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- PDB-5e8r: Human HMT1 hnRNP methyltransferase-like protein 6 (S. cerevisiae) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5e8r
タイトルHuman HMT1 hnRNP methyltransferase-like protein 6 (S. cerevisiae)
要素Protein arginine N-methyltransferase 6
キーワードTRANSFERASE / HRMT1L6 / MS-023 / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


histone H2AR3 methyltransferase activity / protein-arginine omega-N monomethyltransferase activity / type I protein arginine methyltransferase / protein-arginine omega-N asymmetric methyltransferase activity / regulation of megakaryocyte differentiation / histone arginine N-methyltransferase activity / histone H3R17 methyltransferase activity / histone H3R2 methyltransferase activity / histone H3R8 methyltransferase activity / histone H3R26 methyltransferase activity ...histone H2AR3 methyltransferase activity / protein-arginine omega-N monomethyltransferase activity / type I protein arginine methyltransferase / protein-arginine omega-N asymmetric methyltransferase activity / regulation of megakaryocyte differentiation / histone arginine N-methyltransferase activity / histone H3R17 methyltransferase activity / histone H3R2 methyltransferase activity / histone H3R8 methyltransferase activity / histone H3R26 methyltransferase activity / histone H3K37 methyltransferase activity / histone H4R3 methyltransferase activity / histone H4K12 methyltransferase activity / histone H3K56 methyltransferase activity / protein-arginine N-methyltransferase activity / regulation of mitochondrion organization / histone H2AQ104 methyltransferase activity / histone H3 methyltransferase activity / histone methyltransferase activity / negative regulation of ubiquitin-dependent protein catabolic process / regulation of signal transduction by p53 class mediator / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / base-excision repair / protein modification process / RMTs methylate histone arginines / cellular senescence / methylation / histone binding / chromatin remodeling / negative regulation of DNA-templated transcription / chromatin binding / regulation of DNA-templated transcription / nucleolus / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
Hnrnp arginine n-methyltransferase1 / Hnrnp arginine n-methyltransferase1 / : / Arginine methyltransferase oligomerization subdomain / Methyltransferase domain 25 / Methyltransferase domain / Protein arginine N-methyltransferase / SAM-dependent methyltransferase PRMT-type domain profile. / Vaccinia Virus protein VP39 / Distorted Sandwich ...Hnrnp arginine n-methyltransferase1 / Hnrnp arginine n-methyltransferase1 / : / Arginine methyltransferase oligomerization subdomain / Methyltransferase domain 25 / Methyltransferase domain / Protein arginine N-methyltransferase / SAM-dependent methyltransferase PRMT-type domain profile. / Vaccinia Virus protein VP39 / Distorted Sandwich / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-5L6 / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / Protein arginine N-methyltransferase 6
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.55 Å
データ登録者DONG, A. / ZENG, H. / LIU, J. / TEMPEL, W. / Seitova, A. / Hutchinson, A. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / JIN, J. ...DONG, A. / ZENG, H. / LIU, J. / TEMPEL, W. / Seitova, A. / Hutchinson, A. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / JIN, J. / BROWN, P.J. / WU, H. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2016
タイトル: A Potent, Selective, and Cell-Active Inhibitor of Human Type I Protein Arginine Methyltransferases.
著者: Eram, M.S. / Shen, Y. / Szewczyk, M.M. / Wu, H. / Senisterra, G. / Li, F. / Butler, K.V. / Kaniskan, H.U. / Speed, B.A. / Dela Sena, C. / Dong, A. / Zeng, H. / Schapira, M. / Brown, P.J. / ...著者: Eram, M.S. / Shen, Y. / Szewczyk, M.M. / Wu, H. / Senisterra, G. / Li, F. / Butler, K.V. / Kaniskan, H.U. / Speed, B.A. / Dela Sena, C. / Dong, A. / Zeng, H. / Schapira, M. / Brown, P.J. / Arrowsmith, C.H. / Barsyte-Lovejoy, D. / Liu, J. / Vedadi, M. / Jin, J.
履歴
登録2015年10月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年12月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年3月30日Group: Database references
改定 1.22018年1月24日Group: Derived calculations / Structure summary / カテゴリ: audit_author / pdbx_struct_oper_list / Item: _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein arginine N-methyltransferase 6
B: Protein arginine N-methyltransferase 6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,67020
ポリマ－84,1492
非ポリマー1,52118
水1,17165
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4180 Å2
ΔGint-89 kcal/mol
Surface area26500 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)100.244, 100.244, 89.868
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number78
Space group name H-MP43
詳細As per the authors the biological assembly is unknown

