638
60.82290.27750.12750.5932-0.06424.76020.12180.1317-0.0145-0.18740.1778-0.09040.30590.8058-0.29960.24560.03780.03990.0788-0.0813-0.2318-19.7097-1.6901-20.4689
71.05160.40580.76473.64323.22466.1419-0.02350.0755-0.06990.0056-0.16030.22830.0894-0.29930.1837-0.0325-0.01310.0158-0.2407-0.0804-0.2007-79.8317-25.1322-43.2805
83.1593-1.1177-0.46922.7269-0.11943.64560.27210.283-0.1559-0.3185-0.10470.224-0.0052-0.1315-0.1675-0.06820.008-0.0684-0.2-0.0534-0.1735-81.7323-1.4182-29.7899
90.5212-0.30940.87255.5196-1.09319.96360.15990.0295-0.0145-0.1871-0.0502-0.07430.50240.6716-0.10970.01860.0276-0.0819-0.30590.0057-0.2366-77.2787-27.3573-12.6446
103.57180.59651.18883.3486-0.81317.78990.1199-0.23910.10590.78140.09120.5379-0.0168-0.802-0.21110.118-0.04440.0443-0.2277-0.0114-0.2787-85.1771-6.5264.149
111.3562-0.1-0.53771.5953-0.48939.31990.3818-0.29520.05550.46450.2072-0.3072-0.65230.8829-0.58910.0359-0.1133-0.1292-0.0264-0.0645-0.2176-68.66651.656-3.9679
121.3716-0.5924-0.53331.28820.73753.85620.1351-0.28730.0690.51760.183-0.242-0.0131.2812-0.31820.1235-0.1509-0.07120.0666-0.1358-0.2282-67.69871.5323-1.2235
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|18 - 140 }A18 - 140
2X-RAY DIFFRACTION2{ A|149 - 247 }A149 - 247
3X-RAY DIFFRACTION3{ B|18 - 140 }B18 - 140
4X-RAY DIFFRACTION4{ B|149 - 247 }B149 - 247
5X-RAY DIFFRACTION5{ C|* }C1 - 26
6X-RAY DIFFRACTION6{ D|* }D1 - 26
7X-RAY DIFFRACTION7{ E|18 - 140 }E18 - 140
8X-RAY DIFFRACTION8{ E|147 - 247 }E147 - 247
9X-RAY DIFFRACTION9{ F|19 - 140 }F19 - 140
10X-RAY DIFFRACTION10{ F|149 - 247 }F149 - 247
11X-RAY DIFFRACTION11{ G|* }G1 - 26
12X-RAY DIFFRACTION12{ H|* }H1 - 26

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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