PDB-5ebh: Crystal Structure HEW Lysozyme processed with the CrystalDirect a...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5ebh

タイトル

Crystal Structure HEW Lysozyme processed with the CrystalDirect automated mounting and cryo-cooling technology

要素

Lysozyme C

キーワード

HYDROLASE / Glycosylase

機能・相同性

機能・相同性情報

Lactose synthesis / Antimicrobial peptides / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Gallus gallus (ニワトリ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.2 Å

データ登録者

Zander, U. / Hoffmann, G. / Cornaciu, I. / Marquez, J.A.

資金援助

フランス, 1件

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2016
タイトル: Automated harvesting and processing of protein crystals through laser photoablation.
著者: Zander, U. / Hoffmann, G. / Cornaciu, I. / Marquette, J.P. / Papp, G. / Landret, C. / Seroul, G. / Sinoir, J. / Rower, M. / Felisaz, F. / Rodriguez-Puente, S. / Mariaule, V. / Murphy, P. / ...

履歴

登録	2015年10月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年4月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年5月18日	Group: Database references
改定 1.2	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.3	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5ebh.cif.gz	71.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5ebh.ent.gz	52.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5ebh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eb/5ebh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eb/5ebh	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5amwC 5amxC 5amzC 5an4C 5andC 5aneC 5angC 5aniC 5anjC 5ankC 5anlC 5anoC 5dwpC 4b0dS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4owa-1 4uwv-d 6qqc-d 5kj9-d 6ht2-2 4lgk-d 3exd-d 4g4c-d 4xji-d 1bwj-d 1dkk-2 2x0a-d 5f14-d 1vdq-d 5i4x-d 5lym-2 4ngl-d 2bly-d 5lvi-d 6f1p-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (3) #136 - 2011年4月ナノボディ (Nanobodies) 類似性 (3) #222 - 2018年6月タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles) 類似性 (3) #9 - 2000年9月リゾチーム (Lysozyme) 類似性 (3) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Lysozyme C

14.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	78.801, 78.801, 37.267
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-212- HOH
2	1	A-296- HOH

#1: タンパク質	Lysozyme C / 1 / 4-beta-N-acetylmuramidase C / Allergen Gal d IV 分子量: 14331.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Gallus gallus (ニワトリ) / 参照: UniProt: P00698, lysozyme
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 215 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.02 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.06 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: Crystallization experiments were carried out at the High Throughput Crystallization Laboratory of the EMBL Grenoble Outstation (https://embl.fr/htxlab) using the sitting-drop vapour diffusion ...詳細: Crystallization experiments were carried out at the High Throughput Crystallization Laboratory of the EMBL Grenoble Outstation (https://embl.fr/htxlab) using the sitting-drop vapour diffusion method and CrystalDirect plates . Crystallization experiments were set up with 100 nl of sample and 100 nl of crystallization solution on the inner surface of the films within a CrystalDirect plate with a Cartesian PixSys robot (Cartesian Technologies). The crystallization solution was 0.1 M sodium acetate, pH=4.6 and 1.25 M sodium chloride. PH範囲: 4.6

結晶

マシュー密度: 2.02 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.06 %

結晶化

温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: Crystallization experiments were carried out at the High Throughput Crystallization Laboratory of the EMBL Grenoble Outstation (https://embl.fr/htxlab) using the sitting-drop vapour diffusion ...
PH範囲: 4.6

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-1 / 波長: 0.966 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年10月9日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.966 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.2→19.7 Å / Num. obs: 37274 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 8.4 % / R_merge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 17.2
反射シェル	解像度: 1.2→1.22 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0131	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4b0d

4b0d

解像度: 1.2→19.7 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.968 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.946 / SU B: 1.494 / SU ML: 0.031 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.047 / ESU R Free: 0.046 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.20102	1896	5.1 %	RANDOM
R_work	0.17308	-	-	-
obs	0.17452	35325	99.92 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 13.983 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.26 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.26 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.51 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.2→19.7 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	977	0	0	215	1192

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.019	1036
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	931
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.9	1.905	1412
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	2.18	3	2131
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	15.912	5	136
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.364	24.13	46
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.675	15	163
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	9.846	15	8
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.108	0.2	148
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	1241
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.004	0.02	265
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.66	1.228	537
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.519	1.227	536
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.718	1.85	673
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	0.766	1.851	674
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.644	1.33	499
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	0.568	1.33	499
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	0.712	1.961	738
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	2.062	11.887	1422
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	1.361	10.611	1294
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	4.035	3	1966
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free	17.92	5	65
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded	4.068	5	2090

LS精密化シェル

解像度: 1.2→1.231 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.239	149	-
R_work	0.238	2537	-
obs	-	-	99.96 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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