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万見
- PDB-2p26: Structure of the PHE2 and PHE3 fragments of the integrin beta2 subunit -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2p26
タイトルStructure of the PHE2 and PHE3 fragments of the integrin beta2 subunit
要素Integrin beta-2
キーワードCELL ADHESION / Integrin Beta2 Subunit / hybrid domain / PSI domain / I-EGF domains
機能・相同性
機能・相同性情報


integrin alphaX-beta2 complex / cellular extravasation / positive regulation of neutrophil degranulation / integrin alphaM-beta2 complex / integrin alphaL-beta2 complex / ICAM-3 receptor activity / cell-cell adhesion via plasma-membrane adhesion molecules / complement component C3b binding / negative regulation of dopamine metabolic process / Toll Like Receptor 4 (TLR4) Cascade ...integrin alphaX-beta2 complex / cellular extravasation / positive regulation of neutrophil degranulation / integrin alphaM-beta2 complex / integrin alphaL-beta2 complex / ICAM-3 receptor activity / cell-cell adhesion via plasma-membrane adhesion molecules / complement component C3b binding / negative regulation of dopamine metabolic process / Toll Like Receptor 4 (TLR4) Cascade / neutrophil migration / leukocyte migration involved in inflammatory response / positive regulation of leukocyte adhesion to vascular endothelial cell / integrin complex / heterotypic cell-cell adhesion / regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / leukocyte cell-cell adhesion / phagocytosis, engulfment / cell adhesion mediated by integrin / receptor clustering / endodermal cell differentiation / amyloid-beta clearance / tertiary granule membrane / cellular response to low-density lipoprotein particle stimulus / ficolin-1-rich granule membrane / plasma membrane raft / positive regulation of protein targeting to membrane / Integrin cell surface interactions / endothelial cell migration / specific granule membrane / cell adhesion molecule binding / heat shock protein binding / neutrophil chemotaxis / receptor-mediated endocytosis / positive regulation of superoxide anion generation / cell-matrix adhesion / integrin-mediated signaling pathway / Cell surface interactions at the vascular wall / microglial cell activation / cell-cell adhesion / receptor internalization / positive regulation of angiogenesis / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / integrin binding / cell-cell signaling / extracellular vesicle / regulation of cell shape / amyloid-beta binding / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / receptor complex / cell adhesion / inflammatory response / external side of plasma membrane / focal adhesion / apoptotic process / Neutrophil degranulation / protein kinase binding / cell surface / extracellular exosome / metal ion binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Integrin beta-2 subunit / ligand-binding face of the semaphorins, domain 2 / ntegrin, alpha v. Chain A, domain 3 / ligand-binding face of the semaphorins, domain 2 / Integrin beta subunit, cytoplasmic domain / Integrin beta cytoplasmic domain / Integrin_b_cyt / Integrin beta tail domain / Integrin EGF domain / Integrin beta subunit, tail ...Integrin beta-2 subunit / ligand-binding face of the semaphorins, domain 2 / ntegrin, alpha v. Chain A, domain 3 / ligand-binding face of the semaphorins, domain 2 / Integrin beta subunit, cytoplasmic domain / Integrin beta cytoplasmic domain / Integrin_b_cyt / Integrin beta tail domain / Integrin EGF domain / Integrin beta subunit, tail / Integrin beta tail domain superfamily / Integrin_B_tail / Integrins beta chain EGF (I-EGF) domain profile. / Integrin beta subunit, VWA domain / Integrin beta subunit / Integrin beta N-terminal / Integrin beta chain VWA domain / Integrin plexin domain / Integrins beta chain EGF (I-EGF) domain signature. / Integrin beta subunits (N-terminal portion of extracellular region) / Integrin domain superfamily / PSI domain / domain found in Plexins, Semaphorins and Integrins / Laminin / Laminin / von Willebrand factor A-like domain superfamily / EGF-like domain signature 1. / EGF-like domain signature 2. / Ribbon / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Shi, M. / Foo, S.Y. / Tan, S.M. / Mitchell, E.P. / Law, S.K.A. / Lescar, J.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2007
タイトル: A structural hypothesis for the transition between bent and extended conformations of the leukocyte beta2 integrins
著者: Shi, M. / Foo, S.Y. / Tan, S.M. / Mitchell, E.P. / Law, S.K.A. / Lescar, J.
履歴
登録2007年3月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02007年8月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22017年8月16日Group: Refinement description / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / software
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42023年10月25日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.52024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Integrin beta-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,7244
ポリマ－31,0601
非ポリマー6643
水4,828268
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.489, 30.853, 65.157
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.29, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質 Integrin beta-2 / Cell surface adhesion glycoproteins LFA- 1/CR3/p150 / 95 subunit beta / Complement receptor C3 ...Cell surface adhesion glycoproteins LFA- 1/CR3/p150 / 95 subunit beta / Complement receptor C3 subunit beta / CD18 antigen


