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Yorodumi- PDB-5e71: Crystal structure of the archaeal tRNA m2G/m22G10 methyltransfera... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5.0E+71 | |||||||||
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Title | Crystal structure of the archaeal tRNA m2G/m22G10 methyltransferase (aTrm11) from Thermococcus kodakarensis | |||||||||
Components | N2, N2-dimethylguanosine tRNA methyltransferase | |||||||||
Keywords | TRANSFERASE / tRNA methyltransferase / RFM domain / NFLD / THUMP domain | |||||||||
Function / homology | Function and homology information : / tRNA (guanine) methyltransferase activity / tRNA methylation / RNA binding Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Thermococcus kodakarensis (archaea) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 1.7 Å | |||||||||
Authors | Hirata, A. | |||||||||
Funding support | Japan, 2items
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Citation | Journal: Nucleic Acids Res. / Year: 2016 Title: Structural and functional analyses of the archaeal tRNA m2G/m22G10 methyltransferase aTrm11 provide mechanistic insights into site specificity of a tRNA methyltransferase that contains common RNA-binding modules. Authors: Hirata, A. / Nishiyama, S. / Tamura, T. / Yamauchi, A. / Hori, H. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5e71.cif.gz | 78.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5e71.ent.gz | 60.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5e71.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e7/5e71 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e7/5e71 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 39300.129 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Thermococcus kodakarensis (strain ATCC BAA-918 / JCM 12380 / KOD1) (archaea) Strain: ATCC BAA-918 / JCM 12380 / KOD1 / Gene: TK0981 / Plasmid: pET-30a / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): Rosetta 2 (DE3) / References: UniProt: Q5JID5 |
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#2: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.3 Å3/Da / Density % sol: 46.42 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8.5 / Details: 4.5M NaCl, 0.1M Tris-HCl |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SPring-8 / Beamline: BL38B1 / Wavelength: 1 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Jun 11, 2014 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Redundancy: 29 % / Number: 1126901 / Rmerge(I) obs: 0.101 / Χ2: 5.76 / D res high: 1.7 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 38924 / % possible obs: 100 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Diffraction reflection shell |
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Reflection | Resolution: 1.7→50 Å / Num. obs: 38847 / % possible obs: 99.8 % / Redundancy: 7.1 % / Biso Wilson estimate: 25.94 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.051 / Rpim(I) all: 0.021 / Rrim(I) all: 0.055 / Χ2: 1.899 / Net I/av σ(I): 53.658 / Net I/σ(I): 17 / Num. measured all: 275794 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Rejects: 0
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 1.7→34.442 Å / SU ML: 0.23 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 26.12 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.7→34.442 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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