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- PDB-5e6y: Crystal structure of E.Coli branching enzyme in complex with alph... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5e6y
タイトルCrystal structure of E.Coli branching enzyme in complex with alpha cyclodextrin
要素1,4-alpha-glucan branching enzyme GlgB
キーワードTRANSFERASE / branching enzyme / cyclodextrin / glycogen / starch / glucan
機能・相同性
機能・相同性情報


cation binding / 1,4-alpha-glucan branching enzyme / 1,4-alpha-glucan branching enzyme activity / glycogen biosynthetic process / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / alpha-1,4-glucan branching enzyme GlgB, N-terminal domain / 1,4-alpha-glucan-branching enzyme, GlgB / Glycogen branching enzyme GlgB, N-terminal Early set domain / 1,4-alpha-glucan-branching enzyme / Glycoside hydrolase, family 13, N-terminal / Carbohydrate-binding module 48 (Isoamylase N-terminal domain) / Alpha-amylase/branching enzyme, C-terminal all beta / Alpha amylase, C-terminal all-beta domain / Alpha amylase, catalytic domain ...: / alpha-1,4-glucan branching enzyme GlgB, N-terminal domain / 1,4-alpha-glucan-branching enzyme, GlgB / Glycogen branching enzyme GlgB, N-terminal Early set domain / 1,4-alpha-glucan-branching enzyme / Glycoside hydrolase, family 13, N-terminal / Carbohydrate-binding module 48 (Isoamylase N-terminal domain) / Alpha-amylase/branching enzyme, C-terminal all beta / Alpha amylase, C-terminal all-beta domain / Alpha amylase, catalytic domain / Glycosyl hydrolase, family 13, catalytic domain / Alpha-amylase domain / Golgi alpha-mannosidase II / Glycosyl hydrolase, all-beta / Glycosidases / Immunoglobulin E-set / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
alpha-cyclodextrin / 1,4-alpha-glucan branching enzyme GlgB
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli O139:H28 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Feng, L. / Nosrati, M. / Geiger, J.H.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2016
タイトル: Crystal structures of Escherichia coli branching enzyme in complex with cyclodextrins.
著者: Feng, L. / Fawaz, R. / Hovde, S. / Sheng, F. / Nosrati, M. / Geiger, J.H.
履歴
登録2015年10月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年12月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年5月11日Group: Database references
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_oper_list / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_asym.entity_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 1,4-alpha-glucan branching enzyme GlgB
B: 1,4-alpha-glucan branching enzyme GlgB
C: 1,4-alpha-glucan branching enzyme GlgB
D: 1,4-alpha-glucan branching enzyme GlgB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)294,48918
ポリマ－285,1114
非ポリマー9,37814
水10,467581
1
A: 1,4-alpha-glucan branching enzyme GlgB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,4445
ポリマ－71,2781
非ポリマー2,1664
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: 1,4-alpha-glucan branching enzyme GlgB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,4534
ポリマ－71,2781
非ポリマー1,1753
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: 1,4-alpha-glucan branching enzyme GlgB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,2504
ポリマ－71,2781
非ポリマー2,9733
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: 1,4-alpha-glucan branching enzyme GlgB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,3425
ポリマ－71,2781
非ポリマー3,0654
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.024, 103.808, 186.080
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.97, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
1,4-alpha-glucan branching enzyme GlgB / 1 / 4-alpha-D-glucan:1 / 4-alpha-D-glucan 6-glucosyl-transferase / Alpha-(1->4)-glucan branching ...1 / 4-alpha-D-glucan:1 / 4-alpha-D-glucan 6-glucosyl-transferase / Alpha-(1->4)-glucan branching enzyme / Glycogen branching enzyme / BE


分子量: 71277.633 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli O139:H28 (strain E24377A / ETEC) (大腸菌)
株: E24377A / ETEC / 遺伝子: glgB, EcE24377A_3911 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A7ZSW5, 1,4-alpha-glucan branching enzyme
#2: 多糖
Cyclohexakis-(1-4)-(alpha-D-glucopyranose) / alpha-cyclodextrin


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 薬物デリバリー / 分子量: 990.860 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: cyclic oligosaccharide / 参照: alpha-cyclodextrin
記述子タイププログラム
WURCS=2.0/1,6,6/[a2122h-1a_1-5]/1-1-1-1-1-1/a1-f4_a4-b1_b4-c1_c4-d1_d4-e1_e4-f1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 581 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.11 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2 / 詳細: 0.1M HEPES, pH 7.2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.97876 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年2月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97876 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→50 Å / % possible obs: 95 % / 冗長度: 4 % / Net I/σ(I): 25

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.7.2_869精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1M7X

1m7x


解像度: 2.6→42.431 Å / SU ML: 0.77 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.94 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2557 10356 10.05 %RANDOM
Rwork0.1904 ---
obs0.1971 103070 95.17 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.98 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 38.542 Å2 / ksol: 0.312 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.0225 Å20 Å2-1.1767 Å2
2--1.0683 Å20 Å2
3----2.0908 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→42.431 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数19246 0 624 581 20451
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00920541
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.26728002
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.9247076
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0872972
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0053538
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5961-2.62560.34642980.28242822X-RAY DIFFRACTION86
2.6256-2.65650.36223230.26163046X-RAY DIFFRACTION94
2.6565-2.68880.33033310.24832977X-RAY DIFFRACTION93
2.6888-2.72290.31943160.24083087X-RAY DIFFRACTION93
2.7229-2.75870.35753370.2413011X-RAY DIFFRACTION94
2.7587-2.79650.27723390.23013063X-RAY DIFFRACTION94
2.7965-2.83640.34583450.24613056X-RAY DIFFRACTION95
2.8364-2.87870.3443250.23573011X-RAY DIFFRACTION93
2.8787-2.92370.31813550.23823055X-RAY DIFFRACTION96
2.9237-2.97160.3453210.23173071X-RAY DIFFRACTION94
2.9716-3.02290.30613320.21873052X-RAY DIFFRACTION95
3.0229-3.07780.29033670.20923043X-RAY DIFFRACTION94
3.0778-3.1370.29113560.20333074X-RAY DIFFRACTION95
3.137-3.2010.29893940.21143013X-RAY DIFFRACTION95
3.201-3.27060.29833190.20883104X-RAY DIFFRACTION96
3.2706-3.34660.28993460.20813130X-RAY DIFFRACTION96
3.3466-3.43030.28973390.19333070X-RAY DIFFRACTION95
3.4303-3.5230.25423600.18973086X-RAY DIFFRACTION95
3.523-3.62660.2583370.18823105X-RAY DIFFRACTION96
3.6266-3.74360.24893670.1763118X-RAY DIFFRACTION96
3.7436-3.87730.23693410.17313093X-RAY DIFFRACTION95
3.8773-4.03240.24263640.17113076X-RAY DIFFRACTION95
4.0324-4.21580.22043310.16453122X-RAY DIFFRACTION95
4.2158-4.43790.22483490.15993038X-RAY DIFFRACTION94
4.4379-4.71560.2243580.15613068X-RAY DIFFRACTION95
4.7156-5.07910.20483390.15123179X-RAY DIFFRACTION97
5.0791-5.58920.21843670.16613224X-RAY DIFFRACTION99
5.5892-6.39560.23513540.19053278X-RAY DIFFRACTION100
6.3956-8.04880.2543480.19823327X-RAY DIFFRACTION100
8.0488-42.43680.22433980.20023315X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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