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- PDB-5e6o: Crystal structure of C. elegans LGG-2 bound to an AIM/LIR motif -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5e6o
タイトルCrystal structure of C. elegans LGG-2 bound to an AIM/LIR motif
要素
  • Protein lgg-2
  • TRP-GLU-GLU-LEU
キーワードPROTEIN BINDING/PEPTIDE / ubiquitin-like protein / Atg8 protein family / PROTEIN BINDING-PEPTIDE complex
機能・相同性
機能・相同性情報


PINK1-PRKN Mediated Mitophagy / Receptor Mediated Mitophagy / Macroautophagy / KEAP1-NFE2L2 pathway / xenophagy / cellular response to toxic substance / plasma membrane repair / phosphatidylethanolamine binding / positive regulation of autophagosome maturation / cellular response to nitrogen starvation ...PINK1-PRKN Mediated Mitophagy / Receptor Mediated Mitophagy / Macroautophagy / KEAP1-NFE2L2 pathway / xenophagy / cellular response to toxic substance / plasma membrane repair / phosphatidylethanolamine binding / positive regulation of autophagosome maturation / cellular response to nitrogen starvation / autophagy of mitochondrion / autophagosome membrane / autophagosome maturation / autophagosome assembly / cytoplasmic vesicle / microtubule binding / defense response to Gram-positive bacterium / ubiquitin protein ligase binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Autophagy protein Atg8 ubiquitin-like / Autophagy protein Atg8 ubiquitin like / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / Ubiquitin-like (UB roll) / Ubiquitin-like domain superfamily / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Caenorhabditis elegans (センチュウ)
Scheffersomyces stipitis (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Qi, X. / Ren, J.Q. / Wu, F. / Zhang, H. / Feng, W.
引用ジャーナル: Mol.Cell / : 2015
タイトル: Structural Basis of the Differential Function of the Two C. elegans Atg8 Homologs, LGG-1 and LGG-2, in Autophagy
著者: Wu, F. / Watanabe, Y. / Guo, X.Y. / Qi, X. / Wang, P. / Zhao, H.Y. / Wang, Z. / Fujioka, Y. / Zhang, H. / Ren, J.Q. / Fang, T.C. / Shen, Y.X. / Feng, W. / Hu, J.J. / Noda, N.N. / Zhang, H.
履歴
登録2015年10月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年1月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein lgg-2
B: Protein lgg-2
C: Protein lgg-2
D: Protein lgg-2
E: TRP-GLU-GLU-LEU
F: TRP-GLU-GLU-LEU
G: TRP-GLU-GLU-LEU
H: TRP-GLU-GLU-LEU


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,6988
ポリマ-57,6988
非ポリマー00
8,467470
1
A: Protein lgg-2
H: TRP-GLU-GLU-LEU


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,4242
ポリマ-14,4242
非ポリマー00
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area970 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area7320 Å2
手法PISA
2
B: Protein lgg-2
E: TRP-GLU-GLU-LEU


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,4242
ポリマ-14,4242
非ポリマー00
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area980 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area7260 Å2
手法PISA
3
C: Protein lgg-2
G: TRP-GLU-GLU-LEU


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,4242
ポリマ-14,4242
非ポリマー00
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area950 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area7270 Å2
手法PISA
4
D: Protein lgg-2
F: TRP-GLU-GLU-LEU


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,4242
ポリマ-14,4242
非ポリマー00
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area920 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area7220 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.933, 62.351, 67.599
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 109.540, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Protein lgg-2


分子量: 13848.853 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 17-130 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Caenorhabditis elegans (センチュウ)
遺伝子: lgg-2, ZK593.6 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q23536
#2: タンパク質・ペプチド
TRP-GLU-GLU-LEU


分子量: 575.610 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: synthetic peptide / 由来: (合成) Scheffersomyces stipitis (菌類)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 470 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 31.39 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 1.5M sodium citrate tribasic dihydrate / PH範囲: 5.9 - 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9785 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年9月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9785 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→47.07 Å / Num. obs: 36467 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 6.8 % / Net I/σ(I): 18.1
反射 シェル解像度: 1.8→1.83 Å / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.462 / Mean I/σ(I) obs: 4.1 / % possible all: 100

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-3000データ収集
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.8→47.058 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 28.75 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2408 1816 4.99 %
Rwork0.1774 34552 -
obs0.1806 36368 99.58 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 120.89 Å2 / Biso mean: 24.1879 Å2 / Biso min: 8.29 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.8→47.058 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3979 0 0 470 4449
Biso mean---34.95 -
残基数----477
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0084076
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1435489
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.066574
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006729
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.541612
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 13

