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- PDB-5ebx: THE CRYSTAL STRUCTURE OF ERABUTOXIN A AT 2.0 ANGSTROMS RESOLUTION -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ebx
タイトルTHE CRYSTAL STRUCTURE OF ERABUTOXIN A AT 2.0 ANGSTROMS RESOLUTION
要素ERABUTOXIN A
キーワードTOXIN
機能・相同性
機能・相同性情報


acetylcholine receptor inhibitor activity / ion channel regulator activity / toxin activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Snake toxin, conserved site / Snake toxins signature. / : / Snake toxin cobra-type / Snake three-finger toxin / CD59 / CD59 / Snake toxin-like superfamily / Ribbon / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Laticauda semifasciata (エラブウミヘビ)
手法X線回折 / 解像度: 2 Å
データ登録者Corfield, P.W.R. / Lee, T.-J. / Low, B.W.
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1989
タイトル: The crystal structure of erabutoxin a at 2.0-A resolution.
著者: Corfield, P.W. / Lee, T.J. / Low, B.W.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.A / 年: 1988
タイトル: Refinement at 1.4 Angstroms Resolution of a Model of Erabutoxin B. Treatment of Ordered Solvent and Discrete Disorder
著者: Smith, J.L. / Corfield, P.W.R. / Hendrickson, W.A. / Low, B.W.
#2: ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 1988
タイトル: Alpha-Toxin Binding to Acetylcholine Receptor Alpha 179-191 Peptides. Intrinsic Fluorescence Studies
著者: Radding, W. / Corfield, P.W.R. / Levinson, L.S. / Hashim, G.A. / Low, B.W.
#3: ジャーナル: Asia Pac.J.Pharmacol. / 年: 1987
タイトル: Acetylcholine Receptor. Alpha-Toxin Binding Site. Theoretical and Model Studies
著者: Low, B.W. / Corfield, P.W.R.
#4: ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 1985
タイトル: Erabutoxin B. Initial Protein Refinement and Sequence Analysis at 0.140 Nanometers Resolution
著者: Bourne, P.E. / Sato, A. / Corfield, P.W.R. / Rosen, L.S. / Birken, S. / Low, B.W.
#5: ジャーナル: Handb.Exp.Pharmacol. / 年: 1979
タイトル: The Three-Dimensional Structure of Postsynaptic Snake Neurotoxins. Consideration of Structure and Function
著者: Low, B.W.
#6: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1971
タイトル: X-Ray Crystallographic Study of the Erabutoxins and of a Diiodo Derivative
著者: Low, B.W. / Potter, R. / Jackson, R.B. / Tamiya, N. / Sato, S.
履歴
登録1989年12月20日処理サイト: BNL
改定 1.01990年4月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年11月29日Group: Derived calculations / Other / カテゴリ: pdbx_database_status / struct_conf / Item: _pdbx_database_status.process_site
改定 1.42024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ERABUTOXIN A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,9502
ポリマ－6,8541
非ポリマー961
水1,11762
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)50.140, 46.970, 20.870
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 ERABUTOXIN A


分子量: 6853.715 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Laticauda semifasciata (エラブウミヘビ)
参照: UniProt: P60775
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 62 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細ERABUTOXINS A AND B ARE SHORT-CHAIN POSTSYNAPTIC NEUROTOXINS ISOLATED FROM THE VENOM OF THE SEA- ...ERABUTOXINS A AND B ARE SHORT-CHAIN POSTSYNAPTIC NEUROTOXINS ISOLATED FROM THE VENOM OF THE SEA-SNAKE LATICAUDA SEMIFASCIA, FOUND OFF THE OKINAWAS. THE POSTSYNAPTIC NEUROTOXINS ARE ANTAGONISTS OF THE NICOTINIC ACETYLCHOLINE RECEPTOR. HOMOLOGY EXISTS BETWEEN ALL THESE VENOM NEUROTOXINS FOR BOTH SHORT AND LONG CHAIN SERIES. (SEE REFERENCE 6 ABOVE FOR DETAILS). THE CLOSE STRUCTURAL SIMILARITY BETWEEN EA AND EB, PARTICULARLY BETWEEN THE EA AND EB REACTIVE SITE DOMAINS, SUPPORTS THE HIGH RESOLUTION EB STRUCTURE AS A VALID PROTOTYPE FOR ALL OF THE POSTSYNAPTIC NEUROTOXINS OF THE SHORT SNAKE VENOM SERIES. IN ADDITION, THE SPECIFIC ROLE PROPOSED (REFERENCE 4) FOR THE HIGHLY MOBILE PERIPHERAL SEGMENT PRO 44 - GLY 49 IN NEUROTOXIN BINDING TO THE ACETYLCHOLINE RECEPTOR, IS SUPPORTED BY THE DISTRIBUTION OF THERMAL PARAMETERS IN THIS REGION OF EA.
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 31.39 %
結晶化
*PLUS
手法: microdialysis
詳細: referred to 'Tamiya.', (1966) Biochem.J., 99, 624-630
溶液の組成
*PLUS
濃度: 0.85 % / 一般名: sodium chloride

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データ収集

反射
*PLUS
最高解像度: 2 Å / Num. obs: 2714 / % possible obs: 75 % / Observed criterion σ(I): 2 / Num. measured all: 3640

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解析

ソフトウェア名称: PROLSQ / 分類: 精密化
精密化解像度: 2→10 Å / σ(I): 2 /
Rfactor反射数
obs0.168 2680
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数476 0 5 62 543
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0110.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0260.03
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.040.06
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it0.6611.5
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it1.12
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it1.2762
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it1.9863
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.010.02
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.130.15
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd0.130.2
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd0.150.2
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd0.1440.2
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor23
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor19.815
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor15.920
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor
精密化
*PLUS
最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 10 Å / Num. reflection obs: 2680 / σ(I): 2 / Rfactor obs: 0.168
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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