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- PDB-5e6x: Re-refinement of the Crystal Structure of the Plexin-Semaphorin-I... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5e6x
タイトルRe-refinement of the Crystal Structure of the Plexin-Semaphorin-Integrin Domain/Hybrid Domain/I-EGF1 Segment from the Human Integrin b2 Subunit
要素Integrin beta-2
キーワードCELL ADHESION / CD18 fragment
機能・相同性
機能・相同性情報


integrin alphaX-beta2 complex / positive regulation of neutrophil degranulation / cellular extravasation / integrin alphaM-beta2 complex / integrin alphaL-beta2 complex / ICAM-3 receptor activity / cell-cell adhesion via plasma-membrane adhesion molecules / complement component C3b binding / Toll Like Receptor 4 (TLR4) Cascade / leukocyte migration involved in inflammatory response ...integrin alphaX-beta2 complex / positive regulation of neutrophil degranulation / cellular extravasation / integrin alphaM-beta2 complex / integrin alphaL-beta2 complex / ICAM-3 receptor activity / cell-cell adhesion via plasma-membrane adhesion molecules / complement component C3b binding / Toll Like Receptor 4 (TLR4) Cascade / leukocyte migration involved in inflammatory response / neutrophil migration / positive regulation of leukocyte adhesion to vascular endothelial cell / integrin complex / heterotypic cell-cell adhesion / regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / leukocyte cell-cell adhesion / phagocytosis, engulfment / negative regulation of dopamine metabolic process / cell adhesion mediated by integrin / receptor clustering / endodermal cell differentiation / amyloid-beta clearance / tertiary granule membrane / ficolin-1-rich granule membrane / cellular response to low-density lipoprotein particle stimulus / plasma membrane raft / positive regulation of protein targeting to membrane / Integrin cell surface interactions / endothelial cell migration / specific granule membrane / cell adhesion molecule binding / heat shock protein binding / neutrophil chemotaxis / receptor-mediated endocytosis / positive regulation of superoxide anion generation / cell-matrix adhesion / integrin-mediated signaling pathway / Cell surface interactions at the vascular wall / microglial cell activation / cell-cell adhesion / receptor internalization / positive regulation of angiogenesis / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / integrin binding / cell-cell signaling / extracellular vesicle / regulation of cell shape / amyloid-beta binding / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / receptor complex / cell adhesion / inflammatory response / external side of plasma membrane / focal adhesion / apoptotic process / Neutrophil degranulation / protein kinase binding / cell surface / extracellular exosome / metal ion binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Integrin beta-2 subunit / Integrin beta subunit, cytoplasmic domain / Integrin beta cytoplasmic domain / Integrin_b_cyt / Integrin beta tail domain / Integrin EGF domain / Integrin beta subunit, tail / Integrin beta tail domain superfamily / Integrin_B_tail / Integrins beta chain EGF (I-EGF) domain profile. ...Integrin beta-2 subunit / Integrin beta subunit, cytoplasmic domain / Integrin beta cytoplasmic domain / Integrin_b_cyt / Integrin beta tail domain / Integrin EGF domain / Integrin beta subunit, tail / Integrin beta tail domain superfamily / Integrin_B_tail / Integrins beta chain EGF (I-EGF) domain profile. / Integrin beta subunit, VWA domain / Integrin beta subunit / Integrin beta N-terminal / Integrin beta chain VWA domain / Integrin plexin domain / Integrins beta chain EGF (I-EGF) domain signature. / Integrin beta subunits (N-terminal portion of extracellular region) / Integrin domain superfamily / PSI domain / domain found in Plexins, Semaphorins and Integrins / von Willebrand factor A-like domain superfamily / EGF-like domain signature 1. / EGF-like domain signature 2.
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Springer, T.A. / Sen, M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)NCI CA031798 米国
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2007
タイトル: A structural hypothesis for the transition between bent and extended conformations of the leukocyte beta2 integrins.
著者: Shi, M. / Foo, S.Y. / Tan, S.M. / Mitchell, E.P. / Law, S.K. / Lescar, J.
履歴
登録2015年10月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年3月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年3月16日Group: Database references
改定 1.22016年5月11日Group: Database references
改定 1.32016年7月20日Group: Data collection
改定 1.42017年3月15日Group: Database references / Experimental preparation / Other
改定 1.52017年9月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.62019年12月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.72020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / diffrn_radiation_wavelength ...chem_comp / diffrn_radiation_wavelength / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _diffrn_radiation_wavelength.wavelength / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_role
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.82023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.92024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Remark 0This entry 5E6X reflects an alternative modeling of the structural data in r2P26SF original data ...This entry 5E6X reflects an alternative modeling of the structural data in r2P26SF original data determined by Author:Shi, M., Foo, S.Y., Tan, S.M., Mitchell, E.P., Law, S.K.A., Lescar, J.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Integrin beta-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,7244
ポリマ－31,0601
非ポリマー6643
水4,684260
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.489, 30.853, 65.157
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.29, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Integrin beta-2 / Cell surface adhesion glycoproteins LFA-1/CR3/p150 / 95 subunit beta / Complement receptor C3 subunit beta