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.7979-1.84650.33051500.2352617276799
1.8465-1.90090.28331310.213426562787100
1.9009-1.96220.25711390.204426212760100
1.9622-2.03240.26281420.196526542796100
2.0324-2.11370.25741360.191326482784100
2.1137-2.20990.23091070.186126822789100
2.2099-2.32650.24551490.180426562805100
2.3265-2.47220.21951300.179526642794100
2.4722-2.66310.26031470.191926812828100
2.6631-2.9310.26231480.187426452793100
2.931-3.35510.2241350.168526732808100
3.3551-4.22660.24581460.142526862832100
4.2266-47.07420.19761560.16772669282598
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
18.9453-2.9264-2.26497.4682-0.61847.38520.27970.2332-0.6003-0.56740.19950.33060.3429-0.1088-0.46620.1646-0.0084-0.03150.10930.00220.1824-12.1297-16.7356-22.186
29.42783.91863.30314.35382.49823.9840.2052-0.35-0.04490.4233-0.1709-0.13730.2063-0.1771-0.07890.24650.03720.01240.18930.00090.1261-6.4137-7.6171-14.4697
31.92160.461.33931.25010.87774.9003-0.0245-0.1146-0.19670.15490.2318-0.4061-0.17120.3745-0.21730.1382-0.0003-0.00260.2128-0.03560.16-0.7563-6.3713-24.3236
43.18290.73210.3582.88770.64083.13020.1602-0.0297-0.24010.3970.0406-0.09250.39930.0501-0.17340.13120.0451-0.03650.1586-0.00310.1539-3.361-11.9261-32.9337
53.4979-1.0213-1.76575.41393.54152.8479-0.06650.0482-0.0841-0.20810.2081-0.3139-0.18170.2051-0.110.1263-0.01160.04080.17470.0230.15251.731-7.1385-38.3901
62.0041-0.0171-0.40792.37740.84391.67330.03690.03760.1201-0.0196-0.067-0.177-0.05190.119-0.00290.1317-0.0114-0.00790.11810.03090.1226-6.3155-3.5102-37.0276
71.557-0.62551.25240.9413-0.54432.4702-0.0651-0.024-0.02960.04650.00290.0227-0.0871-0.02340.02770.0952-0.0210.01560.09330.01440.1262-11.1571-7.3453-32.8257
84.21431.0767-1.96872.96381.98653.52490.0457-0.293-0.5343-0.13720.07380.00331.1473-0.0336-0.140.2555-0.02450.00240.17830.04050.2542-37.029-16.1243-21.3963
93.28763.63732.28324.20981.87173.12930.3745-0.29440.05230.2354-0.15770.12910.1062-0.0085-0.21930.17370.02210.00760.19940.00340.1613-29.9023-7.2671-14.1828
101.8171-0.69790.42361.43411.18484.0310.0286-0.2365-0.01660.125-0.2302-0.04220.18830.01790.15470.0886-0.004-0.00160.09190.01770.1062-26.6004-7.4101-25.6554
112.8723-1.8693-0.18313.07430.68412.58490.2262-0.066-0.48820.0935-0.0093-0.05460.7513-0.5177-0.24580.2149-0.05920.01870.1724-0.02210.2648-32.1134-18.5831-35.7085
122.38141.6433-0.98536.3194-3.07332.91280.1552-0.25830.16690.1674-0.0985-0.0584-0.21640.2428-0.06990.12960.00110.01430.186-0.06560.1586-22.2394-3.5896-27.5721
132.65010.5408-1.70746.9413.43054.24380.179-0.0497-0.10670.1819-0.0090.06030.1792-0.1229-0.12780.0724-0.0075-0.00630.07920.01330.065-22.3201-7.1836-37.8033
143.0786-3.5969-3.71926.87073.75376.32430.07620.15830.4851-0.1262-0.0101-0.5095-0.0674-0.1284-0.15940.1018-0.0241-0.01340.13040.00140.1973-27.8141-11.146-43.394
156.45771.8936-2.86023.3408-0.87481.427-0.14620.7176-0.5424-0.4420.00110.38970.162-1.24580.08030.2908-0.133-0.07030.4434-0.00760.3187-32.3710.2661-36.2885
169.11341.8385-1.91962.22430.24192.58780.07270.08590.2833-0.2284-0.0540.12910.1444-0.12-0.03290.1692-0.0360.00660.08250.02480.1889-30.51473.0586-27.7431
172.5894-3.82933.16486.5079-5.72955.18620.27790.24050.0380.2066-0.0820.3106-0.1104-0.1629-0.28430.12730.01820.00350.1356-0.0170.1976-35.3118-3.547-21.0171
181.6828-1.24230.25971.9685-1.563.360.18820.1668-0.1916-0.1908-0.02750.0527-0.11570.1361-0.17290.1399-0.01250.00210.1413-0.01050.1795-36.4199-9.2529-38.7935
196.43410.19124.27889.5526-3.49654.3015-0.22430.29520.25850.1039-0.07130.0944-1.09010.10940.30620.2839-0.0029-0.04040.1649-0.00850.1591-15.367710.7672-53.5346
209.58074.3321-0.04683.72690.14351.40360.2004-0.3533-0.01140.108-0.21230.0203-0.0385-0.03160.04480.16010.00960.00190.11630.02720.0823-20.45371.8964-46.4626
212.0812.3634-2.99533.5371-3.91285.9617-0.0851-0.07570.0265-0.06910.03180.16080.0982-0.11430.00550.1082-0.0028-0.00190.1815-0.00780.1406-26.22911.354-56.279
225.024-0.2783-0.09085.9577-1.25667.103-0.15640.07520.24180.19490.0327-0.1021-0.33920.16850.08850.120.0192-0.02670.13440.01240.1721-19.99713.5935-67.3867
232.39350.9171-0.06745.51862.4673.05250.2011-0.3852-0.1474-0.1957-0.148-0.08070.1969-0.5758-0.04120.1767-0.0142-0.03260.26540.07350.1445-29.5661-1.8378-60.2805
245.8778-0.79850.50012.6556-2.19084.11810.32230.025-0.2534-0.1794-0.03480.46470.0228-0.4201-0.2250.1323-0.016-0.00730.27010.01720.1488-29.49362.4512-70.2334
257.5475-4.46833.51456.001-3.86725.67450.04220.10070.0627-0.090.13150.4341-0.0032-0.2181-0.15020.1189-0.0192-0.00970.14270.02640.1537-24.10657.2405-75.4889
269.81927.8077-0.64166.1452-0.60010.6274-0.24970.1624-0.7042-0.43890.2473-0.49090.28020.058-0.00030.26660.00790.00360.2116-0.01410.1928-18.1662-5.497-68.6041
