[日本語] English
万見
- PDB-5ebb: Structure of human sphingomyelinase phosphodiesterase like 3A (SM... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ebb
タイトルStructure of human sphingomyelinase phosphodiesterase like 3A (SMPDL3A) with Zn2+
要素Acid sphingomyelinase-like phosphodiesterase 3a
キーワードHYDROLASE / calcineurin like phosphodiesterase / binuclear metallophosphodiesterase / acid sphingomyelinase like
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleoside triphosphate catabolic process / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; リン酸ジエステル加水分解酵素 / phosphoric diester hydrolase activity / extracellular space / zinc ion binding / extracellular exosome
類似検索 - 分子機能
Acid sphingomyelinase-like phosphodiesterase, predicted / Acid sphingomyelinase/endopolyphosphatase, metallophosphatase domain / Sphingomyelin phosphodiesterase, C-terminal domain / Acid sphingomyelin phosphodiesterase C-terminal region / Calcineurin-like phosphoesterase domain, ApaH type / Calcineurin-like phosphoesterase / Metallo-dependent phosphatase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
MALONATE ION / Acid sphingomyelinase-like phosphodiesterase 3a
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Lim, S.M. / Yeung, K. / Tresaugues, L. / Teo, H.L. / Nordlund, P.
資金援助 シンガポール, スウェーデン, 2件
組織認可番号国
National Research FoundationNRF-CRP4-2008-02 シンガポール
Swedish Cancer Society スウェーデン
引用ジャーナル: Febs J. / 年: 2016
タイトル: The structure and catalytic mechanism of human sphingomyelin phosphodiesterase like 3a - an acid sphingomyelinase homologue with a novel nucleotide hydrolase activity.
著者: Lim, S.M. / Yeung, K. / Tresaugues, L. / Ling, T.H. / Nordlund, P.
履歴
登録2015年10月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年1月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年2月3日Group: Database references
改定 1.22016年3月30日Group: Database references
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn_type.id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Acid sphingomyelinase-like phosphodiesterase 3a
B: Acid sphingomyelinase-like phosphodiesterase 3a
C: Acid sphingomyelinase-like phosphodiesterase 3a
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)142,70823
ポリマ－139,8343
非ポリマー2,87420
水5,423301
1
A: Acid sphingomyelinase-like phosphodiesterase 3a
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,5087
ポリマ－46,6111
非ポリマー8966
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Acid sphingomyelinase-like phosphodiesterase 3a
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,6008
ポリマ－46,6111
非ポリマー9897
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Acid sphingomyelinase-like phosphodiesterase 3a
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,6008
ポリマ－46,6111
非ポリマー9897
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)147.790, 147.790, 139.900
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-807-

HOH

21A-855-

HOH

-
要素

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 12分子 ABC

#1: タンパク質 Acid sphingomyelinase-like phosphodiesterase 3a / ASM-like phosphodiesterase 3a


分子量: 46611.406 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP residues 34-433 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SMPDL3A, ASML3A / プラスミド: pFB-Sec-NH / 細胞株 (発現宿主): Sf9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q92484, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; リン酸ジエステル加水分解酵素
#3: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 4種, 312分子

#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-MLI / MALONATE ION / マロナ-ト


分子量: 102.046 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H2O4
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 301 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.74 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.2
詳細: 2.08 M disodium malonate pH 7.2, 0.23 M sodium thiocyanate and 0.01 M TCEP
PH範囲: 7.2

-
データ収集

回折平均測定温度: 80 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.9174 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年2月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9174 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→48.46 Å / Num. all: 61111 / Num. obs: 54349 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.132 / Net I/σ(I): 9.8
反射 シェル解像度: 2.6→2.68 Å / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.561 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0073精密化
XDS10.9.5データ削減
autoSHARP2.6位相決定
Aimless0.3.11データスケーリング
Coot0.8モデル構築
ARP7モデル構築
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.6→48.38 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / SU B: 9.106 / SU ML: 0.197 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.647 / ESU R Free: 0.304 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25474 2760 5.1 %RANDOM
Rwork0.23712 ---
obs0.23803 51505 99.33 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 21.786 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.15 Å2-0.07 Å20 Å2
2---0.15 Å20 Å2
3---0.48 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→48.38 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9864 0 165 301 10330
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0220.0210405
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.029571
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.1241.9614212
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg2.13.00722138
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.46551257
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg43.2225.525476
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.035151664
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.1411518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1170.21598
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.02111747
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0090.022367
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.8652.0434968
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.8652.0434967
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.0253.066221
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.0243.066222
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.4522.2865437
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.4522.2875438
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.9323.3257984
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.73616.76512410
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.73616.76812411
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.667 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.292 190 -
Rwork0.292 3757 -
obs--99.82 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る