分子量: 31060.072 Da / 分子数: 1 / 断片: PHE2 and PHE3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pIRES2-EGFP / 細胞株 (発現宿主): HEK293_Gnti / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P05107
#2: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 268 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.87 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 0.2M Magnesium acetate, 0.1M sodium acetate, pH4.6, 18% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.5418 Å
検出器日付: 2006年8月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→27.87 Å / Num. obs: 21822

-
位相決定

Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å27.87 Å
Translation2.5 Å27.87 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHASER位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
CrystalClearデータ収集
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1YUK

1yuk


解像度: 1.75→27.87 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.916 / SU B: 6.87 / SU ML: 0.114 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.179 / ESU R Free: 0.161 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.253 1117 5.1 %RANDOM
Rwork0.204 ---
obs0.207 21815 91.34 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 20.372 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.21 Å20 Å20.2 Å2
2---0.02 Å20 Å2
3---0.26 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→27.87 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2156 0 42 268 2466
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0212281
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1691.9673095
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8175285
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.74424.22109
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.03315384
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.7831518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.080.2338
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.021740
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1890.2957
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3010.21516
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1110.2207
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1850.2157
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1330.241
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.3781.51448
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.64922275
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.1013907
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.7944.5820
LS精密化 シェル解像度: 1.75→1.795 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.592 36 -
Rwork0.404 817 -
obs-853 48.41 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.06580.1150.72792.2788-0.29211.72430.0247-0.04-0.05970.0526-0.00080.0902-0.0941-0.101-0.0240.06220.0117-0.00350.00560.00140.0181-18.898-7.859-32.05
27.8094-1.52932.8792.0915-2.51589.00430.591-0.0352-1.81470.0828-0.2474-0.19950.97721.0782-0.34360.30170.0437-0.07590.33940.10470.464312.032-18.827-11.832
33.9144-0.45090.94981.3659-0.04211.34440.0428-0.4148-0.14060.20240.05560.04130.0195-0.0226-0.09830.0689-0.0193-0.00960.0287-0.006-0.03977.676-7.756-11.073
43.2338-0.66921.30062.6518-1.55018.0144-0.0421-0.63350.25840.29090.23430.096-0.0785-0.2294-0.19210.0431-0.0103-0.00010.0937-0.0809-0.03375.149-2.346-5.144
53.6964-0.13521.52440.3879-0.01321.25950.03940.0895-0.06570.0496-0.03210.0536-0.00290.1464-0.00730.0586-0.0193-0.00660.0098-0.0060.00895.966-6.934-20.77
61.9944-1.891-0.05822.23120.57893.87420.09160.0142-0.0987-0.1132-0.08950.0570.2312-0.0664-0.00210.0737-0.0058-0.0172-0.0050.015-0.0001-16.342-20.196-45.973
76.5756-2.84820.88714.9567-0.55135.18110.18840.35080.412-0.1237-0.2035-0.1579-0.1364-0.04580.01510.05360.0378-0.00750.060.0282-0.0193-20.867-12.589-52.915
83.3571.21232.94536.2386-0.83593.20610.37350.38320.4884-1.18350.1059-0.4308-0.60540.6698-0.47930.26390.0120.09950.20030.06870.0157-29.184-0.722-57.038
93.1521-0.6472-2.98931.80161.17724.31390.13890.43670.061-0.1408-0.1960.19490.018-0.12870.05710.02730.067-0.03620.08240.01-0.0674-38.594-5.863-45.324
1010.132-6.2355-5.71868.27150.11957.5520.04680.427-0.25680.04070.21470.74620.346-0.5641-0.26140.019-0.0229-0.05060.05630.0044-0.0246-46.183-1.723-41.892
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

IDRefine TLS-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111 - 631 - 63
2264 - 7564 - 75
3376 - 35176 - 112
44352 - 388113 - 149
55389 - 426150 - 187
66427 - 447188 - 208
77448 - 461209 - 222
88462 - 484223 - 245
99485 - 511246 - 272
1010512 - 519273 - 280

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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