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万見
- PDB-5e72: Crystal structure of the archaeal tRNA m2G/m22G10 methyltransfera... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5.0E+72
タイトルCrystal structure of the archaeal tRNA m2G/m22G10 methyltransferase (aTrm11) in complex with S-adenosyl-L-methionine (SAM) from Thermococcus kodakarensis
要素N2, N2-dimethylguanosine tRNA methyltransferase
キーワードTRANSFERASE / tRNA methyltransferase / SAM
機能・相同性
機能・相同性情報


: / tRNA (guanine) methyltransferase activity / tRNA methylation / RNA binding
類似検索 - 分子機能
tRNA guanine(10)-N2-dimethyltransferase / Ribosomal RNA large subunit methyltransferase K/L-like, FLD domain / RMKL-like, methyltransferase domain / THUMP / THUMP domain / THUMP domain / THUMP domain profile. / N-6 Adenine-specific DNA methylases signature. / DNA methylase, N-6 adenine-specific, conserved site / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
S-ADENOSYLMETHIONINE / N2, N2-dimethylguanosine tRNA methyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermococcus kodakarensis (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 分子置換 / 解像度: 1.739 Å
データ登録者Hirata, A.
資金援助 日本, 2件
組織認可番号国
KAKENHI15K06975 日本
KAKENHI24770125 日本
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2016
タイトル: Structural and functional analyses of the archaeal tRNA m2G/m22G10 methyltransferase aTrm11 provide mechanistic insights into site specificity of a tRNA methyltransferase that contains ...タイトル: Structural and functional analyses of the archaeal tRNA m2G/m22G10 methyltransferase aTrm11 provide mechanistic insights into site specificity of a tRNA methyltransferase that contains common RNA-binding modules.
著者: Hirata, A. / Nishiyama, S. / Tamura, T. / Yamauchi, A. / Hori, H.
履歴
登録2015年10月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年7月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年2月19日Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: diffrn_source / pdbx_struct_oper_list
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: N2, N2-dimethylguanosine tRNA methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,6992
ポリマ－39,3001
非ポリマー3981
水5,080282
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)47.602, 53.688, 134.787
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 N2, N2-dimethylguanosine tRNA methyltransferase


分子量: 39300.129 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermococcus kodakarensis (strain ATCC BAA-918 / JCM 12380 / KOD1) (古細菌)
株: ATCC BAA-918 / JCM 12380 / KOD1 / 遺伝子: TK0981 / プラスミド: pET30a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta 2 (DE3) / 参照: UniProt: Q5JID5
#2: 化合物 ChemComp-SAM / S-ADENOSYLMETHIONINE


分子量: 398.437 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H22N6O5S
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 282 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.84 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 4.5M NaCl, 0.1M Tris-HCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL38B1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年11月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.739→50 Å / Num. obs: 36188 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 5.1 % / Biso Wilson estimate: 18.83 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.043 / Χ2: 1.376 / Net I/av σ(I): 41.572 / Net I/σ(I): 16.9 / Num. measured all: 185983
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
1.74-1.85.10.21735291.12799.3
1.8-1.875.20.15935531.14499.6
1.87-1.965.20.12135741.19699.7
1.96-2.065.20.09136001.19399.8
2.06-2.195.30.06935441.23499.9
2.19-2.365.20.05836081.277100
2.36-2.65.20.04836211.297100
2.6-2.985.20.04636561.657100
2.98-3.754.90.04336642.55599.9
3.75-504.80.02338391.10798.7

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1682精密化
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.739→32.674 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.72 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2231 1794 5 %
Rwork0.1868 34063 -
obs0.1887 35857 98.6 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 57.47 Å2 / Biso mean: 22.2948 Å2 / Biso min: 3.83 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.739→32.674 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2599 0 27 282 2908
Biso mean--21.05 29.51 -
残基数----323
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072685
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1013619
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.047387
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005468
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.4411024
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 13

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.739-1.7860.26361300.21822611274199
1.786-1.83850.28791240.205126332757100
1.8385-1.89790.25231510.185825742725100
1.8979-1.96570.25871400.183726142754100
1.9657-2.04440.2211320.183126332765100
2.0444-2.13740.21321340.183126262760100
2.1374-2.25010.2251170.174826512768100
2.2501-2.3910.23651600.182426232783100
2.391-2.57550.23121250.20062619274499
2.5755-2.83460.25161250.21432667279299
2.8346-3.24440.24141470.20772613276098
3.2444-4.08640.2011570.16362591274896
4.0864-32.67950.18991520.17792608276092

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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