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- PDB-5e7x: Ligand binding domain 1 of Penicillium marneffei MP1 protein in c... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5e7x
タイトルLigand binding domain 1 of Penicillium marneffei MP1 protein in complex with palmitic acid
要素Cell wall antigen
キーワードLIPID BINDING PROTEIN / palmitic acid / MP1
機能・相同性Cell wall mannoprotein 1 / Hydrophobic surface binding protein A / extracellular region / ACETATE ION / PALMITIC ACID / Envelope glycoprotein / Cell wall antigen
機能・相同性情報
生物種Talaromyces marneffei PM1 (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Lam, W.H. / Zhang, H. / Hao, Q.
引用ジャーナル: Infect. Immun. / 年: 2019
タイトル: Talaromyces marneffeiMp1 protein, a novel virulence factor, carries two arachidonic acid-binding domains to suppress inflammatory responses in hosts.
著者: Lam, W.H. / Sze, K.H. / Ke, Y. / Tse, M.K. / Zhang, H. / Woo, P.C.Y. / Lau, S.K.P. / Lau, C.C.Y. / Xu, S. / Lai, P.M. / Zhou, T. / Antonyuk, S.V. / Kao, R.Y.T. / Yuen, K.Y. / Hao, Q.
履歴
登録2015年10月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年10月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02019年3月6日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / citation / citation_author / diffrn_source / entity / entity_src_gen / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_refine_tls_group / pdbx_struct_oper_list / struct_conf / struct_ref / struct_ref_seq / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id ..._atom_site.auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity.pdbx_fragment / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_seq_num / _pdbx_refine_tls_group.beg_auth_seq_id / _pdbx_refine_tls_group.end_auth_seq_id / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conf.beg_auth_seq_id / _struct_conf.end_auth_seq_id / _struct_ref.db_code / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession / _struct_site_gen.auth_seq_id
改定 2.12024年3月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cell wall antigen
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,7754
ポリマ－16,3681
非ポリマー4083
水1,18966
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area100 Å2
ΔGint-1 kcal/mol
Surface area8180 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.580, 52.580, 57.690
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number78
Space group name H-MP43

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要素

#1: タンパク質 Cell wall antigen


分子量: 16367.681 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 27-181 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Talaromyces marneffei PM1 (菌類) / 遺伝子: GQ26_0022220 / プラスミド: His-SUMO / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A093VKV7, UniProt: A8HBN5*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-PLM / PALMITIC ACID / パルミチン酸


分子量: 256.424 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H32O2
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 66 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.51 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 / 詳細: PEG 12000, sodium acetate, ammonium sulphate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年5月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→38.86 Å / Num. obs: 14575 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 29.066 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.026 / Rpim(I) all: 0.019 / Net I/σ(I): 22.8 / Num. measured all: 53561
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRpim(I) all% possible all
1.8-1.853.80.5182.2416210990.3499.9
8.05-38.863.60.01173.46241740.00797.3

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC精密化
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER2.5.5位相決定
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.8→38.86 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.957 / WRfactor Rfree: 0.2171 / WRfactor Rwork: 0.1769 / FOM work R set: 0.8425 / SU B: 5.933 / SU ML: 0.092 / SU R Cruickshank DPI: 0.1235 / SU Rfree: 0.122 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.124 / ESU R Free: 0.122 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2214 733 5 %RANDOM
Rwork0.1792 ---
obs0.1813 13818 99.16 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 94.4 Å2 / Biso mean: 36.532 Å2 / Biso min: 22.03 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.58 Å20 Å2-0 Å2
2--0.58 Å2-0 Å2
3----1.17 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.8→38.86 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1151 0 28 66 1245
Biso mean--48.43 41.49 -
残基数----155
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0191193
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021218
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.15321610
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.74332818
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.4665154
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.35827.55645
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.04715207
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.091151
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0570.2191
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0211341
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02228
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.482.986620
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.4812.974618
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.2714.45772
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.289 63 -
Rwork0.254 1035 -
all-1098 -
obs--99.73 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -44.3449 Å / Origin y: 80.2174 Å / Origin z: 4.2136 Å
111213212223313233
T0.0372 Å20.0207 Å2-0.0128 Å2-0.032 Å2-0.0296 Å2--0.0294 Å2
L0.6349 °2-0.4402 °20.2615 °2-0.4754 °2-0.3375 °2--0.4314 °2
S-0.0567 Å °-0.0514 Å °0.0315 Å °-0.0357 Å °-0.0019 Å °0.0003 Å °0.0443 Å °-0.0478 Å °0.0586 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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