PDB-6zgb: glutamate transporter homologue Glttk in complex with a photo cag...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6zgb

タイトル

glutamate transporter homologue Glttk in complex with a photo cage compound

要素

Proton/glutamate symporter, SDF family

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / glutamate transporter / photo cage / membrane protein

機能・相同性

機能・相同性情報

dicarboxylic acid transport / symporter activity / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermococcus kodakarensis (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.2 Å

データ登録者

Arkhipova, V. / Slotboom, D.J. / Guskov, A.

引用

ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2021
タイトル: Structural Aspects of Photopharmacology: Insight into the Binding of Photoswitchable and Photocaged Inhibitors to the Glutamate Transporter Homologue.
著者: Arkhipova, V. / Fu, H. / Hoorens, M.W.H. / Trinco, G. / Lameijer, L.N. / Marin, E. / Feringa, B.L. / Poelarends, G.J. / Szymanski, W. / Slotboom, D.J. / Guskov, A.

履歴

登録	2020年6月18日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年1月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年2月3日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6zgb.cif.gz	493 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6zgb.ent.gz	414 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6zgb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zg/6zgb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zg/6zgb	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6zl4C 6zlhC 5dwyS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6zlh-d 5e9s-d 21991 6bav-d 6zl4-d 6x17-d 2c38-2 2nww-d 6bao-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#171 - 2014年3月神経伝達物質輸送体 (Neurotransmitter Transporters) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Proton/glutamate symporter, SDF family

B: Proton/glutamate symporter, SDF family

C: Proton/glutamate symporter, SDF family

ヘテロ分子

141 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: scanning transmission electron microscopy

単位格子

Length a, b, c (Å)	115.740, 115.740, 308.490
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y,x-y,z+2/3 #3: -x+y,-x,z+1/3 #4: x-y,-y,-z+1/3 #5: -x,-x+y,-z+2/3 #6: y,x,-z

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	(chain A and (resid 8 through 186 or resid 188 through 430))
2	1	(chain B and (resid 8 through 186 or resid 188 through 430))
3	1	(chain C and (resid 8 through 186 or resid 188 through 430))

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	ARG	ARG	LEU	LEU	(chain A and (resid 8 through 186 or resid 188 through 430))	A	A	8 - 186	8 - 186
1	2	VAL	VAL	SER	SER	(chain A and (resid 8 through 186 or resid 188 through 430))	A	A	188 - 430	188 - 430
2	1	ARG	ARG	LEU	LEU	(chain B and (resid 8 through 186 or resid 188 through 430))	B	B	8 - 186	8 - 186
2	2	VAL	VAL	SER	SER	(chain B and (resid 8 through 186 or resid 188 through 430))	B	B	188 - 430	188 - 430
3	1	ARG	ARG	LEU	LEU	(chain C and (resid 8 through 186 or resid 188 through 430))	C	C	8 - 186	8 - 186
3	2	VAL	VAL	SER	SER	(chain C and (resid 8 through 186 or resid 188 through 430))	C	C	188 - 430	188 - 430

#1: タンパク質	Proton/glutamate symporter, SDF family 分子量: 46685.363 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: 8 His tag at C-terminus 由来: (組換発現) Thermococcus kodakarensis (strain ATCC BAA-918 / JCM 12380 / KOD1) (古細菌) 遺伝子: TK0986 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5JID0
#2: 化合物	ChemComp-QJW / (2~{S},3~{S})-2-azanyl-3-[(2-nitrophenyl)methoxy]butanedioic acid 分子量: 284.222 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₂N₂O₇
#3: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER 分子量: 106.120 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#4: 化合物	ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL 分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₄
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.26 Å³/Da / 溶媒含有率: 71.12 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 27%PEG350MME, 100 mM Tris 8.0, 40 mM NaCl

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.9791 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年8月16日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.2→50 Å / Num. obs: 40350 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 7.58 % / CC_1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 9.16
反射シェル	解像度: 3.2→3.28 Å / 冗長度: 7.83 % / Num. unique obs: 2923 / CC_1/2: 0.145 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.16_3549	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5DWY

5dwy

解像度: 3.2→45.748 Å / SU ML: 0.58 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 34.04

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2745	2017	5.01 %
R_work	0.2319	-	-
obs	0.234	40289	99.62 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 356.89 Å² / B_iso mean: 153.2887 Å² / B_iso min: 72.05 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 3.2→45.748 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9474	0	98	0	9572
B_iso mean	-	-	193.13	-	-
残基数	-	-	-	-	1271

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	5643	X-RAY DIFFRACTION	16.033	TORSIONAL
1	2	B	5643	X-RAY DIFFRACTION	16.033	TORSIONAL
1	3	C	5643	X-RAY DIFFRACTION	16.033	TORSIONAL

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
3.2-3.2799	0.4823	141	0.4307	2677	100
3.2799-3.3686	0.4494	142	0.4053	2698	100
3.3686-3.4677	0.4509	143	0.3746	2710	100
3.4677-3.5796	0.375	142	0.3099	2697	100
3.5796-3.7075	0.3	142	0.2768	2714	100
3.7075-3.8558	0.3053	144	0.2431	2719	100
3.8558-4.0312	0.2696	141	0.2348	2692	100
4.0312-4.2436	0.2974	143	0.2151	2726	100
4.2436-4.5093	0.244	143	0.1822	2711	100
4.5093-4.8571	0.2328	145	0.1803	2736	99
4.8571-5.3452	0.2438	144	0.1887	2728	99
5.3452-6.1171	0.2733	147	0.2275	2782	100
6.1171-7.7009	0.2574	148	0.2372	2808	100
7.7009-45	0.2538	152	0.2255	2874	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.1247	-1.2446	-0.2785	1.7093	0.8191	4.4274	-0.2354	0.2393	-0.1527	-0.4957	-0.0325	0.1157	-0.7752	-0.3475	0.2108	1.4441	-0.0573	-0.0042	0.8619	0.0537	0.7524	42.529	17.0789	18.5584
2	2.1429	0.9612	0.9318	3.7705	0.5022	1.5119	-0.6922	0.4261	-0.0025	-0.7062	0.6694	-0.4318	-0.457	0.6669	-0.0242	0.9254	-0.0914	0.1992	1.1997	-0.1888	0.8258	77.2151	-9.7586	24.7053
3	2.0751	-1.233	1.1069	2.4701	0.8095	5.4017	-0.0826	0.1016	-0.0664	-0.3107	-0.5549	-0.0404	0.5471	-0.5565	0.5428	1.2819	-0.3928	0.1925	1.2528	-0.1733	0.8337	36.0445	-25.4942	28.1164

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain 'A' and resid 7 through 431)	A	7 - 431
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain 'B' and resid 8 through 430)	B	8 - 430
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain 'C' and resid 8 through 430)	C	8 - 430

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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