分子量: 31060.072 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 23-122 and 362 535 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ITGB2, CD18, MFI7 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P05107
#2: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 260 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.83 % / 解説: AUTHOR USED THE SF DATA FROM ENTRY 2P26

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データ収集

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.8.2_1309 / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1YUK

1yuk


解像度: 1.75→27.87 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.4 / 位相誤差: 28.42 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2454 1116 5.12 %Random selection
Rwork0.1966 ---
obs0.1994 21812 91.33 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→27.87 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2156 0 42 260 2458
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0032320
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7253129
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.524876
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.052343
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002422
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7501-1.82970.4404620.32881520X-RAY DIFFRACTION53
1.8297-1.92610.33671100.27052168X-RAY DIFFRACTION78
1.9261-2.04680.26821410.22532792X-RAY DIFFRACTION99
2.0468-2.20480.26521440.21942820X-RAY DIFFRACTION100
2.2048-2.42650.22461540.21142813X-RAY DIFFRACTION100
2.4265-2.77740.26351610.21762816X-RAY DIFFRACTION100
2.7774-3.49810.25911640.18812844X-RAY DIFFRACTION100
3.4981-27.87370.21291800.16272923X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.91060.2806-0.37681.0506-0.22560.50250.0321-0.0132-0.08610.03940.03860.0097-0.0761-0.11350.00010.12920.01230.00460.10570.00790.1421-19.9977-7.3953-32.8185
20.30020.2544-0.07880.31710.19260.55010.2592-0.0904-0.3310.045-0.0644-0.15370.33040.18090.00290.2074-0.0032-0.06430.19130.02940.26835.1629-16.1358-15.7239
30.5763-0.3507-0.2270.5885-0.1570.30340.0389-0.2546-0.10430.31050.04450.1451-0.0610.2203-0.01990.1758-0.029-0.03010.1646-0.00180.12166.02-8.7908-11.1255
41.2849-0.1270.08560.336-0.33430.3646-0.0068-0.1980.15650.08330.06230.0185-0.15950.06670.00010.1704-0.00950.01470.1997-0.03110.16696.7744-3.7199-11.7936
50.0858-0.0033-0.00280.04420.00240.24840.0873-0.1696-0.06790.0854-0.018-0.18560.2810.0765-0.0020.2493-0.0103-0.00130.1962-0.01950.2679-11.7849-19.7209-39.5005
60.9452-0.03730.25870.32680.27910.32830.2810.0308-0.015-0.0835-0.0997-0.0334-0.2023-0.09420.15810.19330.07650.03050.16260.01220.1235-21.3802-11.5783-53.9363
70.5541-0.17650.06010.50870.22110.410.11930.28210.12010.0730.01680.0064-0.11020.02280.00350.21520.04450.01510.26740.05840.1701-35.3296-2.7556-47.5593
81.3167-0.15730.61981.92550.57940.51370.37570.5553-0.4142-0.0309-0.33240.25890.4450.14290.03950.26180.0679-0.04250.25590.01170.1841-44.4822-2.1595-44.5483
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 55 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 56 through 79 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 80 through 344 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 345 through 421 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 422 through 435 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 436 through 473 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 474 through 505 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 506 through 519 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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