272.25070.1781.28023.344-2.46013.62730.03070.4718-0.1787-0.57640.1891-0.06650.4735-0.0055-0.14660.2643-0.02350.01850.1152-0.04360.2347-20.8895-8.1543-60.8934
280.395-0.14461.05981.8915-2.6325.40280.0056-0.0215-0.0397-0.0358-0.0113-0.02530.13300.03220.11660.0050.00730.1442-0.00030.1406-16.68052.3032-63.2923
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323.8237-0.8607-0.93533.6228-0.68785.5195-0.03850.21530.4241-0.1868-0.0369-0.2933-0.18680.25830.05730.1974-0.0044-0.00960.17060.04790.2394.992813.6017-67.4759
333.80452.57120.62397.96172.64213.49750.14820.00160.09060.2151-0.08140.35540.4548-0.3877-0.08590.2158-0.0170.01930.21740.03920.1398-4.588-1.7666-60.1538
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395.3859-0.35762.01237.3064-0.460.85460.2202-0.0310.0375-0.039-0.243-0.43880.24520.19620.06940.17660.03120.0120.2569-0.05590.1529-21.0547-10.9928-24.7097
404.7388-1.93521.6371.8127-2.49924.02190.10420.3469-0.14720.05020.13220.2753-0.2837-0.3154-0.22620.2598-0.0122-0.02910.33940.04480.2281-6.01935.4308-56.7934
413.4271-1.7215-1.39564.2628-0.04313.86390.07810.01840.1910.30460.4882-0.3091-0.33780.0874-0.40150.52830.0692-0.00190.4193-0.00870.3823-30.86325.5002-56.6804
427.8933-0.5161-2.81673.7147-1.44221.77080.11271.001-0.5826-0.2331-0.3581-0.05720.68181.02760.24140.30560.1113-0.02510.5178-0.00360.25663.9384-10.3797-24.868
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 14 through 22 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 23 through 34 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 35 through 47 )A0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 48 through 69 )A0
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 70 through 80 )A0
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 81 through 112 )A0
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 113 through 130 )A0
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 15 through 22 )B0
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 23 through 36 )B0
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 37 through 47 )B0
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 48 through 60 )B0
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 61 through 69 )B0
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 70 through 80 )B0
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 81 through 93 )B0
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 94 through 104 )B0
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 105 through 112 )B0
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'B' and (resid 113 through 118 )B0
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'B' and (resid 119 through 130 )B0
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'C' and (resid 15 through 22 )C0
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'C' and (resid 23 through 34 )C0
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'C' and (resid 35 through 47 )C0
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'C' and (resid 48 through 60 )C0
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'C' and (resid 61 through 69 )C0
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'C' and (resid 70 through 80 )C0
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'C' and (resid 81 through 93 )C0
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'C' and (resid 94 through 104 )C0
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'C' and (resid 105 through 112 )C0
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'C' and (resid 113 through 128 )C0
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'D' and (resid 15 through 22 )D0
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'D' and (resid 23 through 36 )D0
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'D' and (resid 37 through 47 )D0
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'D' and (resid 48 through 60 )D0
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'D' and (resid 61 through 69 )D0
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35X-RAY DIFFRACTION35chain 'D' and (resid 82 through 93 )D0
36X-RAY DIFFRACTION36chain 'D' and (resid 94 through 104 )D0
37X-RAY DIFFRACTION37chain 'D' and (resid 105 through 112 )D0
38X-RAY DIFFRACTION38chain 'D' and (resid 113 through 128 )D0
39X-RAY DIFFRACTION39chain 'E' and (resid 1 through 4 )E0
40X-RAY DIFFRACTION40chain 'F' and (resid 1 through 4 )F0
41X-RAY DIFFRACTION41chain 'G' and (resid 1 through 4 )G0
42X-RAY DIFFRACTION42chain 'H' and (resid 1 through 4 )H0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る