PDB-5e9w: Crystal structure of mRNA cap guanine-N7 methyltransferase obtain...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5e9w

タイトル

Crystal structure of mRNA cap guanine-N7 methyltransferase obtained by limited proteolysis

要素

mRNA cap guanine-N7 methyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / mRNA capping

機能・相同性

機能・相同性情報

mRNA cap methyltransferase RNMT:RAMAC complex / mRNA capping enzyme complex / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE during HIV infection / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / mRNA Capping / 7-methylguanosine mRNA capping / cellular response to leukemia inhibitory factor / fibrillar center / mRNA (guanine-N7)-methyltransferase / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.283 Å

データ登録者

Petit, P. / Cowling, V.H.

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2016
タイトル: Molecular basis of RNA guanine-7 methyltransferase (RNMT) activation by RAM.
著者: Varshney, D. / Petit, A.P. / Bueren-Calabuig, J.A. / Jansen, C. / Fletcher, D.A. / Peggie, M. / Weidlich, S. / Scullion, P. / Pisliakov, A.V. / Cowling, V.H.

履歴

登録	2015年10月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年7月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年8月3日	Group: Database references
改定 1.2	2016年12月14日	Group: Database references
改定 1.3	2019年2月20日	Group: Advisory / Data collection / Derived calculations カテゴリ: diffrn_source / pdbx_data_processing_status ...diffrn_source / pdbx_data_processing_status / pdbx_validate_symm_contact / struct_conn / struct_conn_type Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.4	2019年6月12日	Group: Data collection / Structure summary カテゴリ: audit_author / database_PDB_rev / database_PDB_rev_record Item: _audit_author.name
改定 1.5	2019年8月21日	Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.6	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.7	2025年12月10日	Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / pdbx_entry_details / Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.type

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5e9w.cif.gz	463.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5e9w.ent.gz	380.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5e9w.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e9/5e9w ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e9/5e9w	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5e8jC 5e9jC 3bgvS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6mod-d 4mdt-1 7k99-1 7ci4-2 4fw3-3 7ci4-1 1hjq-d 4fw7-2 5e9j-1 4fw5-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#145 - 2012年1月伝令RNAのキャップ形成 (Messenger RNA Capping) 類似性 (6) #103 - 2008年7月デングウイルス (Dengue Virus) 類似性 (1) #197 - 2016年5月ジカウイルス (Zika Virus) 類似性 (1)

登録構造単位

A: mRNA cap guanine-N7 methyltransferase

B: mRNA cap guanine-N7 methyltransferase

C: mRNA cap guanine-N7 methyltransferase

D: mRNA cap guanine-N7 methyltransferase

ヘテロ分子

148 kDa, 4 ポリマー
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1

A: mRNA cap guanine-N7 methyltransferase

ヘテロ分子

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2

B: mRNA cap guanine-N7 methyltransferase

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3

C: mRNA cap guanine-N7 methyltransferase

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4

D: mRNA cap guanine-N7 methyltransferase

ヘテロ分子

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単位格子

Length a, b, c (Å)	77.458, 99.157, 167.614
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	mRNA cap guanine-N7 methyltransferase / RG7MT1 / mRNA (guanine-N(7)-)-methyltransferase / mRNA cap methyltransferase / hcm1p 分子量: 36716.160 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 165-476 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RNMT, KIAA0398 / プラスミド: PET15 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: O43148, mRNA (guanine-N7)-methyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE 分子量: 384.411 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₂₀N₆O₅S
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 307 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.19 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.87 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: MES pH 6.5 and 25% PEG 4000, 1/5000 thermolysin

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年5月14日
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.28→29.58 Å / Num. obs: 57298 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 2.8 % / R_merge(I) obs: 0.08 / R_sym value: 0.07 / Net I/σ(I): 10.3
反射シェル	解像度: 2.28→2.41 Å / 冗長度: 2.8 % / R_merge(I) obs: 0.27 / Mean I/σ(I) obs: 3.9 / % possible all: 97.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	dev_1702	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3BGV

3bgv

解像度: 2.283→29.578 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 29.64 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.255	2886	5.05 %
R_work	0.2201	-	-
obs	0.2219	57204	96.3 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.283→29.578 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8989	0	104	307	9400

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	9297
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.342	12468
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.034	3544
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.057	1313
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	1574

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.2825-2.3199	0.3287	130	0.2776	2549	X-RAY DIFFRACTION	97
2.3199-2.3599	0.3136	147	0.2577	2589	X-RAY DIFFRACTION	98
2.3599-2.4028	0.3358	153	0.2561	2548	X-RAY DIFFRACTION	97
2.4028-2.449	0.2803	142	0.2449	2531	X-RAY DIFFRACTION	97
2.449-2.499	0.3052	131	0.2468	2616	X-RAY DIFFRACTION	96
2.499-2.5533	0.3105	144	0.2451	2535	X-RAY DIFFRACTION	97
2.5533-2.6126	0.2923	101	0.2465	2631	X-RAY DIFFRACTION	97
2.6126-2.6779	0.2802	123	0.255	2596	X-RAY DIFFRACTION	96
2.6779-2.7503	0.2798	142	0.2325	2560	X-RAY DIFFRACTION	97
2.7503-2.8312	0.2438	138	0.2322	2580	X-RAY DIFFRACTION	97
2.8312-2.9225	0.2794	124	0.2318	2588	X-RAY DIFFRACTION	97
2.9225-3.0268	0.2573	156	0.2342	2537	X-RAY DIFFRACTION	96
3.0268-3.1479	0.2784	144	0.234	2596	X-RAY DIFFRACTION	97
3.1479-3.291	0.2469	134	0.2255	2615	X-RAY DIFFRACTION	97
3.291-3.4642	0.229	112	0.2172	2619	X-RAY DIFFRACTION	97
3.4642-3.6809	0.2505	151	0.2043	2604	X-RAY DIFFRACTION	96
3.6809-3.9645	0.2499	130	0.2127	2602	X-RAY DIFFRACTION	97
3.9645-4.3623	0.2421	138	0.1917	2611	X-RAY DIFFRACTION	96
4.3623-4.9909	0.2003	138	0.1772	2625	X-RAY DIFFRACTION	96
4.9909-6.2781	0.2245	150	0.2112	2586	X-RAY DIFFRACTION	94
6.2781-29.5809	0.2116	158	0.1909	2600	X-RAY DIFFRACTION	91

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 58.1387 Å / Origin y: 64.3557 Å / Origin z: 62.7484 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.1216 Å²	0.011 Å²	0.0035 Å²	-	0.0897 Å²	0.0131 Å²	-	-	0.0726 Å²
L	0.6064 °²	0.3329 °²	0.0389 °²	-	0.2266 °²	0.0408 °²	-	-	0.0451 °²
S	0.0667 Å °	-0.0306 Å °	0.013 Å °	0.0524 Å °	-0.0459 Å °	0.0152 Å °	0.0296 Å °	-0.0031 Å °	-0.0196 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: all

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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