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- PDB-5e7g: Crystal structure of Bacova_02650 with xylogluco-oligosaccharide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5e7g
タイトルCrystal structure of Bacova_02650 with xylogluco-oligosaccharide
要素IPT/TIG domain-containing protein BACOVA_02650
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / carbohydrate-binding protein
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiotic process benefiting host / xyloglucan catabolic process / polysaccharide binding / cell outer membrane
類似検索 - 分子機能
Surface glycan-binding protein B, xyloglucan binding domain / Surface glycan-binding protein B xyloglucan binding domain / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Immunoglobulin E-set / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
IPT/TIG domain-containing protein BACOVA_02650
類似検索 - 構成要素
生物種Bacteroides ovatus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.37 Å
Model detailsSusD homolog
データ登録者Koropatkin, N.M.
引用ジャーナル: Mbio / 年: 2016
タイトル: Molecular Dissection of Xyloglucan Recognition in a Prominent Human Gut Symbiont.
著者: Tauzin, A.S. / Kwiatkowski, K.J. / Orlovsky, N.I. / Smith, C.J. / Creagh, A.L. / Haynes, C.A. / Wawrzak, Z. / Brumer, H. / Koropatkin, N.M.
履歴
登録2015年10月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年5月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年5月18日Group: Database references
改定 1.22016年8月17日Group: Database references
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / pdbx_struct_special_symmetry / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_special_symmetry.label_asym_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn_type.id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年3月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: IPT/TIG domain-containing protein BACOVA_02650
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,64910
ポリマ－49,6511
非ポリマー1,9989
水2,270126
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3380 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area21600 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)207.390, 207.390, 117.870
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-726-

HOH

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 A

#1: タンパク質 IPT/TIG domain-containing protein BACOVA_02650


分子量: 49651.199 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 34-489 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacteroides ovatus (strain ATCC 8483 / DSM 1896 / JCM 5824 / NCTC 11153) (バクテリア)
株: ATCC 8483 / DSM 1896 / JCM 5824 / NCTC 11153 / 遺伝子: BACOVA_02650 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta(DE3) pLysS / 参照: UniProt: A7LXT4
#2: 多糖 beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-D-xylopyranose-(1-6)]beta-D- ...beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-D-xylopyranose-(1-6)]beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-D-xylopyranose-(1-6)]beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-D-xylopyranose-(1-6)]beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1387.204 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpb1-4DGlcpb1-4[DXylpa1-6]DGlcpb1-4[DXylpa1-6]DGlcpb1-4[DXylpa1-6]DGlcpb1-4DGlcpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,9,8/[a2122h-1b_1-5][a212h-1a_1-5]/1-1-1-1-1-1-2-2-2/a4-b1_b4-c1_b6-i1_c4-d1_c6-h1_d4-e1_d6-g1_e4-f1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{}}[(6+1)][a-D-Xylp]{}}[(6+1)][a-D-Xylp]{}}[(6+1)][a-D-Xylp]{}}}LINUCSPDB-CARE

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非ポリマー , 4種, 134分子

#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 126 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 74.96 %
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 1.1 to 1.5 M ammonium sulphate, 30 to 70 mM sodium cacodylate pH 6.5. To decrease crystal nucleation, 0.3 ml of paraffin oil was overlaid on top of 0.5 mls of mother liquor
PH範囲: 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年6月10日
放射モノクロメーター: C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.37→39.19 Å / Num. obs: 39362 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 8.2 % / Net I/σ(I): 20.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX1.9_1692精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
HKL-2000データ削減
PHENIX位相決定
精密化解像度: 2.37→39.19 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.5 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.226 1885 5.09 %
Rwork0.1975 72811 -
obs0.199 39362 99.91 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 135.97 Å2 / Biso mean: 57.81 Å2 / Biso min: 31.53 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.37→39.19 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3425 0 231 126 3782
Biso mean--76.5 47.61 -
残基数----446
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0053637
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9054976
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.033602
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003622
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.2021241
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.37-2.39890.31471260.30482613X-RAY DIFFRACTION100
2.3989-2.42930.31041570.30642552X-RAY DIFFRACTION100
2.4293-2.46120.36351180.29762625X-RAY DIFFRACTION100
2.4612-2.4950.29241390.26512609X-RAY DIFFRACTION100
2.495-2.53060.31181270.28812625X-RAY DIFFRACTION100
2.5306-2.56840.31641450.27112617X-RAY DIFFRACTION100
2.5684-2.60850.32131610.26012543X-RAY DIFFRACTION100
2.6085-2.65120.25141310.2452612X-RAY DIFFRACTION100
2.6512-2.69690.33591310.25962620X-RAY DIFFRACTION100
2.6969-2.7460.29851610.25512559X-RAY DIFFRACTION100
2.746-2.79880.28411250.25522624X-RAY DIFFRACTION100
2.7988-2.85590.30161230.25512618X-RAY DIFFRACTION100
2.8559-2.9180.30271280.24922617X-RAY DIFFRACTION100
2.918-2.98580.31351390.24422590X-RAY DIFFRACTION100
2.9858-3.06050.27441300.24232610X-RAY DIFFRACTION100
3.0605-3.14320.25111510.24752599X-RAY DIFFRACTION100
3.1432-3.23560.33961290.22332623X-RAY DIFFRACTION100
3.2356-3.340.26491410.22722591X-RAY DIFFRACTION100
3.34-3.45930.27471390.21962594X-RAY DIFFRACTION100
3.4593-3.59770.23261420.20692604X-RAY DIFFRACTION100
3.5977-3.76130.22641480.19142577X-RAY DIFFRACTION100
3.7613-3.95950.20811520.17222600X-RAY DIFFRACTION100
3.9595-4.20730.17971180.15672628X-RAY DIFFRACTION100
4.2073-4.53170.15991570.132578X-RAY DIFFRACTION100
4.5317-4.98690.13281410.13062602X-RAY DIFFRACTION100
4.9869-5.70660.1421500.14142596X-RAY DIFFRACTION100
5.7066-7.18250.17981550.16722591X-RAY DIFFRACTION100
7.1825-39.190.21241420.16442594X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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