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- PDB-5e6r: Structures of leukocyte integrin aLb2: The aI domain, the headpie... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5e6r
タイトルStructures of leukocyte integrin aLb2: The aI domain, the headpiece, and the pocket for the internal ligand
要素
  • Integrin alpha-L
  • Integrin beta-2
キーワードCELL ADHESION / lymphocyte function-associated antigen-1 / LFA-1
機能・相同性
機能・相同性情報


integrin alphaD-beta2 complex / integrin alphaX-beta2 complex / memory T cell extravasation / cellular extravasation / integrin alphaM-beta2 complex / positive regulation of neutrophil degranulation / integrin alphaL-beta2 complex / ICAM-3 receptor activity / T cell activation via T cell receptor contact with antigen bound to MHC molecule on antigen presenting cell / leukocyte migration involved in inflammatory response ...integrin alphaD-beta2 complex / integrin alphaX-beta2 complex / memory T cell extravasation / cellular extravasation / integrin alphaM-beta2 complex / positive regulation of neutrophil degranulation / integrin alphaL-beta2 complex / ICAM-3 receptor activity / T cell activation via T cell receptor contact with antigen bound to MHC molecule on antigen presenting cell / leukocyte migration involved in inflammatory response / complement component C3b binding / Toll Like Receptor 4 (TLR4) Cascade / : / neutrophil migration / RUNX3 Regulates Immune Response and Cell Migration / heterophilic cell-cell adhesion / positive regulation of leukocyte adhesion to vascular endothelial cell / integrin complex / cell adhesion mediated by integrin / heterotypic cell-cell adhesion / regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / phagocytosis, engulfment / leukocyte cell-cell adhesion / negative regulation of dopamine metabolic process / receptor clustering / endodermal cell differentiation / amyloid-beta clearance / tertiary granule membrane / ficolin-1-rich granule membrane / plasma membrane raft / Integrin cell surface interactions / positive regulation of protein targeting to membrane / cellular response to low-density lipoprotein particle stimulus / phagocytosis / endothelial cell migration / specific granule membrane / positive regulation of superoxide anion generation / heat shock protein binding / neutrophil chemotaxis / cell adhesion molecule binding / receptor-mediated endocytosis / cell-matrix adhesion / Cell surface interactions at the vascular wall / integrin-mediated signaling pathway / microglial cell activation / cell-cell adhesion / receptor internalization / integrin binding / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / positive regulation of angiogenesis / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / cell-cell signaling / regulation of cell shape / amyloid-beta binding / extracellular vesicle / signaling receptor activity / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / cell adhesion / signaling receptor complex / inflammatory response / external side of plasma membrane / focal adhesion / apoptotic process / Neutrophil degranulation / protein kinase binding / protein-containing complex binding / cell surface / signal transduction / extracellular exosome / membrane / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Integrin beta-2 subunit / ligand-binding face of the semaphorins, domain 2 / ntegrin, alpha v. Chain A, domain 3 / ligand-binding face of the semaphorins, domain 2 / Integrin alpha, N-terminal / Integrin beta subunit, cytoplasmic domain / Integrin beta tail domain / Integrin beta cytoplasmic domain / Integrin_b_cyt / : ...Integrin beta-2 subunit / ligand-binding face of the semaphorins, domain 2 / ntegrin, alpha v. Chain A, domain 3 / ligand-binding face of the semaphorins, domain 2 / Integrin alpha, N-terminal / Integrin beta subunit, cytoplasmic domain / Integrin beta tail domain / Integrin beta cytoplasmic domain / Integrin_b_cyt / : / Integrin EGF domain / Integrin beta subunit, tail / Integrin beta tail domain superfamily / Integrin_B_tail / Integrin alpha cytoplasmic region / : / Integrins beta chain EGF (I-EGF) domain profile. / Integrin beta subunit, VWA domain / Integrin beta subunit / Integrin beta N-terminal / Integrin beta chain VWA domain / Integrin plexin domain / Integrins beta chain EGF (I-EGF) domain signature. / Integrin beta subunits (N-terminal portion of extracellular region) / von Willebrand factor, type A domain / Integrin alpha-2 / Integrin alpha Ig-like domain 1 / Integrin alpha chain, C-terminal cytoplasmic region, conserved site / Integrins alpha chain signature. / Integrin alpha chain / Integrin alpha beta-propellor / : / Integrin alpha Ig-like domain 2 / FG-GAP repeat profile. / Integrin alpha (beta-propellor repeats). / FG-GAP repeat / FG-GAP repeat / Integrin domain superfamily / Integrin alpha, N-terminal / von Willebrand factor type A domain / PSI domain / domain found in Plexins, Semaphorins and Integrins / VWFA domain profile. / von Willebrand factor (vWF) type A domain / von Willebrand factor, type A / von Willebrand factor A-like domain superfamily / EGF-like domain signature 1. / EGF-like domain signature 2. / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / Immunoglobulin-like / Sandwich / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Integrin beta-2 / Integrin alpha-L
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.901 Å
データ登録者Sen, M. / Springer, T.A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)NCI CA031798 米国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2016
タイトル: Leukocyte integrin alpha L beta 2 headpiece structures: The alpha I domain, the pocket for the internal ligand, and concerted movements of its loops.
著者: Sen, M. / Springer, T.A.
履歴
登録2015年10月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年3月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年3月16日Group: Database references
改定 1.22016年5月11日Group: Database references
改定 1.32016年7月20日Group: Data collection
改定 1.42017年9月27日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.52019年12月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.62020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.72023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.82024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Integrin alpha-L
B: Integrin beta-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)145,81011
ポリマ－144,7412
非ポリマー1,0699
水3,711206
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4590 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area43880 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)153.929, 153.929, 116.454
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number169
Space group name H-MP61

