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万見
- PDB-5e9s: Crystal structure of substrate-bound glutamate transporter homolo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5e9s
タイトルCrystal structure of substrate-bound glutamate transporter homologue GltTk
要素Proton/glutamate symporter, SDF family
キーワードTRANSPORT PROTEIN / AMINO ACID TRANSPORTER / ASPARTATE TRANSPORT / GLUTAMATE TRANSPORT HOMOLOGUE / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


carboxylic acid transport / symporter activity / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Proton glutamate symport protein / Sodium:dicarboxylate symporter / Sodium:dicarboxylate symporter / Sodium:dicarboxylate symporter, conserved site / Sodium:dicarboxylate symporter superfamily / Sodium:dicarboxylate symporter family / Sodium:dicarboxylate symporter family signature 1. / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ASPARTIC ACID / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / Proton/glutamate symporter, SDF family
類似検索 - 構成要素
生物種Thermococcus kodakarensis (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Guskov, A. / Slotboom, D.J.
資金援助 オランダ, 1件
組織認可番号国
NWO865.11.001 オランダ
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2016
タイトル: Coupled binding mechanism of three sodium ions and aspartate in the glutamate transporter homologue GltTk.
著者: Guskov, A. / Jensen, S. / Faustino, I. / Marrink, S.J. / Slotboom, D.J.
履歴
登録2015年10月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年9月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年11月16日Group: Database references
改定 1.22016年11月23日Group: Database references
改定 1.32024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Proton/glutamate symporter, SDF family
B: Proton/glutamate symporter, SDF family
C: Proton/glutamate symporter, SDF family
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)149,74370
ポリマ－140,0563
非ポリマー9,68767
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area26920 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area50630 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)117.520, 117.520, 310.590
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 6分子 ABC

#1: タンパク質 Proton/glutamate symporter, SDF family


分子量: 46685.363 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermococcus kodakarensis (古細菌)
遺伝子: TK0986 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5JID0
#4: 糖 ChemComp-DMU / DECYL-BETA-D-MALTOPYRANOSIDE / DECYLMALTOSIDE / デシルβ-マルトシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 482.562 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H42O11 / コメント: 可溶化剤*YM

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非ポリマー , 6種, 64分子

#2: 化合物 ChemComp-ASP / ASPARTIC ACID / アスパラギン酸


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 133.103 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H7NO4
#3: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: Na
#5: 化合物
ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル


分子量: 238.278 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 化合物...
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 33 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#7: 化合物
ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#8: 化合物
ChemComp-P6G / HEXAETHYLENE GLYCOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG400 / ヘキサエチレングリコ-ル


分子量: 282.331 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H26O7 / コメント: 沈殿剤*YM

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.81 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 20% PEG 400, 3% Xylitol, 50mM MgCl2, 150mM NaCl, 100mM Glycine pH 9

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年10月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→48.4 Å / Num. obs: 60568 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 9.3
反射 シェル解像度: 2.8→2.87 Å / 冗長度: 3 % / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / % possible all: 97

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10_2155)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4KY0

4ky0


解像度: 2.8→48.358 Å / SU ML: 0.47 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 29.65 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2425 2009 3.32 %Random selection
Rwork0.2126 ---
obs0.2136 60568 97.42 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→48.358 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9554 0 643 0 10197
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00810333
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.13113843
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.776042
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0611684
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0081637
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8-2.870.41791370.40044048X-RAY DIFFRACTION96
2.9476-3.03430.35421390.35294125X-RAY DIFFRACTION98
3.5276-3.71350.25111460.20144168X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.75450.3449-0.6051.54990.40233.053-0.0882-0.21340.13070.1603-0.0967-0.1258-0.72120.43060.12290.847-0.2106-0.21970.5616-0.0220.6269-18.11881.8804127.6407
23.2922-0.45641.2621.8411-0.68013.17430.0195-0.45390.04870.4242-0.15750.16370.1317-0.99110.19550.7031-0.25030.10340.9003-0.08780.4826-52.661355.2865135.8174
31.3932-0.26070.2481.98970.65013.33870.0244-0.119-0.30750.8061-0.0246-0.35540.90470.5261-0.00730.89180.0328-0.21220.64160.16480.7699-12.05738.0657130.6621
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain 'A' and resid 5 through 500)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain 'B' and resid 5 through 500)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain 'C' and resid 5 through 500)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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