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- PDB-5e9w: Crystal structure of mRNA cap guanine-N7 methyltransferase obtain... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5e9w
タイトルCrystal structure of mRNA cap guanine-N7 methyltransferase obtained by limited proteolysis
要素mRNA cap guanine-N7 methyltransferase
キーワードTRANSFERASE / mRNA capping
機能・相同性
機能・相同性情報


mRNA cap methyltransferase RNMT:RAMAC complex / mRNA capping enzyme complex / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE during HIV infection / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / mRNA Capping / 7-methylguanosine mRNA capping / cellular response to leukemia inhibitory factor / fibrillar center / mRNA (guanine-N7)-methyltransferase / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity ...mRNA cap methyltransferase RNMT:RAMAC complex / mRNA capping enzyme complex / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE during HIV infection / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / mRNA Capping / 7-methylguanosine mRNA capping / cellular response to leukemia inhibitory factor / fibrillar center / mRNA (guanine-N7)-methyltransferase / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / receptor complex / RNA binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
mRNA cap guanine-N7 methyltransferase, eukaryotes / mRNA cap guanine-N7 methyltransferase / mRNA (guanine-N(7))-methyltransferase domain / mRNA (guanine-N(7))-methyltransferase domain / mRNA (guanine-N(7)-)-methyltransferase (EC 2.1.1.56) domain profile. / Vaccinia Virus protein VP39 / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / mRNA cap guanine-N(7) methyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.283 Å
データ登録者Petit, P. / Cowling, V.H.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2016
タイトル: Molecular basis of RNA guanine-7 methyltransferase (RNMT) activation by RAM.
著者: Varshney, D. / Petit, A.P. / Bueren-Calabuig, J.A. / Jansen, C. / Fletcher, D.A. / Peggie, M. / Weidlich, S. / Scullion, P. / Pisliakov, A.V. / Cowling, V.H.
履歴
登録2015年10月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年7月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年8月3日Group: Database references
改定 1.22016年12月14日Group: Database references
改定 1.32019年2月20日Group: Advisory / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: diffrn_source / pdbx_data_processing_status ...diffrn_source / pdbx_data_processing_status / pdbx_validate_symm_contact / struct_conn / struct_conn_type
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.42019年6月12日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: audit_author / database_PDB_rev / database_PDB_rev_record
Item: _audit_author.name
改定 1.52019年8月21日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.62024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: mRNA cap guanine-N7 methyltransferase
B: mRNA cap guanine-N7 methyltransferase
C: mRNA cap guanine-N7 methyltransferase
D: mRNA cap guanine-N7 methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)148,4028
ポリマ－146,8654
非ポリマー1,5384
水5,531307
1
A: mRNA cap guanine-N7 methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,1012
ポリマ－36,7161
非ポリマー3841
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: mRNA cap guanine-N7 methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,1012
ポリマ－36,7161
非ポリマー3841
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: mRNA cap guanine-N7 methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,1012
ポリマ－36,7161
非ポリマー3841
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: mRNA cap guanine-N7 methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,1012
ポリマ－36,7161
非ポリマー3841
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)77.458, 99.157, 167.614
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
mRNA cap guanine-N7 methyltransferase / RG7MT1 / mRNA (guanine-N(7)-)-methyltransferase / mRNA cap methyltransferase / hcm1p


分子量: 36716.160 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 165-476 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RNMT, KIAA0398 / プラスミド: PET15 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: O43148, mRNA (guanine-N7)-methyltransferase
#2: 化合物
ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステイン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H20N6O5S
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 307 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.87 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: MES pH 6.5 and 25% PEG 4000, 1/5000 thermolysin

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年5月14日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.28→29.58 Å / Num. obs: 57298 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Rsym value: 0.07 / Net I/σ(I): 10.3
反射 シェル解像度: 2.28→2.41 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.27 / Mean I/σ(I) obs: 3.9 / % possible all: 97.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXdev_1702精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3BGV

3bgv


解像度: 2.283→29.578 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 29.64 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.255 2886 5.05 %
Rwork0.2201 --
obs0.2219 57204 96.3 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.283→29.578 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8989 0 104 307 9400
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0089297
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.34212468
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.0343544
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0571313
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071574
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2825-2.31990.32871300.27762549X-RAY DIFFRACTION97
2.3199-2.35990.31361470.25772589X-RAY DIFFRACTION98
2.3599-2.40280.33581530.25612548X-RAY DIFFRACTION97
2.4028-2.4490.28031420.24492531X-RAY DIFFRACTION97
2.449-2.4990.30521310.24682616X-RAY DIFFRACTION96
2.499-2.55330.31051440.24512535X-RAY DIFFRACTION97
2.5533-2.61260.29231010.24652631X-RAY DIFFRACTION97
2.6126-2.67790.28021230.2552596X-RAY DIFFRACTION96
2.6779-2.75030.27981420.23252560X-RAY DIFFRACTION97
2.7503-2.83120.24381380.23222580X-RAY DIFFRACTION97
2.8312-2.92250.27941240.23182588X-RAY DIFFRACTION97
2.9225-3.02680.25731560.23422537X-RAY DIFFRACTION96
3.0268-3.14790.27841440.2342596X-RAY DIFFRACTION97
3.1479-3.2910.24691340.22552615X-RAY DIFFRACTION97
3.291-3.46420.2291120.21722619X-RAY DIFFRACTION97
3.4642-3.68090.25051510.20432604X-RAY DIFFRACTION96
3.6809-3.96450.24991300.21272602X-RAY DIFFRACTION97
3.9645-4.36230.24211380.19172611X-RAY DIFFRACTION96
4.3623-4.99090.20031380.17722625X-RAY DIFFRACTION96
4.9909-6.27810.22451500.21122586X-RAY DIFFRACTION94
6.2781-29.58090.21161580.19092600X-RAY DIFFRACTION91
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 58.1387 Å / Origin y: 64.3557 Å / Origin z: 62.7484 Å
111213212223313233
T0.1216 Å20.011 Å20.0035 Å2-0.0897 Å20.0131 Å2--0.0726 Å2
L0.6064 °20.3329 °20.0389 °2-0.2266 °20.0408 °2--0.0451 °2
S0.0667 Å °-0.0306 Å °0.013 Å °0.0524 Å °-0.0459 Å °0.0152 Å °0.0296 Å °-0.0031 Å °-0.0196 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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