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Integrin alpha-L / CD11 antigen-like family member A / Leukocyte adhesion glycoprotein LFA-1 alpha chain / LFA-1A / ...CD11 antigen-like family member A / Leukocyte adhesion glycoprotein LFA-1 alpha chain / LFA-1A / Leukocyte function-associated molecule 1 alpha chain


分子量: 87841.086 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 26-615 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ITGAL, CD11A / 細胞株 (発現宿主): HEK / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P20701
#2: タンパク質 Integrin beta-2 / Cell surface adhesion glycoproteins LFA-1/CR3/p150 / 95 subunit beta / Complement receptor C3 subunit beta


分子量: 56899.809 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 23-482 / Mutation: N232R / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ITGB2, CD18, MFI7 / 細胞株 (発現宿主): HEK / 器官 (発現宿主): Kidney / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P05107

-
糖 , 1種, 4分子

#5: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 3種, 211分子

#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 206 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.3 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M MES pH 6.5, 15% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.03321 Å
検出器タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2012年4月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.03321 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 33981 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3.11 % / Rmerge(I) obs: 0.093 / Net I/σ(I): 9.47

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10_2155: ???)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4neh

4neh


解像度: 2.901→46.242 Å / SU ML: 0.42 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2 / 位相誤差: 24.7 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2289 2737 8.05 %Random selection
Rwork0.1928 ---
obs0.1957 33981 97.71 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.901→46.242 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7946 0 61 206 8213
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0128267
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.78811249
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.0924946
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0481235
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041477
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.9013-2.95130.39341170.37441294X-RAY DIFFRACTION82
2.9513-3.0050.35861230.361430X-RAY DIFFRACTION89
3.005-3.06270.41751380.35851523X-RAY DIFFRACTION94
3.0627-3.12520.34231340.32871515X-RAY DIFFRACTION98
3.1252-3.19320.34571380.30321585X-RAY DIFFRACTION100
3.1932-3.26740.31411390.27961600X-RAY DIFFRACTION100
3.2674-3.34910.30321420.23891592X-RAY DIFFRACTION100
3.3491-3.43970.24691420.22931608X-RAY DIFFRACTION100
3.4397-3.54080.2491410.2151573X-RAY DIFFRACTION100
3.5408-3.65510.25041360.20161599X-RAY DIFFRACTION100
3.6551-3.78570.23331390.19311598X-RAY DIFFRACTION100
3.7857-3.93720.22421400.17971602X-RAY DIFFRACTION100
3.9372-4.11620.18811440.16571574X-RAY DIFFRACTION100
4.1162-4.33310.19721340.16311601X-RAY DIFFRACTION100
4.3331-4.60440.15461380.14631588X-RAY DIFFRACTION99
4.6044-4.95950.17611380.1431591X-RAY DIFFRACTION99
4.9595-5.45790.18981410.15211586X-RAY DIFFRACTION99
5.4579-6.2460.25251370.18021593X-RAY DIFFRACTION98
6.246-7.8630.22611330.18791582X-RAY DIFFRACTION98
7.863-46.24830.20421430.16871610X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.45050.3537-0.93710.5388-0.74982.0407-0.10690.32140.04760.01550.1228-0.1371-0.0566-0.207200.61860.0265-0.08730.6868-0.05390.68765.778533.1985-26.6919
20.7989-0.1056-0.90171.0308-0.63820.808-0.01130.39090.0435-0.08310.0690.0632-0.0713-0.3797-0.00020.65010.0503-0.10470.7395-0.01080.743971.944723.1207-24.6704
31.698-0.6620.70260.96750.17153.0148-0.0914-0.0720.0829-0.0346-0.1648-0.22610.0680.4544-0.00010.5362-0.0223-0.09370.65790.02860.658571.2815.6301-4.1662
41.5049-0.7057-0.70131.5275-0.78791.5553-0.0432-0.36060.1270.5792-0.0042-0.2317-0.2995-0.0807-00.75990.0873-0.1380.6663-0.07780.587260.992222.676213.9866
50.15320.01210.2521-0.0150.00180.26120.2521-0.43490.4688-0.2682-1.1009-0.443-1.1458-0.4974-0.00520.9960.24370.04971.409-0.11671.120957.2305-6.136547.7858
61.1298-0.4441.06920.5063-0.84690.4562-0.208-0.47250.0884-0.12780.15330.13710.0073-0.6290.00040.5636-0.1263-0.01780.767-0.10280.703646.3241-12.240515.9542
70.77210.11770.2441.3565-0.66471.4164-0.1139-0.04720.0229-0.13430.21860.24230.1005-0.324900.5877-0.0598-0.05490.726-0.00840.711643.69763.4678-11.3064
80.3676-0.98861.04340.4503-0.70421.10860.0491-0.00150.01280.0610.4054-0.051-0.01720.4543-0.00020.6973-0.20670.03270.8986-0.07350.696751.404-13.802812.2792
90.37410.17050.0210.0754-0.01280.01380.1571-0.4317-0.34210.30920.4160.2644-0.9701-1.24420.00340.71160.1589-0.00091.16830.13140.7743.4999-9.852730.3572
101.0014-0.21160.98370.49460.21821.505-0.01610.04830.5642-1.2363-0.3978-0.4215-1.18080.6765-0.08131.59080.75720.07041.9026-0.15880.87944.0313-3.771861.999
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 281 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 282 through 342 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 343 through 478 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 479 through 590 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 1 through 27 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 28 through 149 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 150 through 328 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 329 through 401 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 402 through 431 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 432 through 459 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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