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Protein arginine N-methyltransferase 6 / Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein methyltransferase-like protein 6 / Histone-arginine N- ...Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein methyltransferase-like protein 6 / Histone-arginine N-methyltransferase PRMT6


分子量: 42074.559 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PRMT6, HRMT1L6 / プラスミド: pFBOH-MHL
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): Sf9
参照: UniProt: Q96LA8, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの, EC: 2.1.1.125

-
非ポリマー , 5種, 83分子

#2: 化合物 ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステイン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H20N6O5S
#3: 化合物 ChemComp-5L6 / N-methyl-N-({4-[4-(propan-2-yloxy)phenyl]-1H-pyrrol-3-yl}methyl)ethane-1,2-diamine


分子量: 287.400 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H25N3O
#4: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物
ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION


分子数: 9 / 由来タイプ: 合成
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 65 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.15 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 10% PEG 3350, 0.2M MgCl2, 0.1M Sodium Cacadylate, pH6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97921 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2015年7月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97921 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.55→50 Å / Num. obs: 28929 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.171 / Rpim(I) all: 0.116 / Rrim(I) all: 0.198 / Χ2: 1.693 / Net I/av σ(I): 8.89 / Net I/σ(I): 6.5 / Num. measured all: 91551
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allCC1/2Rpim(I) allΧ2% possible allRrim(I) all
2.55-2.593.20.89314360.3870.6061.092100
2.59-2.643.20.76514780.5180.5171.1121000.927
2.64-2.693.20.6314060.5670.4311.1391000.766
2.69-2.753.20.59814790.5670.4071.1531000.726
2.75-2.813.20.54114520.660.3661.161000.656
2.81-2.873.20.44814410.7220.3021.2081000.543
2.87-2.943.20.40114490.7530.2731.18199.90.487
2.94-3.023.20.32914430.8290.2221.30799.70.399
3.02-3.113.20.26314410.8760.1771.3091000.318
3.11-3.213.20.22614450.9080.1531.4081000.274
3.21-3.333.20.19414570.9380.131.56299.90.235
3.33-3.463.20.16814610.9490.1141.60799.90.204
3.46-3.623.20.15114300.9610.1021.70399.80.183
3.62-3.813.20.12614480.940.0842.15899.50.152
3.81-4.053.20.10514460.9050.0711.92599.50.127
4.05-4.363.10.09514600.9780.0642.69699.30.115
4.36-4.830.0914300.9820.0613.26697.80.109
4.8-5.493.10.08814340.9840.0593.35198.60.106
5.49-6.923.20.07514380.9880.051.90397.70.09
6.92-503.20.04114550.9970.0271.90295.40.049

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-3000データスケーリング
REFMAC5.8.0131精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
PHASER位相決定
精密化解像度: 2.55→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.912 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.875 / WRfactor Rfree: 0.2218 / WRfactor Rwork: 0.1778 / FOM work R set: 0.7859 / SU B: 11.493 / SU ML: 0.247 / SU R Cruickshank DPI: 0.4657 / SU Rfree: 0.2787 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.499 / ESU R Free: 0.287 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2556 870 3 %RANDOM
Rwork0.2201 ---
obs0.2213 28018 99.26 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 67.11 Å2 / Biso mean: 25.338 Å2 / Biso min: 9.69 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.62 Å20 Å20 Å2
2--0.62 Å20 Å2
3----1.24 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.55→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5062 0 108 65 5235
Biso mean--26.71 18.94 -
残基数----665
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0195349
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.025018
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1821.9637281
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.854311461
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5285679
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.14622.661218
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.52715826
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.1361544
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0610.2810
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0216205
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021273
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8872.6132692
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.8872.6132693
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.6063.9133366
LS精密化 シェル解像度: 2.551→2.617 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.348 61 -
Rwork0.299 2071 -
all-2132 -
obs--99.86 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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