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- PDB-5e5y: Quasi-racemic snakin-1 in P1 before radiation damage -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5e5y
タイトルQuasi-racemic snakin-1 in P1 before radiation damage
要素
  • D- snakin-1
  • Snakin-1
キーワードANTIMICROBIAL PROTEIN / GASA/snakin / cysteine-rich antimicrobial peptide
機能・相同性Gibberellin regulated protein / Gibberellin regulated protein / defense response / extracellular region / FORMIC ACID / Snakin-1 / Snakin-1
機能・相同性情報
生物種Solanum tuberosum (ジャガイモ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 1.506 Å
データ登録者Yeung, H. / Squire, C.J. / Yosaatmadja, Y. / Panjikar, S. / Baker, E.N. / Harris, P.W.R. / Brimble, M.A.
資金援助 ニュージーランド, 1件
組織認可番号国
Royal Society of New ZealandUOA1115 ニュージーランド
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2016
タイトル: Radiation Damage and Racemic Protein Crystallography Reveal the Unique Structure of the GASA/Snakin Protein Superfamily.
著者: Yeung, H. / Squire, C.J. / Yosaatmadja, Y. / Panjikar, S. / Lopez, G. / Molina, A. / Baker, E.N. / Harris, P.W. / Brimble, M.A.
履歴
登録2015年10月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年5月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年7月20日Group: Database references
改定 1.22025年4月2日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / diffrn_source / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Snakin-1
B: D- snakin-1
C: Snakin-1
D: D- snakin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,58115
ポリマ－27,9944
非ポリマー58611
水4,774265
1
A: Snakin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,1833
ポリマ－7,0591
非ポリマー1242
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: D- snakin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,0463
ポリマ－6,9381
非ポリマー1082
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Snakin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,2134
ポリマ－7,0591
非ポリマー1543
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: D- snakin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,1385
ポリマ－6,9381
非ポリマー2004
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)31.233, 37.415, 50.303
Angle α, β, γ (deg.)93.00, 90.58, 102.57
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 Snakin-1


分子量: 7059.083 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 26-88 / 変異: Y25(PHI) / 由来タイプ: 合成
詳細: L- snakin-1 from potato containing a single substitution of p-iodophenylalanine for 25Tyr
由来: (合成) Solanum tuberosum (ジャガイモ) / 参照: UniProt: B6E1W5, UniProt: Q948Z4*PLUS
#2: タンパク質 D- snakin-1


分子量: 6938.109 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: D- enantiomer of potato snakin-1 / 由来: (合成) Solanum tuberosum (ジャガイモ) / 参照: UniProt: Q948Z4*PLUS
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物
ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 265 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.89 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 3.8 M sodium formate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9199 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年4月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9199 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.506→36.461 Å / Num. obs: 34033 / % possible obs: 96.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.4 % / CC1/2: 0.995 / Rpim(I) all: 0.074 / Net I/σ(I): 7.1
反射 シェル解像度: 1.506→1.53 Å / 冗長度: 2.3 % / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / CC1/2: 0.77 / Rpim(I) all: 0.474 / % possible all: 93

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10_2155: ???)精密化
Aimless0.3.11データスケーリング
XDSJanuary 10, 2014データ削減
SHELXDEFORTRAN-95 VERSION位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 1.506→36.461 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 26.52 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2257 1667 4.9 %Free R set taken from 5E5T data
Rwork0.1792 ---
obs0.1816 34008 96.74 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.506→36.461 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1861 0 38 265 2164
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0062004
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0352671
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.9811104
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.072263
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005343
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.5057-1.550.29011310.23952642X-RAY DIFFRACTION94
1.55-1.60.27871350.20722632X-RAY DIFFRACTION95
1.6-1.65720.25961520.1942661X-RAY DIFFRACTION95
1.6572-1.72350.2441400.18462684X-RAY DIFFRACTION96
1.7235-1.8020.26661140.17542687X-RAY DIFFRACTION96
1.802-1.8970.22121400.17642692X-RAY DIFFRACTION97
1.897-2.01580.20921500.15022681X-RAY DIFFRACTION97
2.0158-2.17140.22361570.15712695X-RAY DIFFRACTION97
2.1714-2.38990.20371250.16652761X-RAY DIFFRACTION98
2.3899-2.73570.2311300.18212721X-RAY DIFFRACTION98
2.7357-3.44620.22121650.18762727X-RAY DIFFRACTION98
3.4462-36.47120.19941280.17772758X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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