+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7lgp | |||||||||
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Title | DapE enzyme from Shigella flexneri | |||||||||
Components | Succinyl-diaminopimelate desuccinylase | |||||||||
Keywords | HYDROLASE / dapE / M20 peptidase / structural genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID | |||||||||
Function / homology | Function and homology information succinyl-diaminopimelate desuccinylase / succinyl-diaminopimelate desuccinylase activity / diaminopimelate biosynthetic process / lysine biosynthetic process via diaminopimelate / cobalt ion binding / zinc ion binding Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Shigella flexneri 2a str. 301 (bacteria) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.91 Å | |||||||||
Authors | Osipiuk, J. / Endres, M. / Becker, D.P. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | |||||||||
Funding support | United States, 2items
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Citation | Journal: To Be Published Title: DapE enzyme from Shigella flexneri Authors: Osipiuk, J. / Endres, M. / Becker, D.P. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7lgp.cif.gz | 322.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7lgp.ent.gz | 261.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7lgp.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 7lgp_validation.pdf.gz | 428.9 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 7lgp_full_validation.pdf.gz | 431.1 KB | Display | |
Data in XML | 7lgp_validation.xml.gz | 34.2 KB | Display | |
Data in CIF | 7lgp_validation.cif.gz | 52.1 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lg/7lgp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lg/7lgp | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 4o23S S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | |
Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 41582.102 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Shigella flexneri 2a str. 301 (bacteria) Gene: dapE / Plasmid: pMCSG53 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) References: UniProt: D2AGR7, UniProt: P0AED8*PLUS, succinyl-diaminopimelate desuccinylase #2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-CL / #4: Chemical | #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.76 Å3/Da / Density % sol: 67.26 % |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8 Details: 2.8 M ammonium sulfate, 150 mM Tris buffer pH 8.0, 10 mM sodium potassium tartrate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 19-BM / Wavelength: 0.9792 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Sep 16, 2020 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9792 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.91→47.68 Å / Num. obs: 95874 / % possible obs: 99.8 % / Redundancy: 8.1 % / CC1/2: 0.997 / CC star: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.146 / Rpim(I) all: 0.053 / Rrim(I) all: 0.155 / Χ2: 1.555 / Net I/av σ(I): 16.1 / Net I/σ(I): 7.7 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 4O23 Resolution: 1.91→47.68 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.976 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.966 / SU B: 5.564 / SU ML: 0.079 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.1 / ESU R Free: 0.099 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 95.28 Å2 / Biso mean: 36.907 Å2 / Biso min: 21.81 Å2
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Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.91→47.68 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.91→1.96 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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